ในอนาคต การรถไฟแห่งประเทศไทย (รฟท.) ร่วมกับกรมการขนส่งทางราง จะทำการย้ายสถานีต้นทางหลักของกรุงเทพมหานคร จากสถานีหัวลำโพง มาที่ ชุมทางบางซื่อ และรวมเส้นทาง รถไฟฟ้าชานเมืองสายสีแดง รถไฟทางไกล รถไฟความเร็วสูง (สายกรุงเทพ-นครราชสีมา) และ รถไฟฟ้าเชื่อมท่าอากาศยานสุวรรณภูมิ เข้าไว้ที่สถานีกลางบางซื่อเป็นสถานีหลักแห่งเดียวของกรุงเทพมหานคร พร้อมจัดเส้นทางใหม่ จากบางซื่อไปนครปฐม เป็นสายตะวันตก และจากบางซื่อ ไปหัวลำโพง ลดระดับลงใต้ดินเข้าสู่วงเวียนใหญ่ ไปตามแนวทางรถไฟสายแม่กลอง และส่วนต่อขยายจากสถานีปลายทางที่แม่กลองไปยังปากท่อ[9] ตลอดจนทุกสถานีหลังจากนี้ นับเป็นเส้นทางใหม่ของสายใต้ ส่วนจากบางซื่อไปชุมทางบ้านภาชี ยังเป็นสายเหนือและสายตะวันออกเฉียงเหนือเช่นเดิม และจากบางซื่อไปฉะเชิงเทรา เป็นสายตะวันออกตามเดิม และแยกเพิ่มอีก 2 เส้นทางคือ รถไฟด่วนพิเศษ (เส้นทางแรก กรุงเทพ-นครราชสีมา) และรถไฟฟ้าเชื่อมท่าอากาศยานสุวรรณภูมิ (SARL : Suvarnabhumi Airport Rails Link)