กษัตริย์ฝรั่งเศสทรงพยายามจะบุกยึดคาบสมุทรอิตาลีใน ค.ศ. 1494 ในสงครามอิตาลี (Italian Wars) จักรพรรดิแมกซิมิเลียนทรงร่วมมือกับชาติต่าง ๆ ในยุโรปและพระสันตะปาปาต้านการรุกรานของฝรั่งเศส ใน ค.ศ. 1519 พระโอรสคือพระเจ้าชาร์ลส์ที่ 1 แห่งสเปน ขึ้นเป็นจักรพรรดิโรมันอันศักดิ์สิทธิ เป็นการรวมสองอาณาจักรทำให้อาณาเขตของราชวงศ์แฮปสบูร์กแผ่ขยาย

การปฏิรูปศาสนา

พระสันตะปาปาทรงต้องการจะหาเงินมาสร้างวิหารอันสวยงามตามสถาปัตยกรรมเรเนสซองส์ จึงทรงขายบัตรไถ่บาป (indulgences) ในเยอรมนีเพื่อหาเงินโดยอ้างว่าใครซื้อบัตรนี้จะได้รับการไถ่บาป ซึ่งแน่นอนว่าได้รับการประท้วงจากทั้งชาวบ้านขุนนางและสงฆ์ทั้งหลาย การปฏิรูปศาสนา (The Reformation) จึงเริ่มใน ค.ศ. 1517 เมื่อ มาร์ติน ลูเธอร์ (Martin Luther) ตอกตะปูคำประท้วง 95 ข้อ (95 Theses) ไว้หน้าโบสถ์ในเมืองวิทเทนเบิร์ก (Wittenburg) ลูเธอร์ได้รับการสนับสนุนจากเจ้านครรัฐผู้คัดเลือกแห่งแซกโซนี จักรพรรดิชาร์ลส์และพระสันตะปาปาทรงเรียกประชุมสภาเมืองวอร์มส์ (Diet of Worms) บังคับให้ลูเธอร์ขอโทษพระสันตะปาปาและถอนคำประท้วงคืน แต่ลูเธอร์ไม่ยอม

นิกายลูเทอแรน (Lutheranism) จึงแผ่ขยายไปทั่วเยอรมนี เป็นนิกายแรกของโปรเตสแตนต์ เพราะบรรดาเจ้าครองแคว้นต่างต้องการพ้นจากอำนาจของจักรพรรดิจึงใช่ศาสนาเป็นเครื่องมือ เจ้านครรัฐผู้คัดเลือกแห่งแซกโซนีให้ลูเธอร์เก็บตัวอยู่ในปราสาทวาร์ตบูร์ก (Wartburg Castle) เพื่อความปลอกภัยและที่นั่นเองลูเธอร์แปลคัมภีร์ไบเบิลเป็นภาษาเยอรมันเป็นครั้งแรก

บรรดาชาวบ้านที่เข้านับถือนิกายลูเทอแรน จึงฉวยโอกาสก่อกบฏใน ค.ศ. 1524 ต่อเจ้านครต่าง ๆ ในสงครามชาวบ้าน (Peasants' War) แต่เจ้าครองแคว้นก็ปราบปรามกบฏอย่างรวดเร็ว และขุนนางใหญ่คือเจ้านครรัฐผู้คัดเลือกแห่งแซกโซนีและแลนด์กราฟแห่งฮีส (Landgrave of Hesse) ตั้งสันนิบาติชมาลคาดิค (Schmalkadic League) และชักชวนขุนนางอื่น ๆ เข้าร่วมอ้างว่าเพื่อปกป้องนิกายโปรเตสแตนต์ แต่ที่จริงเพื่อทำลายอำนาจของจักรพรรดิ จักรพรรดิชาร์ลส์ทรงง่วนอยู่กับสงครามต่างประเทศ ทำให้นิกายโปรเตสแตนต์สามารถแทรกซึมฝังรากลึกลงไปในเยอรมนี จนใน ค.ศ. 1546 ก็ทรงว่างสามารถมาปราบกบฏขุนนางโปรเตสแตนต์ เป็นสงครามชมาลคาดิค (Schmalkadic War) และปราบได้ใน ค.ศ. 1547 ใน ค.ศ. 1548 ทรงทำสนธิสัญญาสันติภาพออกซ์บูร์ก (Peace of Augsburg) ยอมรับนิกายลูเทอแรน (แต่ไม่ยอมรับนิกายอื่น) และใช้คนในรัฐนั้นนับถือศาสนาตามเจ้าครองแคว้น (Cuius regio, eius regio)

