จักรพรรดิโกะ-โยเซประสูติเมื่อวันที่ 31 ธันวาคม พ.ศ. 2114 ณ พระราชวังหลวงเฮอัง มีพระนามเดิมว่า เจ้าชายคะตะฮิโตะ (周仁) ซึ่งก่อนหน้านี้พระองค์มีพระนามเดิมพระนามแรกว่า เจ้าชายคะซุฮิโตะ

เป็นพระโอรสองค์ใหญ่ใน เจ้าชายมะซะฮิโตะ (Prince Masahito , 2095 - 2129) พระราชโอรสใน จักรพรรดิโองิมะชิ (Emperor Ogimachi) ที่ประสูติแต่นางในคนหนึ่ง

เมื่อจักรพรรดิโองิมะชิผู้เป็นพระอัยกา (ปู่) ได้สละราชบัลลังก์เมื่อปี พ.ศ. 2129 เจ้าชายคะตะฮิโตะผู้เป็นพระราชนัดดาพระชนมายุ 15 พรรษาจึงเสด็จขึ้นครองราชย์สืบต่อมาโดยได้ประกอบพระราชพิธีบรมราชาภิเษกเมื่อวันที่ 4 มกราคม พ.ศ. 2130

• จักรพรรดินี : ฟุจิวะระ โนะ (โคะโนะเอะ) ซะกิโกะ หรือต่อมาคือ จักรพรรดินีชูวะ (Empress Dowager Chuwa) (2118 - 2173)
  • พระราชธิดาพระองค์ใหญ่ : เจ้าหญิงโชโกะ (Princess Shoko , 2133 - 2137)
  • พระราชธิดาพระองค์ที่ 2 : ริวโตอิน โนะ มิยะ (Ryotoin no miya , 2135 - 2143)
  • พระราชธิดาพระองค์ที่ 3 : เจ้าหญิงเซชิ (Princess Seishi , 2136 - 2217)
  • พระราชธิดาพระองค์ที่ 4 : เจ้าหญิงบุนโก (Princess Bunko , 2138 - 2187)
  • พระราชโอรสองค์ใหญ่ : เจ้าชายโคะโตะฮิโตะ (Prince Kotohito) (ต่อมาคือ จักรพรรดิโกะ-มิซุโน , 2139 - 2223)