เมื่อศึกษาตามหลักศัพทมูลวิทยาพบว่านูกูอาโลฟา มีที่มาจากคำในภาษาตองงา 2 คำ คือคำว่า Nuku หมายถึง ที่พัก และคำว่า Alofa หมายถึง ความรัก ดังนั้นนูกูอาโลฟา จึงมีความหมายว่าที่พักแห่งความรัก[11][lower-alpha 2] นูกูอาโลฟาปรากฏชื่อเป็นลายลักษณ์อักษรครั้งแรกในหนังสือของมิชชันนารีชาวอังกฤษที่ชื่อจอร์จ แวสัน ซึ่งตีพิมพ์เมื่อ ค.ศ. 1810 บอกเล่าถึงประสบการณ์ของเขาในการเดือนทางเยือนตองงาใน ค.ศ. 1797 โดยเขาสะกดชื่อเมืองแห่งนี้ว่า Noogollefa[13]:68 นอกจากนี้ยังพบการเขียนชื่อนูกูอาโลฟาของชาวตะวันตกที่เข้ามาเยี่ยมเยียนอีกหลายรูปแบบ ได้แก่ Nioocalofa[14]:93 Nukualofa[15]:33–4 และ Noukou-Alofa[16]:184 สาเหตุที่การสะกดชื่อต่างจากปัจจุบัน เนื่องจากการพัฒนาตัวอักษรละตินเพื่อเขียนภาษาตองงาได้เริ่มจริงจังในช่วงคริสต์ทศวรรษ 1820–30[17]:102