สงครามสามสิบปี

แม้สนธิสัญญาสันติภาพออกซ์บูร์กจะให้เสรีภาพแก่นิกายลูเทอแรน แต่ภายหลังไม่นานลัทธิคาลวิน (Calvinism) ก็เข้าแทนที่นิกายลูเทอแรนในหลาย ๆ แคว้น และเรียกร้องสิทธิของนิกายตน และสนธิสัญญาสันติภาพออกซ์บูร์กก็ให้เสรีภาพกับนิกายลูเทอแรนและพวกเจ้าครองแคว้นเท่านั้น ประชาชนที่ต้องถูกหลัก Cuius regio, eius regio บังคับอยู่นั้นไม่ได้มีเสรีภาพเลย ในเยอรมนีก็เกิดสองขั้วศาสนา คือพวกคาทอลิกทางใต้ (บาวาเรีย วืร์ซบูร์ก ฯลฯ) พวกลูเธอรันทางเหนือเป็นส่วนใหญ่ และพวกคาลวินในบางแคว้น เช่น พาลาติเนต (Palatinate หรือ Pfalz) ฮีส (Hesse) และบรานเดนบวร์ก (Brandenburg)

ใน ค.ศ. 1606 บรรดาแคว้นที่เป็นคาลวินรู้สึกไม่ปลอดภัย จึงตั้งสันนิบาติสหภาพอิแวนเจลิคัล (League of Evangelical Union) นำโดยเจ้านครรัฐผู้คัดเลือกเฟรเดอริคพาลาติเนต (Frederick, Elector Palatinate) ฝ่ายคาทอลิกนำโดยดยุกแมกซิมิเลียนแห่งบาวาเรีย (Maximilian, Duke of Bavaria) ตั้งสันนิบาตคาทอลิกใน ค.ศ. 1609 จักรพรรดิแฟร์ดีนันด์ที่ 2 แห่งจักรวรรดิโรมันอันศักดิ์สิทธิ์ ทรงเป็นคาทอลิกที่เคร่งครัดและต้องการจะทำลายล้างนิกายอื่นให้สิ้น พระองค์ทรงเป็นกษัตริย์แห่งโบฮีเมียด้วย ซึ่งชาวโบฮีเมียก็ไม่พอใจจักรพรรดิโรมันอันศักดิ์สิทธิอยู่แล้วตั้งแต่สงครามฮุสไซต์ ใน ค.ศ. 1618 ชาวโบฮีเมียจับผู้แทนพระองค์โยนออกนอกหน้าต่างของอาคารหลังหนึ่ง เรียกว่าการโยนบกที่กรุงปราก (Defenestration of Prague) สงครามสามสิบปี (Thirty Years' War) จึงเริ่ม

จักรพรรดิแฟร์ดีนันด์ทรงเป็นกษัตริย์แห่งโบฮีเมียก่อนจะสวมมงกุฎ กบฏโบฮีเมียจึงให้เจ้านครรัฐผู้คัดเลือกเฟรเดอริคเป็นกษัตริย์แทนใน ค.ศ. 1619 ทำให้ในบรรดาเจ้านครรัฐผู้คัดเลือกมีพวกโปรแตสแตนต์มากกว่า อันตรายว่าพระเจ้าแฟร์ดีนันด์จะไม่ได้เป็นจักรพรรดิ จึงทรงรีบสวมมงกุฎก่อนที่บรรดาเจ้านครรัฐผู้คัดเลือกจะทราบข่าวว่าเจ้านครรัฐผู้คัดเลือกเฟรเดอริคเป็นกษัตริย์แห่งโบฮีเมียแทนที่พระองค์ เกิดกบฏของพวกโปรเตสแตนต์ลุกลามในโบฮีเมียและออสเตรีย สเปนส่งทัพมาช่วยเพราะหวังจะได้ยึดแคว้นพาลาติเนต จักรพรรดิแฟร์ดีนันด์เอาชนะเจ้านครรัฐผู้คัดเลือกเฟรเดอริคในการรบที่ไวท์เมาท์เทน (White Mountain) ใน ค.ศ. 1620 ความพ่ายแพ้ของเจ้านครรัฐผู้คัดเลือกทำให้สันนิบาติสหภาพอิแวนเจลิคัลล่มสลาย แคว้นพาลาติเนตถูกสเปนยึด เจ้านครรัฐผู้คัดเลือกเฟรเดอริคหลบหนีไปเนเธอร์แลนด์ จักรพรรดิทรงออกพระราชกฤษฎีกายึดดินแดนคืน (Edict of Restitution) ใน ค.ศ. 1629 เพื่อยึดดินแดนที่เคยเป็นคาทอลิกตามสนธิสัญญาสันติภาพออกซ์บูร์กคืน

