ในเกาหลียุคโชซอน ลัทธิขงจื่อใหม่ได้ก่อตั้งขึ้นในฐานะอุดมการณ์ของรัฐ การยึดครองคาบสมุทรเกาหลีโดยอาณาจักรต้าหยวน ได้นำสำนักขงจื่อใหม่ของจูซีเข้าสู่เกาหลี [11][12] ลัทธิขงจื่อใหม่เริ่มเข้ามาในเกาหลีโดยอัน-ฮยาง ในยุคราชวงศ์โครยอ [ต้องการอ้างอิง] เขาแนะนำลัทธิขงจื่อใหม่ในยุคศตวรรษสุดท้ายของสมัยอาณาจักรโครยอและได้รับอิทธิพลจากราชวงศ์หยวนของพวกมองโกล [ต้องการอ้างอิง] [ ต้องการอ้างอิง ]นักวิชาการเกาหลีหลายคนได้ไปเยือนจีนในสมัยราชวงศ์หยวนและอัน-ฮยางก็เป็นหนึ่งในนั้น ในปี ค.ศ.1286 เขาได้อ่านหนังสือของจูซีในเมืองเยี่ยนจิง (ปักกิ่งในปัจจุบัน) และรู้สึกประทับใจมาก เขาจึงถอดความจากหนังสือทั้งหมดและนำกลับมาเกาหลีด้วย อันเป็นแรงบันดาลใจอย่างมากต่อปัญญาชนชาวเกาหลีในเวลานั้น และผู้มีอำนาจมาจากชนชั้นกลางและทำให้องค์กรทางศาสนาจำนวนมาก (อย่างเช่น พุทธศาสนา) เกิดความกระจ่าง และชนชั้นสูงรุ่นเก่าได้นำลัทธิขงจื่อใหม่มาใช้ ปัญญาชนของลัทธิขงจื่อใหม่ที่เพิ่งเกิดขึ้นใหม่เป็นกลุ่มผู้นำที่มุ่งล้มล้างราชวงศ์โครยอ

หลังจากการล่มสลายของราชวงศ์โครยอ และการก่อตั้งราชวงศ์โชซอนโดย อีซอง-กเยฺ ในปี ค.ศ.1392 ลัทธิขงจื่อใหม่ได้กลายมาเป็นอุดมการณ์ของรัฐ พุทธศาสนาและศาสนาอื่นถือว่าเป็นอันตรายต่อลัทธิขงจื่อใหม่ ดังนั้น ศาสนาพุทธจึงถูกจำกัด และถูกก่อกวนโดยโชซอนเป็นครั้งคราว เมื่อลัทธิขงจื่อใหม่สนับสนุนการศึกษา โรงเรียนลัทธิขงจื่อใหม่จำนวนหนึ่ง (서원 ซอวอน และ향교 ฮยฺางกฺโย) ได้ก่อตั้งขึ้นทั่วอาณาจักร และผลิตนักวิชาการจำนวนมาก รวมถึงโชกวางโจ (조광조, 趙光祖, 1482-1520 ), อี-ฮวฺาง (이황, 滉; นามปากกา ทเวฺกเยฺ 퇴계, 退溪; 1501–1570) และ อีอี (이이, 李珥; 1536–1584)

ในช่วงต้นศตวรรษที่ 16 โชกวางโจพยายามที่จะปฏิรูปโชซอนให้เป็นสังคมขงจื่อใหม่ในอุดมคติด้วยชุดการปฏิรูปหัวรุนแรงจนกระทั่งเขาถูกประหารชีวิตในปี 1520 อย่างไรก็ตาม ลัทธิขงจื่อใหม่ได้รับการสันนิษฐานถึงบทบาทที่ยิ่งใหญ่กว่าในราชวงศ์โชซอน นักวิชาการขงจื่อใหม่มีเนื้อหาที่ไม่ยาวที่จะอ่านและจดจำกฎดั้งเดิมของจีน และเริ่มพัฒนาทฤษฎีใหม่ของลัทธิขงจื่อใหม่ อีฮวฺาง และ อีอี เป็นนักปรัชญาขงจื่อใหม่ที่โดดเด่นที่สุดในบรรดานักทฤษฎีใหม่เหล่านี้

สาวกที่โดดเด่นที่สุดของอีฮวฺาง คือคิมซองอิล (金誠一, 1538–1593), รฺยูซอง-รยฺอง (柳成龍 1542-1607) และ ชองกู (한강정구, 寒鄭郑求, 1543–1620) ที่รู้จักในนาม "ฮีโร่สามคน" หลังจากพวกเขาก็ตามมาด้วยนักวิชาการรุ่นที่สองซึ่งรวมถึง ชางฮยฺองวาง (1554-1637) และ ชางฮึง-ฮโย (敬堂 , 1564–1633) และรุ่นที่สาม (รวมถึง ฮอมก, ยุนฮฺยฺู, ยุนซอนโด และ ซงชียอล) ที่นำโรงเรียนเข้าสู่ยุคศตวรรษที่ 18 [13]

แต่ลัทธิขงจื่อใหม่กลายเป็นพวกหัวดื้อรั้นมากในเวลาที่ค่อนข้างเร็วซึ่งขัดขวางการพัฒนาทางสังคม เศรษฐกิจและการเปลี่ยนแปลงที่จำเป็นมากและนำไปสู่การแบ่งแยกและการวิจารณ์ของทฤษฎีใหม่ ๆ อย่างไม่คำนึงถึงความน่าสนใจอันเป็นที่นิยม ยกตัวอย่างเช่นทฤษฎีของหวางหยางหมิง ซึ่งเป็นที่นิยมในสมัยราชวงศ์หมิงของจีนถือว่าเป็ฯแนวคิดที่นอกรีตและถูกประณามอย่างรุนแรงจากนักปรัชญาขงจื่อใหม่ชาวเกาหลี นี่ยังไม่รวมคำอธิบายประกอบในลัทธิขงจื่อใหม่แบบคานงที่แตกต่างจากจูซีซึ่งถูกกันออกไป ภายใต้ราชวงศ์โชซอน ชนชั้นปกครองที่เพิ่งเกิดขึ้นใหม่ที่เรียกว่า ซาริม (사림, 士林) ก็แยกออกเป็นกลุ่มการเมืองตามความหลากหลายของมุมมองของลัทธิขงจื่อใหม่ในแง่การเมือง มีกลุ่มใหญ่สองกลุ่มและกลุ่มย่อยอีกจำนวนมาก

ในช่วงการรุกรานของญี่ปุ่นในเกาหลี (ค.ศ. 1592–1598) หนังสือและนักวิชาการลัทธิขงจื่อใหม่ชาวเกาหลีจำนวนมากถูกนำไปยังประเทศญี่ปุ่นและได้รับอิทธิพลจากนักวิชาการชาวญี่ปุ่น เช่น ฟูจิวาระ เซกะ และมีอิทธิพลต่อพัฒนาการลัทธิขงจื่อใหม่ในญี่ปุ่น