จากการพิจารณาในปี พ.ศ. 2551 ค้างคาวคุณกิตติจัดอยู่ในสภาวะที่เสี่ยงต่อการสูญพันธุ์โดยสหภาพนานาชาติเพื่อการอนุรักษ์ธรรมชาติและทรัพยากรธรรมชาติ (IUCN) จากการลดลงของประชากร[1] ในประเทศไทย ค้างคาวคุณกิตติจัดเป็นสัตว์ป่าคุ้มครอง ตามพระราชบัญญัติสงวนและคุ้มครองสัตว์ป่า พ.ศ. 2535[12][13] ปัจจุบัน จากฐานข้อมูลชนิดพันธุ์ที่ถูกคุกคามในประเทศไทยค้างคาวคุณกิตติอยู่ในสถานะใกล้สูญพันธุ์อย่างยิ่ง (CR)[14]

หลังจากมีการค้นพบในช่วงปี พ.ศ. 2513 ถิ่นอาศัยของค้างคาวโดนรบกวนจากนักท่องเที่ยวและนักสะสมรวมถึงผู้ที่นำค้างคาวไปขายเป็นของที่ระลึก อย่างไรก็ตาม การคุกคามเหล่านี้ยังไม่มีผลกระทบมากนักเพราะค้างคาวส่วนมากอยู่ในพื้นที่เข้าถึงยาก มีเพียงแค่สองสามถ้ำเท่านั้นที่โดนรบกวน การคุกคามนั้นยังรวมถึงการยึดถ้ำเป็นที่ปฏิบัติธรรมของพระอีกด้วย[9][15]

ปัจจุบันผลกระทบที่ส่งผลมากและระยะยาวที่สุดต่อประชากรค้างคาวในประเทศไทยคือการเผาป่าในทุกๆปี โดยเฉพาะในช่วงผสมพันธุ์ของค้างคาว ส่วนท่อลำเลียงจากประเทศพม่ามาประเทศไทยนั้นไม่ส่งผลคุกคามต่อค้างคาว[9] แต่อย่างไรก็ตามการคุกคามต่อประชากรค้างคาวในประเทศพม่านั้นก็ยังไม่เป็นที่แน่ชัดนัก[2]

ในปี พ.ศ. 2550 ค้างคาวคุณกิตติเป็นหนึ่งในสิบโครงการของสปีชีส์ที่ถูกคุกคามอย่างรุนแรง โดยโครงการสัตว์ที่มีวิวัฒนาการโดดเด่นและเสี่ยงต่อการสูญพันธุ์ทั่วโลก (EDGE) [16]