บทความหลัก: การถกเถียงเรื่องการดัดแปลงพันธุกรรมอาหารและพันธุวิศวกรรมของมนุษย์

นักวิจารณ์ได้คัดค้านการใช้พันธุวิศวกรรมด้วยเหตุผลหลายอย่าง, รวมถึงความกังวลด้านจริยธรรม, ความกังวลด้านระบบนิเวศ, และความกังวลทางเศรษฐกิจี่ถูกยกขึ้นมาโดยความเป็นจริงที่ว่าเทคนิคจีเอ็มและสิ่งมีชีวิตจีเอ็มอยู่ภายใต้กฎหมายทรัพย์สินทางปัญญา. GMOs ยังเกี่ยวข้องกับการถกเถียงกันในเรื่องอาหารจีเอ็มด้วยคำถามที่ว่าอาหารที่ผลิตจากพืชจีเอ็มมีความปลอดภัยหรือไม่, ว่ามันควรจะได้รับการติดฉลากหรือไม่, และว่าพืชจีเอ็มมีความจำเป็นเพื่อแก้ปัญหาความต้องการอาหารของโลกหรือไม่. โปรดดูบทความการถกเถียงเรื่องอาหารดัดแปลงพันธุกรรมสำหรับการอภิปรายในประเด็นที่เกี่ยวกับพืชจีเอ็มและอาหารจีเอ็ม. การถกเถียงเหล่านี้ได้นำไปสู่การฟ้องร้อง, ข้อพิพาทการค้าระหว่างประเทศ, และการประท้วง, และการกำกับดูแลที่เข้มงวดของผลิตภัณฑ์ในเชิงพาณิชย์ในบางประเทศ.