ในสมัยพระเจ้าอโศกมหาราช มีการใช้ อักษรพราหมี เขียน ภาษาปรากฤต ซึ่งเป็นภาษาที่มีความใกล้เคียงกับภาษาบาลี ในทางประวัติศาสตร์ การใช้ภาษาบาลีเพื่อบันทึกคัมภีร์ทางศาสนาครั้งแรกเกิดขึ้นที่ศรีลังกา เมื่อราว พ.ศ. 443 แม้การออกเสียงภาษาบาลีจะใช้หลักการเดียวกัน แต่ภาษาบาลีเขียนด้วยอักษรหลายชนิด ในศรีลังกาเขียนด้วยอักษรสิงหล ในพม่าใช้อักษรพม่า ในไทยและกัมพูชาใช้อักษรขอมหรืออักษรเขมรและเปลี่ยนมาใช้อักษรไทยในประเทศไทยเมื่อ พ.ศ. 2436 และเคยเขียนด้วยอักษรอริยกะที่ประดิษฐ์ขึ้นเป็นเวลาสั้นๆ ในลาวและล้านนาเขียนด้วยอักษรธรรมที่พัฒนามาจากอักษรมอญ นอกจากนั้น อักษรเทวนาครีและอักษรมองโกเลียเคยใช้บันทึกภาษาบาลีเช่นกัน

ตั้งแต่พุทธศตวรรษที่ 24 เป็นต้นมา สมาคมบาลีปกรณ์ในยุโรปได้พัฒนาการใช้อักษรละตินเพื่อเขียนภาษาบาลี โดยอักษรที่ใช้เขียนได้แก่ a ā i ī u ū e o ṁ k kh g gh ṅ c ch j jh ñ ṭ ṭh ḍ ḍh ṇ t th d dh n p ph b bh m y r l ḷ v s h