สงครามสามสิบปีทำให้เยอรมนีราบเป็นหน้ากลอง ประชากรล้มตายไปมาก สนธิสัญญาสันติภาพเวสต์ฟาเลียทำให้อำนาจของเจ้าครองแคว้นต่าง ๆ ลดลง เพราะไม่อาจมีกองทัพเป็นของตนเองและไม่สามารถเข้าร่วมการเมืองระหว่างประเทศได้ ทำให้ออสเตรียแผ่อิทธิพลเข้ามาในเยอรมนีแต่ก็ต้องแข่งขันกับสวีเดนที่ได้ดินแดนทางเหนือของเยอรมันไปมาก ขณะเดียวกันทางตะวันตกพระเจ้าหลุยส์ที่ 14 แห่งฝรั่งเศสก็ทรงทำทุกวิถีทางเพื่อจะให้ได้แคว้นในลุ่มแม่น้ำไรน์ไปครอง

แต่แคว้นในเยอรมนีที่มีอำนาจที่สุดคือบรานเดนบวร์ก หรือเรียกว่าบรานเดนบวร์ก-ปรัสเซีย (Brandenburg-Prussia) เพราะเจ้านครรัฐผู้คัดเลือกแห่งบรานเดนบวร์กนั้น เป็นดยุกแห่งปรัสเซีย (Duke of Prussia) อันเป็นตำแหน่งขุนนางของกษัตริย์โปแลนด์ ครองแคว้นปรัสเซียที่โปแลนดืยึดมาจากอัศวินทิวโทนิค ใน ค.ศ. 1701 บรานเดนบวร์ก-ปรัสเซียได้เลื่อนสถานะเป็นอาณาจักรในปรัสเซีย (Kingdom in Prussia) อาณาจักรปรัสเซียทำสงครามล้มล้างอิทธิพลของสวีเดนในเยอรมนีเหนือ และสะสมดินแดนเรื่อย ๆ จนใหญ่ขึ้น พระเจ้าฟรีดริชที่ 2 แห่งปรัสเซีย ทรงเปลี่ยนชื่ออาณาจักรเป็นอาณาจักรแห่งปรัสเซีย (Kingdom of Prussia)

ใน ค.ศ. 1740 จักรพรรดินีมาเรีย เทเรซา ทรงเป็นสตรี ทำให้ไม่อาจครองบัลลังก์ได้โดยไม่มีข้อขัดแย้งตามกฎซาลิค (Salic Law) ทำให้พระเจ้าเฟรเดอริคบุกออสเตรียเพื่อปลดพระนางจากบัลลังก์ เป็นสงครามสืบราชสมบัติออสเตรีย (War of the Austrian Succession) พระเจ้าเฟรเดอริคทรงยึดแคว้นไซเลเซีย (Silesia) มาจากออสเตรียได้ ดังนั้นบรรดาประเทศต่าง ๆ ในยุโรปเห็นว่าการขยายตัวของปรัสเซียเป็นภัยจึงรวมกันทำสงครามกับปรัสเซียในสงครามเจ็ดปี (Seven Years' War) ปรัสเซียต่อสู้กับสามมหาอำนาจ (ฝรั่งเศส ออสเตรีย รัสเซีย) มีเพียงบริเตนเป็นพันธมิตร แต่ก็สามารถชนะสงครามได้ อาณาจักรปรัสเซียยิ่งแผ่ขยายไปอีกในการแบ่งประเทศโปแลนด์ (Partition of Poland) ใน ค.ศ. 1772 ค.ศ. 1793 และ ค.ศ. 1795

การยึดครองของนโปเลียน

ใน ค.ศ. 1789 ฝรั่งเศสเกิดการปฏิวัติฝรั่งเศส บรรดาชาติต่าง ๆ รวมตัวกันต่อต้านคณะปฏิวัติที่กำลังแผ่อิทธิพลออกมาจากฝรั่งเศส ใน ค.ศ. 1800 ตามสนธิสัญญาลูเนวิลล์ (Luneville) ยกเยอรมนีส่วนตะวันตกของแม่น้ำไรน์ทั้งหมดให้ฝรั่งเศส ใน ค.ศ. 1804 นโปเลียนปราบดาภิเษกตนเองเป็นจักรพรรดิ ทำให้ชาติต่างรวมตัวเป็นสัมพันธมิตรครั้งที่ 3 (Third Coalition) จนพ่ายแพ้นโปเลียนในการรบที่อุล์ม (Ulm) ใน ค.ศ. 1805 ทำสนธิสัญญาเพรสบูร์ก (Pressburg) ล้มล้างจักรวรรดิโรมันอันศักดิ์สิทธิ์ จักรพรรดิแห่งจักรวรรดิโรมันอันศักดิ์สิทธิ์กลายเป็นจักรพรรดิออสเตรีย (Austrian Emperor) ขณะที่แคว้นต่าง ๆ ที่เหลือรวมตัวกันเป็น สมาพันธรัฐแห่งไรน์ (Confederation of the Rhine) เป็นรัฐบริวารของนโปเลียน แคว้นต่าง ๆ ก็ได้เลื่อนขั้น เช่น แซกโซนี บาวาเรีย วืตเตมบูร์ก ได้เป็นอาณาจักร สมาพันธรัฐนำโดยสังฆราช (Primate) คือ คาร์ล ธีโอดอร์ ฟอน ดัลเบิร์ก (Karl Theodore von Dalberg) รัฐต่าง ๆ ในสมาพันธรัฐจะต้องส่งทัพเข้าช่วยฝรั่งเศส โดยที่ฝรั่งเศสจะให้การปกป้องเป็นการตอนแทน

ปรัสเซียแพ้ฝรั่งเศสที่เยนา (Jena) และเออร์ชตัตด์ (Auerstedt) จนทำสนธิสัญญาทิลซิท (Tilsit) ใน ค.ศ. 1807 ปรัสเซียเสียทางตะวันออกของแม่น้ำเอลเบกลายเป็นแคว้นวอร์ซอว์ (Grand Duchy of Warsaw) และก่อตั้งราชอาณาจักรเวสต์ฟาเลีย (Kingdom of Westphalia) ความพ่ายแพ้ของปรัสเซียทำให้เยอรมนีตกอยู่ภายใต้อิทธิพลของฝรั่งเศส จนสุดท้ายสมาพันธรัฐประกอบด้วยสี่อาณาจักร (เวสต์ฟาเลีย บาวาเรีย แซกโซนี วืตเตมบูร์ก) ห้าแกรนด์ดัชชี (บาเดน ฮีส เบิร์ก แฟรงก์เฟิร์ต และวืร์ซบูร์ก) สิบสามดัชชี สิบเจ็ดเจ้าชาย และนครรัฐอิสระสามนคร คือฮัมบวร์ค ลือเบค และเบรเมน

ใน ค.ศ. 1813 นโปเลียนพ่ายแพ้สัมพันธมิตรในการรบที่ไลพ์ซิจ (Leipzig) อำนาจของฝรั่งเศสจึงจบลง สมาพันธรัฐแห่งไรน์จึงถูกยุบ บรรดาชาติต่าง ๆ ในยุโรป จึงฟื้นฟูระบอบราชาธิปไตยในยุโรป จึงตั้งคองเกรสแห่งเวียนนา (Congress of Vienna) มาประชุมหารือ นำโดยเจ้าชายเมตเตอร์นิค (Metternich) อัครเสนาบดีออสเตรีย