ค้างคาวคุณกิตติลำตัวยาวประมาณ 29-33 มม. หนักประมาณ 2 กรัม[2] จึงเป็นที่มาของชื่อ "bumblebee bat (ค้างคาวผึ้ง)" ค้างคาวคุณกิตติเป็นค้างคาวที่มีขนาดเล็กที่สุดในโลกและเป็นสัตว์เลี้ยงลูกด้วยนมที่เล็กที่สุดในโลกด้วยเช่นกัน โดยมีคู่แข่งคือหนูผี โดยเฉพาะในหนูผีจิ๋ว (Suncus etruscus) ซึ่งมีน้ำหนัก 1.2-2.7 กรัม แต่มีความยาว 36-53 มม.จากหัวถึงหาง[3]

ค้างคาวคุณกิตติมีจมูกใหญ่เป็นพิเศษ คล้ายจมูกหมู[2] มีรูจมูกตั้งตรง แคบ[4] มีหูใหญ่เมื่อเทียบกับส่วนหัว ขณะที่ตามีขนาดเล็ก โดยมากถูกปกคลุมด้วยขนอ่อน[5] มีฟันเหมือนกับค้างคาวกินแมลงทั่วไป[5] มีสูตรขากรรไกรบนเป็น 1:1:1:3 และขากรรไกรล่างเป็น 2:1:2:3 [4] มีฟันตัดขนาดใหญ่ด้านบน[5]

ค้างคาวมีสีน้ำตาลแดงหรือสีเทาในส่วนหลัง ด้านท้องสีจะอ่อนกว่า[5] ปีกมีขนาดใหญ่ มีสีเข้มกว่า ปลายยาวเพื่อช่วยค้างคาวในการบินร่อน [2] ปีกกว้างประมาณ 160 มม. ค้างคาวคุณกิตติไม่มีหางถึงแม้จะมีกระดูกสันหางถึง 2 ชิ้น[5] มีแผ่นหนังขนาดใหญ่เชื่อมระหว่างขาหลัง (uropatagium) ซึ่งอาจมีไว้ช่วยในการบินจับแมลง ถึงแม้ว่าจะไม่มีกระดูกหางหรือเดือยที่ช่วยควบคุมการบิน[2][5][6]