ในพ.ศ. 2162 ราชวงศ์หมิงพ่ายแพ้เผ่าแมนจูภายใต้การนำของนูร์ฮาชีในการรบที่ซาร์ฮู โชซ็อนเองก็ได้ส่งกำลังเข้าร่วมรบกับฝ่ายราชวงศ์หมิง จึงเห็นว่าเผ่าแมนจูเริ่มจะมีกำลังขึ้นเรื่อย ๆ จึงควรจะดำเนินนโยบายเป็นกลาง แต่พ.ศ. 2166 ฝ่ายตะวันตกยึดบัลลังก์จากองค์ชายควางแฮและให้พระเจ้าอินโจครองราชย์ ฝ่ายตะวันตกมีนโยบายเข้าข้างราชวงศ์หมิง ในพ.ศ. 2167 อีควาล ได้ก่อกบฏแย่งบัลลังก์พระเจ้าอินโจแต่ไม่สำเร็จถูกประหารชีวิต แต่กบฏที่เหลือหนีไปแมนจูเรียพบหวงไท่จี๋ลูกของจักรพรรดินู่เอ๋อร์ฮาชื่อร้องขอให้บุกโชซ็อนเพื่อคืนอำนาจแก่ตน พ.ศ. 2170 หวงไท่จี๋นำทัพเข้าบุกโชซ็อนปล้มสะดมเมืองเปียงยาง พระเจ้าอินโจทรงหนีไปเกาะคังฮวา จนหวงไท่จี๋ยอมสงบศึก

พ.ศ. 2178 หวงไท่จี๋สถาปนาราชวงศ์ชิง ปีต่อมาพ.ศ. 2179 จึงส่งสารมาเรียกบรรณาการจากโชซ็อน บรรดาขุนนางฝ่ายตะวันตกซึ่งสนับสนุนราชวงศ์หมิงก็ปฏิเสธทันที หวงไท่จี๋จึงส่งทัพมาบุกถึงฮันซ็องอย่างรวดเร็วจนพระเจ้าอินโจทรงหลบหนีไม่ทัน และล้อมเมืองไว้ ทำให้ภายในเมืองผู้คนเริ่มอดอยากล้มตาย อีกทั้งพระโอรสและบรรดาสนมต่างถูกทัพแมนจูจับที่เกาะคังฮวา ทำให้พระเจ้าอินโจทรงยอมแพ้ หวงไท่จี๋นัดพระเจ้าอินโจมาที่ซัมจอนโด สั่งให้สร้างอนุสรณ์ยกย่องแมนจู และบังคับให้พระเจ้าอินโจคำนับตนเองถึงเก้าครั้ง รวมทั้งยังตั้งเงื่อนไขให้โชซ็อนพ้นจากราชวงศ์หมิงมาเป็นเมืองขึ้นของราชวงศ์ชิง และส่งองค์ชายโซฮย็อนและองค์ชายพงนิมรวมทั้งลูกชายของขุนนางชั้นสูงไปเป็นตัวประกันที่เสิ่นหยาง

ความพ่ายแพ้คราวนี้สร้างความคับแค้นแก่โชซ็อนอย่างมาก เพราะชาวโชซ็อนดูถูกพวกแมนจูมาช้านาน ว่าเป็นอนารยชนจากทางเหนือ ขุนนางโชซ็อนยังคงจงรักภักดีต่อราชวงศ์หมิงอยู่ จนราชวงศ์หมิงถูกทำลายลงในพ.ศ. 2187 ราชวงศ์ชิงของพวกแมนจูก็เข้าปกครองแทน โชซ็อนก็ยังต้องส่งบรรณาการให้กับจีนต่อไปอีกราชวงศ์หนึ่ง