ค้างคาวคุณกิตติเป็นค้างคาวเพียงชนิดเดียวในวงศ์ Craseonycteridae ซึ่งอยู่ในวงศ์ใหญ่ Rhinolophoidea จากผลทดสอบทางโมเลกุล บนพื้นฐานนี้ ค้างคาวคุณกิตติจึงเป็นญาติใกล้ชิดกับค้างคาววงศ์ Hipposideridae และ Rhinopomatidae[4]

ค้าวคาวกิตติค้นพบครั้งแรกปี พ.ศ. 2516 โดยกิตติ ทองลงยา นักสัตววิทยาของสถาบันวิจัยวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยีแห่งประเทศไทย บริเวณถ้ำไทรโยค อำเภอไทรโยค จังหวัดกาญจนบุรี ระหว่างทำการเก็บตัวอย่างค้างคาวในโครงการการสำรวจสัตว์ย้ายแหล่งทางพยาธิวิทยา กิตติพบค้างคาวที่มีขนาดเล็กมากซึ่งไม่เคยเห็นมาก่อน จึงได้ส่งตัวอย่างค้างคาวให้กับจอห์น เอ็ดวาร์ด ฮิลล์ (John Edward Hill) แห่งพิพิธภัณฑ์ธรรมชาติ ประเทศอังกฤษ เพื่อตรวจพิสูจน์และพบว่าค้างคาวชนิดนี้มีลักษณะหลายอย่างเป็นแบบฉบับของตนเอง สามารถที่จะตั้งเป็นสกุลและวงศ์ใหม่ได้ หลังจากกิตติเสียชีวิตในเดือนกุมภาพันธ์ พ.ศ. 2517 ฮิลล์ได้จำแนกและตีพิมพ์ถึงค้างคาวชนิดนี้ และตั้งชื่อว่า Craseonycteris thonglongyai เพื่อเป็นเกียรติแก่กิตติ ทองลงยา ผู้ค้นพบค้างคาวชนิดนี้เป็นคนแรก[10][11]