ในเดือนมีนาคม ค.ศ. 871 พระเจ้าเอเธลเรดเสด็จสวรรคต อัลเฟรดขึ้นครองราชบัลลังก์เวสเซกซ์ต่อจากพระเชษฐาผู้มีมีพระโอรสของพระองค์เองที่ยังทรงพระเยาว์สองพระองค์ โดยปราศจากการประท้วงในสิทธิการสืบราชบัลลังก์ของพระองค์เพราะทรงเป็นผู้มีความปรีชาสามารถทางการทหาร ซึ่งเป็นสิ่งที่บ้านเมืองต้องการในขณะที่บ้านเมืองอยู่ในสภาพที่ร้อนเป็นไฟ แต่พระเจ้าอัลเฟรดก็มิได้ทรงละเลยในการปกป้องสิทธิในอสังหาริมทรัพย์ของพระนัดดา ขณะที่ทรงยุ่งกับพิธีทำพระศพของพระเชษฐา ชาวเดนส์ก็แอบโจมตีท้ายครัว และโจมตีต่อพระพักตร์ที่วิลต์ตันในแคว้นวิลท์เชอร์ในเดือนพฤษภาคม หลังจากนั้นบ้านเมืองก็มีความสงบสุขอยู่ราวห้าปีขณะที่ชาวเดนส์ยึดครองส่วนอื่นของอังกฤษ แต่ในปี ค.ศ. 876 ภายใต้กูธรัมผู้อาวุโส (Guthrum the Old) ผู้นำคนใหม่ ชาวเดนส์ก็แอบโจมตีกองทัพอังกฤษอีก และโจมตีเวเร็มในแคว้นดอร์เซ็ท ต่อมาในปี ค.ศ. 877 ในขณะที่แสร้งทำการเจรจาเดนส์ก็กลับไปโจมตีและพยายามยึดครอง เอ็กซีเตอร์ ในแคว้นเดวอน แต่พระเจ้าอัลเฟรดทรงสามารถปิดท่าขณะที่กองเรือของชนชาวเดนส์ถูกพายุกระหน่ำจนจำต้องพ่ายแพ้และถอยทัพไปยังเมอร์เซีย แต่ในเดือนมกราคม ปี ค.ศ. 878 ชาวเดนส์ก็กลับมาจู่โจมชิพเพ็นนัมที่เป็นที่มั่นและเป็นที่ประทับของพระเจ้าอัลเฟรดระหว่างคริสต์มาสโดยไม่รู้ตัว จนต้องทรงถอยไปตั้งหลักที่เอเธลนีย์เมื่ออีสเตอร์ (พงศาวดารแองโกล-แซกซัน)

ตำนานที่เป็นที่รู้จักกันดีกล่าวว่าเมื่อพระเจ้าอัลเฟรดเสด็จหนีไปบริเวณซัมเมอร์เซตเลเวลส์ (Somerset Levels) ก็มีหญิงชาวบ้านถวายที่หลบภัยให้พระองค์และโดยไม่รู้ว่าพระองค์เป็นใครก็ใช้ให้เฝ้าขนมเค้กในเตาอบ แต่พระเจ้าอัลเฟรดทรงหมกมุ่นอยู่กับสถานะการณ์บ้านเมืองก็เลยทรงทำเค้กไหม้ เมื่อหญิงชาวบ้านทราบว่าพระองค์เป็นใครก็ขอพระราชทานอภัยโทษเป็นการใหญ่แต่พระเจ้าอัลเฟรดกลับทรงกล่าวว่าพระองค์เองต่างหากที่ควรจะเป็นผู้ขอโทษ ขณะที่หลบภัยจากข้าศึกพระเจ้าอัลเฟรดทรงตั้งที่มั่นเป็นที่ต่อต้านศัตรูอยู่ที่บริเวณเกาะเลนใกล้เพเธอร์ตันเหนือ (North Petherton) โดยใช้กองทหารท้องถิ่นจากเทศซัมเมอร์เซต วิลต์เชอร์ และแฮมป์เชอร์

