ในสามจังหวัดชายแดนภาคใต้ซึ่งประชากรส่วนใหญ่เป็นมุสลิม ขบวนการแบ่งแยกดินแดนที่มีมานานปะทุขึ้นในปี 2547 ระหว่างทักษิณ ชินวัตรเป็นนายกรัฐมนตรี การรับมือแบบมือหนักของทักษิณยิ่งทำให้มีการยกระดับความรุนแรง นำมาซึ่งการวางระเบิดบ่อยครั้งและการโจมตีกำลังความมั่นคงและพลเรือน ประเมินว่ามีผู้เสียชีวิตเกือบ 7,000 คน รัฐบาลจัดการเจรจาสันติภาพในปี 2556 แต่ไม่ประสบความสำเร็จ แม้ความรุนแรงค่อย ๆ ลดลงหลังสูงสุดในปี 2553 แต่ยังมีการก่อเหตุโจมตีอยู่ประปรายโดยมีสัญญาณความสงบเพียงเล็กน้อย[16]

ประเทศไทยยังมีการก่อเหตุก่อการร้ายอยู่หลายครั้งนอกจากภาคใต้ ที่สำคัญ เช่น เหตุวางระเบิดในกรุงเทพมหานครปี 2558 ซึ่งมีผู้เสียชีวิต 20 คน และได้รับบาดเจ็บกว่า 120 คน เชื่อว่าเป็นฝีมือของนักชาตินิยมอุยกูร์ เพื่อแก้แค้นการส่งผู้ขอลี้ภัยชาวอุยกูร์กลับประเทศจีน แม้ยังไม่มีการชำระสะสางคดีจนได้ข้อยุติ[17] นอกจากนี้ยังมีการก่อเหตุในกรุงเทพมหานครอีกในปี 2549 และ2555 แต่ไม่มีความเชื่อมโยงกัน