สงครามนี้ควรจะเป็นแค่กบฏของโบฮีเมียและพาลาติเนต แต่พระเจ้าคริสเตียนที่ 4 แห่งเดนมาร์ก ทรงเป็นลูเธอรันและต้องการจะยึดเมืองต่าง ๆ ทางเหนือของเยอรมนีเพื่อจะคุมการค้าในทะเลนบอลติก จึงนำทัพบุกใน ค.ศ. 1625 จักรพรรดิแฟร์ดีนันด์ส่งวาลเลนสไตน์ (Albretch von Wallenstein) และทิลลี (General Tilly) ไปปราบทัพเดนมาร์ก ยึดแคว้นโปรเตสแตนต์ต่าง ๆ ได้ และบุกยึดเดนมาร์ก พระเจ้าคริสเตียนจึงยอมแพ้

พระเจ้ากุสตาฟที่ 2 อดอล์ฟ (Gustaf II Adolf) แห่งสวีเดนทรงยกทัพมาช่วยพวกลูเธอรันใน ค.ศ. 1630 ด้วยความช่วยเหลือของคาร์ดินัล ริเชอลิเออ (Cardinal Richelieu) แห่งฝรั่งเศสที่ต้องการโค่นอำนาจพระจักรพรรดิ พระเจ้ากุสตาฟทรงเอาชนะทิลลีได้ที่ไบร์เทนฟิลด์ (Breitenfield) ใน ค.ศ. 1631 วาลเลนสไตน์มาสู้กับพระเจ้ากุสตาฟที่ลืตเซน (Lützen) ปลงพระชนม์พระเจ้ากุสตาฟใน ค.ศ. 1632 จนนำไปสู่สนธิสัญญาปรากใน ค.ศ. 1635 เลื่อนการบังคับใช้พระราชกฤษฎีกายึดดินแดนคืนไปอีก 40 ปี เพื่อให้เจ้าครองโปรแตสแตนต์เตรียมตัว ซึ่งฝรั่งเศสไม่พอใจ เพราะจักรพรรดิทรงมีอำนาจมากขึ้น

ฝรั่งเศสจึงประกาศสงครามใน ค.ศ. 1636 แต่ก็ถูกสเปนดักไว้ทุกทาง แต่ก็ยังเป็นโอกาสให้สวีเดนเอาชนะทัพพระจักรพรรดิได้ สวีเดนและฝรั่งเศสชนะออสเตรียที่เลนส์ (Lens) และสเปนที่โรครัว (Rocroi) นำไปสู่สนธิสัญญาสันติภาพเวสต์ฟาเลีย (Peace of Westphalia) ใน ค.ศ. 1648

สนธิสัญญาสันติภาพเวสต์ฟาเลียเป็นสนธิสัญญาสันติภาพที่ยุติสงครามศาสนาในยุโรป มีข้อตกลงหลายประการ ที่เกี่ยวกับเยอรมนีมีดังนี้

• ใช้หลัก Cuius regio, eius regio ตามสนธิสัญญาสันติภาพพออกซ์บูร์ก เพิ่มนิกายคาลวินมาอีกหนึ่ง แต่คนที่ศาสนาไม่ตรงกับแคว้นจะประกอบพิธีกรรมได้ในที่ที่จัดหรือในบ้าน
• สวีเดนได้โปเมอราเนียตะวันตก (Western Pomerania) เมืองบรีเมนและแวร์ดัง คุมปากแม่น้ำโอเดอร์และเอลเบ
• ดยุกแห่งบาวาเรียได้เป็นเจ้านครรัฐผู้คัดเลือกคนที่แปด
• แคว้นพาลาติเนตแบ่งเป็นพาลาติเนตบน (Upper Palatinate) ยกให้บาวาเรีย พาลาติเนตเหลือเพียงพาลาติเนตล่าง (Lower Palatinate) ยังคงเป็นเจ้านครรัฐผู้คัดเลือกเหมือนเดิม
• แคว้นบรานเดนบวร์กได้ขยายดินแดนเพิ่ม