ตำนานการปลอมพระองค์อีกเรื่องหนึ่งคือเมื่อทรงปลอมเป็นนักดนตรีเพื่อจะเข้าไปสืบแผนการโจมตีอังกฤษในค่ายของกูธรัมผู้อาวุโส ผลจากการกระทำครั้งนี้ทำให้เกิดยุทธการที่เอดิงตัน (Battle of Edington) ใกล้เวสต์บรีในมณฑลวิลท์เชอร์ พระเจ้าอัลเฟรดทรงได้รับชัยชนะอย่างเด็ดขาด ตามคำกล่าวของแอสเซอร์ ชนชาวเดนส์ยอมรับอำนาจของพระเจ้าอัลเฟรด และกูธรัมกับผู้นำอีก 29 คนยอมรับศีลล้างบาปหลังจากลงนามในสนธิสัญญาเวดมอร์ (Treaty of Wedmore) หลังจากการลงนามอังกฤษก็ถูกแบ่งเป็นสองส่วน ด้านใต้อยู่ภายใต้การปกครองของแซ็กซอน และบริเวณทางเหนือรวมทั้งลอนดอนที่รู้จักกันในนาม “บริเวณเดนลอว์” อยู่ภายใต้การปกครองของไวกิง ในปีต่อมา ค.ศ. 879 ทั้งราชอาณาจักรเวสเซ็กซ์ และ ราชอาณาจักรเมอร์เซียทางตะวันตกชอง ก็ปราศจากผู้รุกราน ถนนวัตลิง (Watling Street)

ในช่วงสองสามปีต่อมาบ้านเมืองก็มีความสงบสุขเพราะชนชาวเดนส์มัวแต่ยุ่งทำสงครามบนผืนแผ่นดินใหญ่ยุโรป แต่ในปี ค.ศ. 884 หรือ ค.ศ. 885 ชนชาวเดนส์ก็กลับมาขึ้นฝั่งที่ราชอาณาจักรเคนต์ไม่ไกลจากพลัคส์กัตเตอร์ (Plucks Gutter) เพื่อจะยุยงให้ชนเดนส์ในราชอาณาจักรอีสต์อังเกลียแข็งข้อต่อพระเจ้าอัลเฟรดแต่ก็ไม่สำเร็จ พระเจ้าอัลเฟรดจึงทรงพยายามหยุดยั้งการรุกรานที่อาจจะเกิดขึ้นโดยทรงยึดลอนดอนใน ปี ค.ศ. 885 หรือ ค.ศ. 886 กูธรัมจึงยอมลงนามร่วมกับพระเจ้าอัลเฟรดในสนธิสัญญาแห่งอัลเฟรดและกูธรัม (Treaty of Alfred and Guthrum) ซึ่งทำให้บ้านเมืองสงบสุขอยู่ระยะหนึ่งแต่ก็มาสิ้นสุดลงในฤดูใบไม้ร่วงปี ค.ศ. 892 หรือ ค.ศ. 893 เมื่ออำนาจในยุโรปเริ่มอ่อนแอลงชนชาวเดนส์ก็หันมารุกรานอังกฤษ ครั้งนี้มากับกองทัพเรือที่ประกอบด้วยเรือ 330 ลำ ที่แบ่งเป็นสองกองๆ ใหญ่ กองใหญ่ตั้งอยู่ที่มั่นอยู่ที่แอปเปิลดอร์ (Appledore) และกองเล็กที่มิลตัน (Milton) ภายใต้การนำของ เฮสเตน (Haesten) กองกำลังรุกรานนำครอบครัวรวมทั้งผู้หญิงและเด็กมาด้วยเพื่อมาตั้งถิ่นฐานและยึดอังกฤษเป็นอาณานิคมถ้าได้รับชัยชนะ ในปี ค.ศ. 893 หรือ ค.ศ. 894 พระเจ้าอัลเฟรดทรงตั้งที่มั่นตรงจุดที่ทรงสามารถมองเห็นกองกำลังของศัตรูทั้งสองกองได้พร้อมกัน แต่ขณะที่ทรงทำการเจรจากับเฮสเตน กองกำลังที่แอปเปิลดอร์ก็แยกตัวออกไปโจมตีทางด้านตะวันตกเฉียงเหนือ แต่ก็พ่ายแพ้ต่อพระเจ้าเอ็ดเวิร์ดผู้อาวุโสพระราชโอรสองค์โตของพระองค์ และมาพ่ายแพ้ครั้งใหญ่ที่ฟาร์นแนม (Farnham) ในมณฑลเซอร์รี (Surrey) จนต้องถอยไปหลบอยู่บนเกาะในแม่น้ำโคลนแต่ในที่สุดก็ต้องยอมพ่ายแพ้ และถอยไปที่เอสเซ็กส์แต่ก็ไปแพ้อีกครั้งหนึ่งที่เบ็นฟลีท หลังจากนั้นก็ไปถอยไปรวมตัวกับเฮสเต็นที่ชูบรี (Shoebury)

