เอมิเรตอัฟกานิสถาน

• พ.ศ. 2252 - 2271
  พ.ศ. 2369 - 2423
• พ.ศ. 2444 - 2462
• พ.ศ. 2462 - 2464

ธงชาติอัฟกานิสถานยุคแรก เริ่มใช้ในสมัยราชวงศ์โฮทาคิ มีลักษณะเป็นธงพื้นสีดำเกลี้ยง ต่อมาในสมัยการปกครองของอับดุร์ เราะห์มาน ข่าน (Abdur Rahman Khan) ได้มีการรื้อฟื้นธงพื้นสีดำเกลี้ยงใช้เป็นธงชาติอย่างเป็นทางการ ในสมัยการปกครองของฮาบิบุลเลาะห์ ข่าน (Habibullah Khan) ได้เพิ่มรูปตราแผ่นดินที่กลางผืนธง ต่อมา อมานุลเลาะห์ (Amanullah Khan) มีการแก้ไขแบบตรา โดยเพิ่มรัศมี 8 ทิศ ล้อมรอบรูปตราแผ่นดิน เป็นธงชาติผืนแรกในรัชสมัยของพระองค์เมื่อ พ.ศ. 2469 (ต่อมาสถาปนาตนเองเป็นพระเจ้าชาห์ (Shah) เมื่อเปลี่ยนรูปแบบประเทศเป็นราชอาณาจักร)

จักรวรรดิดูรานี

• พ.ศ. 2290 - 2385
• พ.ศ. 2385 - 2394

ราชอาณาจักรอัฟกานิสถาน

พ.ศ. 2471 - 2472

• พ.ศ. 2471
• พ.ศ. 2471
• พ.ศ. 2471 - 2472

ธงชาติผืนที่ 2 ได้มีการนำแบบธงยุคก่อนหน้าธงเมื่อ พ.ศ. 2462 มาปรับแก้ไข โดยยกเอารัศมีล้อมภาพออก และ ปรับขนาดแบบตรา โดยขยายตราให้ใหญ่ขึ้น ประกอบช่อชัยพฤกษ์รองรับที่ด้านล่างของตรา ธงชาติผืนที่ 3 พระเจ้าอมานุลเลาะห์ ได้มีการแก้ไขแบบธงในปี พ.ศ. 2471 ให้มีลักษณะเป็นธงสามสีแบ่งตามแนวนอน พื้นสีดำ-แดง-เขียว หมายถึงเลือดที่หลั่งออกมาเพื่อเอกราช ในสงครามอังกฤษ-อัฟกัน ครั้งที่ 3 และ ความหวังต่ออนาคตเบื้องหน้า กลางธงมีตราแผ่นดินยุค พ.ศ. 2462 แบบธงนี้เป็นไปได้ว่า พระเจ้าอมานูเลาะห์ชาห์จะทรงได้รับอิทธิพล จากธงชาติเยอรมนี (ธงสีดำ-แดง-ทอง) ภายหลังที่พระองค์เสด็จประพาสยุโรปเมื่อ พ.ศ. 2470

ธงชาติผืนที่ 4 ได้แก้ไขแบบธงจ่าก ธงแถบแนวนอนเป็นธงแถบแนวตั้ง ประกอบตราแผ่นดินแบบใหม่ ตราแผ่นดินมีลักษระเป็นภาพยอดเขาปกคลุมด้วยหิมะ เบื้องหลังเป็นพระอาทิตย์อุทัย หมายถึง การเริ่มต้นของราชอาณาจักรใหม่ซึ่งมีเอกราชของตนเอง

พ.ศ. 2472

• ธงชาติ
• ไฟล์:Flag of Afghanistan 1929 (variant with crescent).svg
  ธงราชการ
• ไฟล์:Flag of Afghanistan 1929 (variant with emblem).svg
  ธงทหาร

