เมื่อกองทัพปลดแอกประชาชนจีนยึดครองประเทศได้ ขับไล่รัฐบาลพรรคก๊กมินตั๋งไปไต้หวัน มีกลุ่มชนชั้นสูงในทิเบตและชาวคามทางภาคตะวันออกร่วมมือกับสหรัฐและไต้หวันเพื่อต่อต้านคอมมิวนิสต์ ในขณะที่ภายในรัฐบาลลาซาเองเกิดความแตกแยกเป็น 2 กลุ่มอย่างชัดเจน ระหว่างฝ่ายที่สนับสนุนจีนและฝ่ายต่อต้านจีน

พรรคคอมมิวนิสต์จีนนำโดยเหมา เจ๋อตุง ไม่ได้เข้าไปแทรกแซงในทิเบตมากนักเมื่อขึ้นครองอำนาจในช่วงแรก จนกระทั่งปี พ.ศ. 2493 กองทัพปลดปล่อยประชาชนจีนจึงเข้าสู่เขตชัมโดของทิเบตและปราบปรามการต่อต้านของทิเบตได้สำเร็จ ปี พ.ศ. 2494 รัฐบาลจีนเสนอข้อตกลง 17 ข้อให้ทิเบต เพื่อให้การยอมรับว่าจีนมีอำนาจเหนือทิเบต ข้อตกลงนี้ได้มีการลงนามในเมืองลาซาในอีกไม่กี่เดือนต่อมา

รัฐบาลจีนได้แผ่อิทธิพลไปยังทิเบตอย่างช้า ๆ จนมีการลงนามในข้อตกลง 17 ข้อ ระหว่างรัฐบาลลาซากับรัฐบาลจีนเมื่อ 23 พฤษภาคม พ.ศ. 2494 ซึ่งเป็นการระบุว่า ทิเบตเป็นส่วนหนึ่งของจีน รัฐบาลจีนเริ่มปฏิรูปที่ดินในเขตอู-จั้ง รวมคามตะวันออกและอัมโด เข้ากับมณฑลเสฉวน และมณฑลชิงไห่ ตามลำดับ คามตะวันตกอยู่ภายใต้การควบคุมของกองทหารที่ชัมโด ในบริเวณดังกล่าวเริ่มมีการปฏิรูปที่ดิน รัฐบาลจีนสร้างถนนหลวงจากลาซาเพื่อเชื่อมต่อกับชายแดนอินเดีย เนปาลและปากีสถาน รัฐบาลท้องถิ่นของทิเบตอยู่ภายใต้อำนาจของรัฐบาลจีน ในช่วง พ.ศ. 2493 รัฐบาลจีนยังให้ความสำคัญกับระบบลามะในทิเบต และก่อน พ.ศ. 2502 ในทิเบตยังมีทาส

ประมาณ พ.ศ. 2498 การปฏิรูปที่ดินในเขตคามตะวันออกและอัมโดเกิดขึ้นอย่างเต็มรูปแบบ ทำให้เกิดกบฏต่อต้านทั่วเขตคามตะวันออกและแพร่เข้าสู่คามตะวันตกและอู-จั้ง ใน พ.ศ. 2502 เป็นปีที่ทะไลลามะมีอำนาจเต็มในการบริหารด้วยพระองค์เอง และเป็นปีที่รัฐบาลจีนพยายามก่อตั้งคอมมูนในทิเบตตามอย่างที่ได้จัดมาแล้วทั่วประเทศจีน ทำให้เกิดกบฏในลาซา

ขบวนการป้องกันทิเบตเริ่มต่อต้านการปกครองจากรัฐบาลจีนในช่วง พ.ศ. 2501 – 2502 ซึ่งเริ่มแรกได้รับการสนับสนุนอย่างลับ ๆ จากสหรัฐ กลุ่มกบฏเข้ายึดครองทิเบตใต้จนกระทั่งรัฐบาลจีนส่งทหารเข้าไปปราบปรามใน พ.ศ. 2502 และเข้ายึดครองลาซา กองทัพต่อต้านจีนจึงย้ายฐานที่มั่นไปเนปาล ตั้งเขตปกครองกึ่งอิสระที่นั่นจน พ.ศ. 2512 เมื่อการสนับสนนถูกยกเลิก จึงถูกรัฐบาลเนปาลปราบปราม

ความสัมพันธ์ระหว่างจีนกับทิเบตตึงเครียดขึ้นเมื่อเกิดกบฏในเขตคามและขยายเข้าสู่กรุงลาซา ความขัดแย้งนำไปสู่การจลาจลเมื่อวันที่ 10 มีนาคม พ.ศ. 2502 เมื่อพวกกบฏเข้าล้อมวังนอร์บุลิงกา ไม่ยอมให้ทะไลลามะเสด็จไปค่ายทหารปลดแอกประชาชนตามคำเชิญของทหารจีนเพราะเกรงจะถูกจับเป็นตัวประกัน ทำให้ทหารปลดแอกประชาชนเข้าปราบปรามกลุ่มกบฏ ทะไลลามะเสด็จหนีออกจากลาซาไปลี้ภัยในอินเดียในคืนนั้น ต่อมาจึงประกาศจัดตั้งรัฐบาลพลัดถิ่นเพื่อเรียกร้องเอกราชจากจีน จีนแต่งตั้งปันเชนลามะเป็นผู้นำของรัฐบาลทิเบตแทน

พ.ศ. 2508 จีนได้จัดให้ดินแดนทิเบตที่เคยอยู่ภายใต้การปกครองของทะไลลามะเป็นเขตปกครองตนเองทิเบต มีผู้นำเป็นชาวทิเบตอยู่ภายใต้การควบคุมของชาวจีนที่เป็นตัวแทนจากพรรคคอมมิวนิสต์จีนอีกต่อหนึ่ง การแสดงออกทางวัฒนธรรมของทิเบตถูกจำกัดในช่วงปฏิวัติวัฒนธรรม ตั้งแต่ พ.ศ. 2522 เป็นต้นมา จีนมีการปฏิรูปเศรษฐกิจ การควบคุมทางวัฒนธรรมและศาสนาได้ผ่อนคลายลง อนุญาตให้ชาวต่างชาติเข้าไปในทิเบตได้