ลัทธิขงจื่อใหม่มีจุดกำเนิดในสมัยราชวงศ์ถัง ปราชญ์ขงจื่อ หานอวี้ และ หลี่อ้าว ถูกมองว่าเป็นบรรพชนของนักปราชญ์ขงจื่อใหม่ในสมัยราชวงศ์ซ่ง [2] โจวตุนอี๋ (1017-1073) นักปรัชญาสมัยราชวงศ์ซ่งถูกมองว่าเป็น "ผู้บุกเบิก" ลัทธิขงจื่อใหม่ที่แท้จริงคนแรก โดยนำหลักอภิปรัชญาของลัทธิเต๋าเป็นกรอบสำหรับปรัชญาจริยธรรมของเขา ลัทธิขงจื่อใหม่เป็นการฟื้นฟูลัทธิขงจื่อแบบดั้งเดิมที่ได้รับการปรับปรุงให้สอดคล้องกับค่านิยมทางสังคมของคนจีนในสมัยราชวงศ์ซ่งและการตอบสนองต่อความท้าทายของปรัชญาและศาสนาของพุทธและเต๋าซึ่งเกิดขึ้นในช่วงราชวงศ์โจวและฮั่น [4] แม้ว่านักปราชญ์ลัทธิขงจื่อใหม่จะวิจารณ์อภิปรัชญาของพุทธ แต่ลัทธิขงจื่อใหม่ก็ได้ยืมคำศัพท์และแนวคิดจากลัทธิเต๋าและพุทธศาสนาเข้ามาด้วย

หนึ่งในนักปราชญ์ขงจื่อใหม่ที่สำคัญที่สุด คือ จูซี (1130-1200) คำสอนของเขามีอิทธิพลมากจนมีการนำคำสอนของเขามารวมเข้ากับการสอบรับราชการ - บริการเมื่อปี ค.ศ.1314 ถึง 1905 .[5] เขาเป็นนักเขียนที่อุดมสมบูรณ์ และปกป้องความเชื่อของลัทธิขงจื่อของเขาในเรื่องสังคมประสานกลมกลืนและความประพฤติส่วนบุคคลที่เหมาะสม หนึ่งในความทรงจำที่ดีที่สุดของเขาคือหนังสือ "พิธีกรรมครอบครัว" ซึ่งเขาได้ให้คำแนะนำโดยละเอียดเกี่ยวกับวิธีการจัดงานแต่งงาน งานศพ พิธีกรรมในครอบครัว และความเลื่อมใสในบรรพบุรุษ ความคิดของชาวพุทธในไม่ช้าก็ดึงดูดเขาและเขาก็เริ่มโต้แย้งกันในสไตล์ขงจื่อสำหรับการปฏิบัติทางพุทธศาสนาของมาตรฐานทางศีลธรรมขั้นสูง นอกจากนี้เขายังเชื่อว่าการฝึกปฏิบัติเป็นเรื่องสำคัญทั้งในวงการวิชาการและวงการปรัชญา ทั้งการแสวงหาความสนใจแม้ว่างานเขียนของเขาจะเข้มข้นในประเด็นทฤษฎี ซึ่งขึ้นชื่อว่าเขาเขียนบทความมากมายที่พยายามอธิบายว่าความคิดของเขาไม่ใช่ทั้งพุทธหรือเต๋าและรวมถึงการปฏิเสธอย่างรุนแรงของศาสนาพุทธและลัทธิเต๋า

หลังจากยุคซีหนิง (1,070) หวางหยางหมิง (ค.ศ. 1472–1529) ได้รับการยกย่องว่าเป็นนักคิดขงจื่อใหม่ที่สำคัญที่สุด การตีความลัทธิขงจื่อของหวางหยางหมิงปฏิเสธการใช้เหตุผลเชิงทวินิยมในปรัชญาดั้งเดิมของจูซี

มีมุมมองที่แข่งขันกันจำนวนมากภายในชุมชนขงจื่อใหม่ แต่โดยรวมแล้วระบบปรากฏว่ามีความคล้ายคลึงกับทั้งพุทธและลัทธิเต๋า (Daoist) ความคิดในเรื่องเวลาและแนวคิดบางอย่างที่แสดงในคัมภีร์อี้จิง (หนังสือการเปลี่ยนแปลง) ทฤษฎีหยิน - หยาง ที่เกี่ยวข้องกับสัญลักษณ์ไท่จี๋ ( Taijitu ) แม่ลายขงจื่อใหม่ที่รู้จักกันดี คือ ภาพวาดของขงจื่อ พระพุทธเจ้า และ เหลาจื่อ ทุกคนดื่มน้ำส้มสายชูขวดเดียวกัน และภาพวาดที่เกี่ยวข้องกับสโลแกน "คำสอนทั้งสามนี้เป็นหนึ่งเดียว!"

ในขณะที่นักขงจื่อใหม่มีแนวคิดที่ตรงกันข้ามกับพุทธและเต๋า แต่ลัทธิขงจื่อใหม่กลับควบรวมแนวคิดทางพุทธศาสนาและลัทธิเต๋า แน่นอนพวกเขาปฏิเสธศาสนาพุทธและลัทธิเต๋า หนึ่งในบทความที่โด่งดังที่สุดของหานอวี้ ตัดสินใจที่จะนมัสการพระบรมสารีริกธาตุ อย่างไรก็ตามงานเขียนของลัทธิขงจื่อใหม่ได้ปรับความคิดและความเชื่อของชาวพุทธให้สอดคล้องกับความสนใจของขงจื่อ ในประเทศจีน ลัทธิขงจื่อใหม่ได้รับการยอมรับอย่างเป็นทางการจากการพัฒนาในสมัยราชวงศ์ซ่งจนกระทั่งต้นศตวรรษที่ยี่สิบ และดินแดนในอาณานิคมของจีน ( เวียดนาม และ ญี่ปุ่น ) ล้วนได้รับอิทธิพลจากลัทธิขงจื่อใหม่มานานกว่าครึ่งศตวรรษ .