ธงชาติในรัชสมัยพระเจ้าฮาบิบุลเลาะห์คาลาคานี หรือฮาบิบุลเลาะห์ข่าน (Habibullah Khan) พระนามอย่างเป็นทางการคือ บาชา-อี-ซาเกา (Bacha-i-Saqao) ลักษณะธงสามสี แดง-ดำ-ขาวนี้ เป็นธงของอัฟกานิสถาน อย่างที่เคยใช้ในสมัยการยึดครองโดยจักรวรรดิมองโกล ในช่วงพุทธศตวรรษที่ 18 โดยประมาณ

พ.ศ. 2472 - 2516

• พ.ศ. 2472 - 2473
• พ.ศ. 2473 - 2516

ธงชาติในรัชสมัยพระเจ้ามูฮัมหมัด นาดีร์ ชาห์สมัยแรก ในยุคนี้ธงสามสี สีดำ-แดง-เขียว ถูกนำมาใช้อีกครั้งหนึ่ง ส่วนภาพตราแผ่นดินกลางธงนั้น ใช้ตราอย่างธงชาติในสมัย พ.ศ. 2462 ต่อมาในรัชสมัยพระเจ้ามูฮัมหมัด นาดีร์ ชาห์สมัยหลัง และพระเจ้ามูฮัมหมัด ซาฮีร์ ชาห์ ธงนี้ปรับปรุงจากธงในสมัย พ.ศ. 2472 โดยยกเอารัศมีแปดทิศออก และขยายตราให้ใหญ่ขึ้น ที่ระหว่างรูปสุเหร่าและช่อรวงข้าวที่ล้อมตราสัญลักษณ์นั้น มีเลขฮิจเราะห์ศักราชที่ 1348 เขียนด้วยอักษรอาหรับ (١٣٤٨) ซึ่งเป็นปีที่พระเจ้ามูฮัมหมัด นาดีร์ ชาห์ เสวยราชสมบัติ (ตรงกับ ค.ศ. 1929 ตามปฏิทินเกรกอเรียน หรือ พ.ศ. 2472 โดยประมาณ)

สาธารณรัฐ

• พ.ศ. 2516
• พ.ศ. 2517 - 2521

ธงชาติแบบแรกของสาธารณรัฐ เป็นการเอาธงในสมัยก่อนหน้ามาใช้เป็นการชั่วคราว โดยลบเลข ฮ.ศ. 1348 ออกเสีย ต่อมามีการแก้ไขแแบบธง สำหรับใช้เป็นธงของสาธารณรัฐแบบที่ 2 ใช้สีอย่างธงชาติเดิม แต่เรียงแถบสีใหม่ตามแนวนอน เป็นสีดำ-แดง-เขียว ตามลำดับ แถบสีเขียวนั้นกว้างเป็นสองเท่าของแถบสีดำและแดง ที่มุมธงบนด้านคันธงใช้ภาพตราสัญลักษณ์ใหม่ เป็นตรานกอินทรีสยายปีกมีรัศมีเปล่งที่ศีรษะ (หมายถึงสาธารณรัฐที่เกิดใหม่) มีรูปที่นั่งแสดงธรรมที่อกนก (หมายถึงสุเหร่า ศาสนาสถานในศาสนาอิสลาม) ล้อมรอบด้วยช่อรวงข้าว รูปเหล่านี้เป็นสีเหลือง สีธงชาติในสมัยนี้มีการนิยามไว้ว่า สีดำหมายถึงประวัติศาสตร์แห่งความมืดมนและทุกข์ยากของชาติ สีแดงหมายถึงเลือดที่หลั่งรินเพื่อเอกราช และสีเขียวหมายถึงความมั่งคั่งจากการทำเกษตรกรรม

