ในเดือนสิงหาคม ค.ศ. 2012 ทางการยูกันดาและอิสราเอลได้ไว้อาลัยการจู่โจมในพิธีที่ฐานของหอคอย ณ ท่าอากาศยานเอนเทบเบเก่า ที่โยนาทัน เนทันยาฮู ถูกฆ่าตาย ยูกันดาและอิสราเอลกลับมามีความมุ่งมั่นถึง "การต่อสู้กับการก่อการร้ายและการทำงานเพื่อมนุษยชาติ"[103] นอกจากนี้ ได้มีการวางพวงมาลา, จัดช่วงสงบนิ่ง, กล่าวสุนทรพจน์ และท่องบทกวี โดยมีธงของยูกันดาและอิสราเอลโบกอยู่ข้าง ๆ ซึ่งแสดงให้เห็นถึงความสัมพันธ์ทวิภาคีที่แน่นแฟ้นของทั้งสองประเทศ และที่ข้าง ๆ ยังมีแผ่นจารึกแสดงประวัติการโจมตี พิธีนี้มีผู้เข้าร่วมโดยรัฐมนตรีว่าการกระทรวงอุตสาหกรรมสัตว์รัฐยูกันดา ไบรท์ รวามิรามา และรองรัฐมนตรีว่าการกระทรวงการต่างประเทศของอิสราเอล ดาเนียล อายาลอน ผู้วางพวงมาลา ณ สถานที่เกิดเหตุการณ์[103] สี่สิบปีนับจากวันที่ปฏิบัติการช่วยเหลือ เบนจามิน เนทันยาฮู ผู้เป็นนายกรัฐมนตรีอิสราเอล และเป็นน้องชายของโยนาทัน เนทันยาฮู สมาชิกหน่วยคอมมานโดซาเยเรตแมตคาลของอิสราเอลที่ถูกสังหาร ได้เข้าเยี่ยมเอนเทบเบกับคณะผู้แทนของอิสราเอล และวางรากฐานสำหรับความสัมพันธ์ทวิภาคีระหว่างอิสราเอล–แอฟริกาใต้สะฮาราเพิ่มเติม