ขณะที่พระเจ้าอัลเฟรดเสด็จนำทัพไปยังทอร์นีย์เพื่อไปช่วยพระราชโอรสก็ทรงได้รับข่าวว่าชนชาวเดนส์ในราชอาณาจักรนอร์ทธัมเบรียและราชอาณาจักรอีสต์อังเกลียเข้าล้อมเมือง เอ็กซีเตอร์และทางฝั่งทะเลทางด้านเหนือของแคว้นเดวอน พระเจ้าอัลเฟรดจึงหันทัพกลับไปทางตะวันตกเพื่อไปหยุดยั้งการรุกรานที่เอ็กซีเตอร์แต่ไม่มีหลักฐานบ่งถึงสถานะการณ์ทางเหนือของแคว้นเดวอน ขณะเดียวกันกองกำลังของเฮสเต็นก็เดินทัพขึ้นไปยังเทมส์แวลลี (Thames Valley) เพื่ออาจจะไปช่วยพันธมิตรทางด้านตะวันตกแต่ไปปะทะกับกองกำลังใหญ่ของกลุ่มเอิร์ลสามคนจากแคว้นเมอร์เซีย เทศมณฑลวิลต์เชอร์ และเทศมณฑลซัมเมอร์เซต จนต้องถอยไปทางเหนือและในที่สุดก็ไปพ่ายแพ้ที่บัตติงตัน (Buttington) ซึ่งบ้างก็ว่าอาจจะเป็นบัตติงตัน ทัมพ์ที่ปากแม่น้ำไวย์ (River Wye) หรือ อาจจะเป็นบัตติงตัน ใกล้เวลชพูล (Welshpool) ก็ได้ กองทัพเดนส์พยายามหนีจากแนวแต่ไม่สำเร็จ ผู้ที่หนีได้ก็หนีไปชูบรี หลังจากไปรวบรวมกำลังตั้งตัวได้ก็เดินทัพอย่างรวดเร็วข้ามแผ่นดินอังกฤษไปยึดซากกำแพงโรมันที่ เชสเตอร์ (Chester) กองทัพอังกฤษมิได้พยายามเข้าต่อสู้นอกไปจากทำลายกองเสบียง เมื่อต้นปี ค.ศ. 894 หรือ ค.ศ. 895 กองทัพเดนส์ก็ถอยทัพกลับไปมณฑลเอสเซ็กส์เพราะขาดเสบียง พอปลายปี หรือต้นปี ค.ศ. 895 หรือ ค.ศ. 896 กองกำลังของเดนส์ก็ล่องกองเรือขึ้นแม่น้ำเทมส์และแม่น้ำลีและไปตั้งที่มั่นอยู่ราว 32 กิโลเมตรเหนือตัวเมืองลอนดอน การโจมตีแนวกองทัพของเดนส์โดยตรงประสพความล้มเหลว แต่ต่อมาในปีเดียวกันพระเจ้าอัลเฟรดทรงเห็นทางที่จะบั่นทอนกำลังของชนชาวเดนส์โดยการปิดแม่น้ำ เมื่อกองทัพเดนส์เห็นว่าจะเพลี่ยงพล้ำก็ถอยไปทางตะวันตกเฉียงเหนือไปตั้งหลักระหว่างฤดูหนาวที่ บริดจ์นอร์ธ (Bridgenorth) ปีต่อมา ค.ศ. 896 หรือ ค.ศ. 897 กองทัพเดนส์ก็ถอยต่อไปยังราชอาณาจักรนอร์ธัมเบรียและบางส่วนไปยังราชอาณาจักรอีสต์อังเกลีย ผู้ที่ไม่มีถิ่นฐานในอังกฤษก็ถอยกลับไปผืนแผ่นดินใหญ่ยุโรป