สาธารณรัฐประชาธิปไตย

• พ.ศ. 2521
• พ.ศ. 2521 - 2522
• กันยายน-ธันวาคม พ.ศ. 2522
• พ.ศ. 2522 - 2530

เมื่อผู้นำของสาธารณรัฐ ถูกสังหารในการรัฐประหารโดยพรรคคอมมิวนิสต์ รัฐบาลระบอบใหม่ของพรรคดังกล่าว จึงได้ยกเอาสัญลักษณ์ในธงชาติของสาธารณรัฐเดิมออกเสีย ธงในยุคนี้ใช้ธงแดงมีรูปสัญลักษณ์ประกอบที่มุมธงบนด้านคันธง ตามความนิยมของประเทศที่ปกครองด้วยพรรคคอมมิวนิสต์โดยทั่วไป รูปสัญลักษณ์นั้น มีลักษณะเป็นรูปช่อรวงข้าวมีแพรแถบข้อความที่ตอนล่าง เหนือดวงตรามีรูปดาวสีเหลือง (หมายถึงชนชาติหลัก 5 ชนชาติของประเทศ) ภายในช่อรวงข้าวมีอักษรอาหรับ เป็นข้อความว่า "คาลก์" ("Khalq") แปลว่า ประชาชน ธงนี้เป็นธงเดียวกับธงของกลุ่มคาลก์ ของพรรคประชาธิปไตยประชาชนอัฟกานิสถาน ภายใต้การนำของประธานาธิบดี นูร์ มูฮัมหมัด ตะรากี จนกระทั่งเขาถูกลอบสังหารเมื่อเดือนกันยายน พ.ศ. 2522

ธงนี้ใช้อยู่ในระยะเวลาอันสั้น ตั้งแต่เดือนกันยายนถึงเดือนธันวาคม พ.ศ. 2522 ในสมัยที่ประเทศอยู่ภายใต้การนำของฮะฟีซอลลาห์ อะมีน ลักษณะเป็นธงแดง ภายในมีตรารูปฟันเฟืองกับรวงข้าวซ้อนทับกัน (หมายถึงการเกษตร) ซึ่งธงนี้เดิมก็ได้ใช้เป็นธงประจำพรรคประชาธิปไตยประชาชนอัฟกานิสถานด้วย การเข้ายึดครองอัฟกานิสถานโดยสหภาพโซเวียต ในเดือนธันวาคมของปีนั้น ทำให้รัฐบาลของนายฮะฟีซอลลาห์ อะมีน สิ้นสภาพลง

หลังจากการโค่นล้มรัฐบาลกลุ่มคาล์กของนายฮะฟีซอลลาห์ อะมีน โดยกลุ่มปาร์ชาม ภายใต้การนำของนายบาบรัค คาร์มาล ด้วยความช่วยเหลือจากสหภาพโซเวียต รัฐบาลใหม่ได้นำธงสามสี ดำ-แดง-เขียว กลับมาใช้อีกครั้ง มีความหมายถึงประวัติศาสตร์ของชาติ การเสียสละเพื่อเอกราช และศาสนาอิสลาม ตามลำดับ ที่มุมธงบนด้านคันธง มีรูปตราสัญลักษณ์ใหม่ แสดงภาพพระอาทิตย์อุทัย (ตามนามเดิมของประเทศ ซึ่งมีชื่อว่า โคระส่าน (Khorasan) แปลว่า แดนแห่งพระอาทิตย์อุทัย) ภาพแท่นแสดงธรรมและคัมภีร์อัลกุรอาน (หมายถึง ศาสนาอิสลาม) ฟันเฟืองอันเป็นสัญลักษณ์ของอุตสาหกรรม ดาวแดงแห่งลัทธิคอมมิวนิสต์ ทั้งหมดล้อมด้วยรูปช่อรวงข้าว พันด้วยแพรแถบสีธงชาติ

สาธารณรัฐที่ 2

• พ.ศ. 2530 - 2535

ธงในสมัยสาธารณรัฐที่ 2 ใช้ธงลักษณะอย่างธงยุคก่อนหน้า แต่รายละเอียดในตราสัญลักษณ์มีการเปลี่ยนแปลงหลายประการ โดยรูปดาวแดงและคัมภีร์อัลกุรอานถูกยกออกไป ย้ายรูปฟันเฟืองมาไว้ตอนล่าง และพื้นสีเขียวในตรานั้นเป็นรูปโค้งแสดงขอบฟ้า ภายหลังการล่มสลายของสหภาพโซเวียต

