ปี ค.ศ. 1945 หลังจากการกลับมาแข่งขันฟุตบอลอีกครั้ง ได้นำไปสู่การติดต่อ แมตต์ บัสบี ให้เข้ามาคุมทีม เพื่อปฏิวัติสโมสรครั้งใหญ่ทั้งการเลือกตัวผู้เล่น การซื้อขายนักเตะ และรูปแบบการฝึกสอน[1] บัสบี้ทำทีมได้อันดับ 2 ในปี ค.ศ.1947 1948 และ 1949 และแชมป์เอฟเอคัพในปีค.ศ. 1948 ซึ่งเป็นแชมป์แรกในรอบ 37 ปี ของสโมสร ในปีค.ศ. 1952 สโมสรก็ประสบความสำเร็จในการคว้าแชมป์ดีวิชั่น 1 ซึ่งถือเป็นแชมป์ลีกสูงสุดของประเทศ หลังจากห่างหายไป 41 ปี [2]ด้วยนักเตะอายุเฉลี่ยแค่ 22 ปี และสามารถครองแชมป์ได้ติดต่อกันในปี ค.ศ.1956 และ 1957 สื่อมวลชนได้ขนานนามทีมว่าบัสบีเบบส์ บัสบี้ได้ใส่ศรัทธาให้กับทีม ทำการปลุกปั้นผู้เล่นหน้าใหม่เข้ามาแทนที่นักเตะที่อายุโรยราไป[3] ในปีค.ศ.1956-57 แมนเชสเตอร์ยูไนเต็ด ได้กลายเป็นทีมแรกของอังกฤษที่สามารถคว้าแชมป์ยูโรเปี้ยนคัพได้ ทั้งๆ ที่ก่อนหน้าปีนั้นสโมสรเชลซี มีโอกาสก่อนจากการเข้าชิง[4] แต่ก็ต้องพ่ายแพ้ให้กับสโมสรรีล มาดริด ที่สามารถชนะทีมอันเดอร์เลช แชมป์ของลีกเบลเยียมได้ 10-0 ซึ่งเป็นสถิติสูงสุดในการชนะคู่แข่งของสโมสร[5]ฤดูกาลถัดมา ระหว่างการเดินทางกลับจากการแข่งขันรายการยูโรเปี้ยนคัพกับทีมเรด สตาร์ เบลเกรด เครื่องบินโดยสารที่บรรทุกนักเตะแมนเชสเตอร์ยูไนเต็ด พร้อมผู้โดยสารอื่น ได้เกิดอุบัติเหตุระหว่างแวะเติมเชื้อเพลิงที่ มิวนิก เยอรมนี ซึ่งเรียกว่า ภัยพิบัติทางอากาศมิวนิก เมื่อวันที่ 6 กุมภาพันธ์ ค.ศ.1958 ได้คร่าชีวิตผู้โดยสารทั้งหมด 23 ชีวิต ซึ่ง 8 ในนั้นเป็นนักเตะแมนเชสเตอร์ยูไนเต็ด อันประกอบด้วย เจฟฟ์ เบนท์ โรเจอร์ เบิร์น เอดดี้ โคลแมน ดังคัน เอดเวิดส์ มาร์ค โจนส์ เดวิด เพกก์ ทอมมี่ เทย์เลอร์ และ บิลลี่ วีแลน และบาดเจ็บอีกจำนวนมากซึ่งสองในนั้นไม่สามารถเล่นฟุตบอลได้อีก[6][7]ช่วงระยะเวลาที่บัสบีกำลังรักษาตัวอยู่ จิมมี เมอร์ฟี ผู้จัดการทีมสำรองและผู้ช่วยผู้จัดการทีมของบัสบีในทีมชุดใหญ่ได้เข้ามาคุมทีมแทนชั่วคราวและก็สามารถพาทีมเข้าถึง รอบชิงชนะเลิศของเอฟเอคัพ แม้จะต้องพ่ายแพ้ให้แก่โบลตัน วันเดอเรอส์ ในช่วงเหตุการณ์ร้ายแรงนี้เอง ทางยูฟ่า ได้เชิญให้สโมสรเข้าร่วมการแข่งขัน ฟุตบอลยูโรเปี้ยนคัพ ปี 1958-59 พร้อมกับวูฟแฮมตัน วันเดอเรอร์ แชมป์ลีกสูงสุดในเวลานั้น แม้ว่าทางเอฟเอ จะไม่เห็นควรในการเข้าแข่งขันในครั้งนี้เพราะไม่ผ่านเงื่อนไขในการเข้าแข่งขัน[8][9] หลังจากเกิดเหตุการณ์มิวนิก 2 ปี บัสบี้ได้สร้างทีมขึ้นมาใหม่จากผู้เล่นที่รอดชีวิต เช่น บ็อบบี ชาร์ลตัน แฮร์รี เกร็กก์ และ บิล โฟร์ค รวมทั้งนักเตะใหม่อันประกอบด้วย อัลเบิร์ต ควิแซล โนเอล แคนท์เวลและ มัวไรซ์ เซตเตอร์บัสบีได้สร้างทีมขึ้นมาใหม่ในช่วงทศวรรษท 1960 ในการซื้อนักเตะใหม่เข้ามาเสริม เช่น เดนนิส ลอว์ และ แพต ครีแลนด์ รวมทั้งผู้เล่นดาวรุ่งอย่าง จอร์จ เบสต์ และสามารถคว้าแชมป์เอฟเอคัพ ได้ในปี ค.ศ.1963 ซึ่งถือเป็นแชมป์แรกหลังจากเหตุการณ์ที่มิวนิก ปีต่อมาได้อันดับที่ 2 แต่ก็สามารถคว้าแชมป์ได้ในปี ค.ศ. 1965 และ 1967 ปี ค.ศ.1968 แมนเชสเตอร์ยูไนเต็ด ได้กลายเป็นสโมสรอังกฤษทีมแรกที่คว้าแชมป์ยูโรเปี้ยนคัพ หลังจากเอาชนะ 4-1 ต่อทีมเบนฟิกาในนัดชิงชนะเลิศ[10] 3 นักเตะในทีมยังได้รับเลือกให้เป็นผู้เล่นแห่งปีของยุโรป อันประกอบด้วย บ็อบบี ชาร์ลตัน เดนิส ลอว์ และ จอร์จ เบสต์[11] แมตต์ บัสบี ลาออกในปี ค.ศ.1969 และถูกแทนที่โดยโค้ชทีมสำรองอย่าง วิล์ฟ แมคกินเนส ซึ่งเขายังเป็นอดีตนักเตะของยูไนเต็ดด้วย[12]