ปฏิบัติการครั้งนี้ต้องเผชิญกับระดับน้ำที่สูงขึ้น แผนคือ การฝึกใช้อุปกรณ์ดำน้ำ หรือรออีกหลายเดือนจนกว่าระดับน้ำจะลดลง[33][34] โดยปกติแล้ว ถ้ำจะมีน้ำท่วมในช่วงฤดูฝน คือท่วมตั้งแต่กันยายนถึงตุลาคม[35] แต่น้ำก็ยังอาจสูงท่วมได้มากกว่านี้เพราะเพิ่งเข้าฤดูฝน และจะตกหนักสุดในเดือนสิงหาคม การให้เด็ก ๆ รอคอย 4 เดือน อาจส่งผลกระทบทางด้านจิตใจและเสี่ยงต่อการป่วยและเป็นโรค[36]

จากการสำรวจทางน้ำไหลภายในถ้ำ จุดที่เด็ก ๆ อยู่นั้นอยู่ห่างจากปากถ้ำ 3.75 กิโลเมตร (2.33 ไมล์) และอยู่ต่ำกว่ายอดเขา 800–1,000 เมตร (2,600–3,300 ฟุต)[37] โถงที่อยู่มีความกว้างราว 8 ม. ความสูงราว 3 ม.[36] เส้นทางที่จะเข้าถึงมีน้ำท่วมขังหลายจุดและบางช่วงก็แคบมาก[38] และบางช่วงกระแสน้ำไหลเชี่ยวและทัศนวิสัยเท่ากับ 0[39] การเดินทางเข้าไปในถ้ำใช้เวลาหลายชั่วโมงแม้จะเป็นนักประดาน้ำที่มีประสบการณ์[34] จากข้อมูลของหน่วยซีลรายงานว่าการเข้า-ออกถ้ำใช้เวลาถึง 11 ชม. เป็นขาเข้า 6 ชม. และขาออก 5 ชม.[40] ทีมจึงได้ค้นหาทางออกอื่นที่อาจเป็นเส้นทางที่ง่ายกว่า[41] การเจาะถ้ำก็ใช้เป็นการช่วยระบายน้ำออกจากถ้ำได้ และพิจารณาการเปิดช่องทางสำหรับการออกจากถ้ำด้วย อย่างไรก็ดียังไม่พบจุดเจาะถ้ำที่เหมาะสม[38][37] บริเวณโถงพัทยาบีช หากขุดเจาะจากด้านบน คาดว่ามีระยะ 1.2 กิโลเมตร (0.75 ไมล์) แต่การขุดเจาะอาจเป็นไปด้วยความยากลำบาก เนื่องจากเต็มไปด้วยชั้นหินปูนและอาจใช้เวลานานหลายอาทิตย์[36]

มีการติดตั้งระบบปั๊มน้ำออกจากถ้ำและได้ทำการเปลี่ยนทางน้ำไหล จากการวัดระดับน้ำในวันที่ 5 กรกฎาคม สามารถลดระดับน้ำได้ 1.5 ซม. (0.59 นิ้ว) ต่อชั่วโมง ส่งผลทำให้ทีมผู้ช่วยเหลือสามารถเดินเข้าไปได้ในถ้ำ 1.5 กิโลเมตร (0.93 ไมล์) อย่างไรก็ดี คาดว่าฝนจะตกหนักในวันที่ 8 กรกฎาคม อาจจะต้องหยุดดำเนินการหรือเปลี่ยนวิธี เพราะอาจทำให้น้ำท่วมไปถึงผู้ติดอยู่ภายใน[42][35][37]

เมื่อวันที่ 6 กรกฎาคม นักทำลายใต้น้ำจู่โจมนอกราชการ อดีตหน่วยซีลที่รับภารกิจให้ลำเลียงขวดอากาศจากโถงสามภายในถ้ำหลวง ไปยังจุดต่าง ๆ บริเวณสามแยก ตั้งแต่เมื่อวันที่ 5 กรกฎาคม โดยเริ่มดำน้ำตั้งแต่เวลา 20.37 น. เมื่อเสร็จภารกิจขณะดำน้ำกลับได้หมดสติในน้ำ คู่ดำน้ำได้ทำการปฐมพยาบาล (CPR) แต่ไม่ได้สติ จึงนำกลับมายังโถงสามเพื่อปฐมพยาบาลอีกครั้ง แต่ก็ยังไม่ได้สติและเสียชีวิตลงเวลาประมาณ 01.00 น เจ้าหน้าที่จึงได้นำพาร่างออกมาถึงหน้าถ้ำหลวง และส่งไปยัง ร.พ.ค่ายพญาเม็งรายมหาราช ภายหลังทราบชื่อคือ จ่าเอกสมาน กุนัน[43][44] โดยสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวฯ ทรงรับสั่งจัดงานศพและพระราชทานน้ำหลวงอาบศพแด่จ่าเอกสมาน กุนัน[45]