รัฐอิสลาม

• 27 เมษายน - 6 ธันวาคม พ.ศ. 2535
• พ.ศ. 2535 - 2544
• พ.ศ. 2544 - 2545

ธงชาติในสมัยรัฐอิสลาม เมื่อ พ.ศ. 2535 ลักษณะเป็นธงสามสีแถบสีดำ-ขาว-เขียว แบ่งตามแนวนอน บนแถบสีดำมีข้อความภาษาอาหรับว่า "อัลลอหฺ อัคบาร์" (อัลลอหฺทรงยิ่งใหญ่ที่สุด) แถบกลางมีรูปอักษรที่เรียกว่า ชะฮาดะฮ์ ซึ่งเป็นข้อความภาษาอาหรับ แปลความได้ว่า "ข้าพเจ้านับถือว่า ไม่มีพระเจ้าอื่นใดนอกเหนือจากอัลลอหฺ และศาสดามุฮัมมัดคือ​ศาสนทูตแห่งอัลลอหฺ" ในภายหลังได้มีการแก้ไขแบบธง โดยเพิ่มรูปตราแผ่นดินแบบลายเส้นสีทองที่กลางธง ในเดือนพฤศจิกายน พ.ศ. 2544 ได้เพิ่มข้อความภาษาอาหรับสีฟ้าอยู่ระหว่างตราแผ่นดินบนแถบสีขาว ความว่า

เอมิเรตอิสลาม

• พ.ศ. 2539 - 2540
• พ.ศ. 2540 - 2543

ธงชาติในสมัยเอมิเรตอิสลาม กลุ่มตอลิบานใช้ธงพื้นขาวเกลี้ยง เป็นธงชาติอัฟกานิสถานภายใต้การปกครองของตนเอง ภายหลังมีการเพิ่มอักษรชะฮาดะฮ์ได้มีการเพิ่มลงบนธงพื้นสีขาวในสมัยนี้

รัฐบาลเฉพาะกาล

• ธงชาติ
• ธงราชการ ตราแผ่นดินสีทอง

ธงชาติในสมัยรัฐบาลเฉพาะกาล ชุดถ่ายโอนอำนาจ ใช้ธงลักษณะคล้ายกับธงในสมัยราชอาณาจักรยุค พ.ศ. 2472 เป็นพื้นสีดำ-แดง-เขียว แบ่งตามแนวตั้ง กลางธงมีตราแผ่นดินแบบลายเส้นสี ธงนี้แตกต่างจากธงเดิม ตรงที่มีการเพิ่มรูปอักษรชะฮาดะฮ์ที่ตอนบนของตรา และเลขบนปีฮิจเราะห์ศักราชเป็นปี ฮ.ศ. 1298 (١۲۹٨) ตรงกับปี ค.ศ. 1919 หรือ พ.ศ. 2472 ตามปฏิทินเกรกอเรียน ซึ่งเป็นปีที่ได้รับเอกราชจากสหราชอาณาจักร ในส่วนราชการใช้ตราแผ่นดินแบบลายเส้นสีทองบนธง อัตราส่วน 1:2

สาธารณรัฐอิสลาม

• พ.ศ. 2547 - 2556
• ตั้งแต่ พ.ศ. 2556

ธงชาติที่ใช้อยู่นี้ เริ่มใช้ตั้งแต่ พ.ศ. 2547 ลักษณะคล้ายธงก่อนหน้า แต่ปรับขนาดอัตราส่วนธงใหม่ นอกจากนี้ ยังมีการเพิ่มรูปอักษร "ชาฮาดาห์" ลงในตอนบนของตราด้วย ในปี พ.ศ. 2556 ได้มีการปรับแก้ในรายละเอียดของธงในบางประการ