• พระพุทธสุวรรณเภตราเป็นพระประธานในอุโบสถ
• พระพุทธสุโขสัมฤทธิ์อุตรดิตถ์มุนีประดิษฐานในหอพระ บนอาคารศาลาการเปรียญ

วัดคุ้งตะเภามีพระพุทธรูปศักดิ์สิทธิ์จำนวน 2 องค์ และมีบรรจุพระบรมสารีริกธาตุ

พระพุทธรูปศักดิ์สิทธิ์ 2 องค์ ได้แก่ พระพุทธสุวรรณเภตรา (หลวงพ่อสุวรรณเภตรา) เป็นหนึ่งในพระพุทธรูปศักดิ์สิทธิ์สำคัญ 9 องค์แห่งอุตรดิตถ์ องค์พระหล่อด้วยโลหะปางมารวิชัย หน้าตักกว้าง 47 นิ้ว สูง 62 นิ้ว (ตลอดถึงพระรัศมี) มีพุทธลักษณะสมัยสุโขทัย สถาปนาโดยพระครูธรรมกิจจาภิบาล อดีตพระครูเกจิในอดีต องค์พระได้อัญเชิญมาประดิษฐานเป็นพระพุทธรูปประธานในอุโบสถวัดคุ้งตะเภา และ พระพุทธสุโขสัมฤทธิ์อุตรดิตถ์มุนี (หลวงพ่อสุโขสัมฤทธิ์) เป็นพุทธลักษณะปางมารวิชัย หล่อด้วยทองสัมฤทธิ์บริสุทธิ์ หน้าตักกว้างศอกเศษ มีพุทธลักษณะงดงามตามแบบอย่างสกุลช่างสุโขทัย-เชียงแสน เดิมองค์พระถูกพอกปูนลงรักปิดทองอารักขาภัยไว้ ตัวองค์พระสำริดดังปรากฏในปัจจุบันนั้นสันนิษฐานว่าสร้างในสมัยแรกก่อตั้งกรุงสุโขทัยในช่วงพุทธศตวรรษที่ 18

พระบรมสารีริกธาตุวัดคุ้งตะเภา

• พระบรมสารีริกธาตุ ที่สมเด็จพระญาณสังวร สมเด็จพระสังฆราช สกลมหาสังฆปรินายก ทรงประทานให้
• บุษบกประดิษฐานพระบรมสารีริกธาตุสามประเทศ ณ วัดคุ้งตะเภา
• ผอบหินสบู่และองค์พระบรมสารีริกธาตุจากประเทศอินเดีย ที่ประดิษฐานในวัดคุ้งตะเภา

วัดคุ้งตะเภามีพระบรมสารีริกธาตุประดิษฐานไว้ภายนอกพระมหาเจดีย์ปิด โดยได้รับมอบประทานมาจากสมเด็จพระสังฆราชและสมเด็จพระสังฆนายกจากทั้งในและต่างประเทศ ทุกส่วนล้วนมีเอกสารและหนังสือกำกับพระบรมสารีริกธาตุแสดงว่าเป็นของพระบรมสารีริกธาตุส่วนดั้งเดิมแท้ที่รักษาสืบทอดมาแต่โบราณตั้งแต่สมัยพุทธกาล[31] ปัจจุบันสถิตย์ภายในผอบแก้วภายในพระรัตนเจดีย์แก้ว ประดิษฐานบนพระแท่นบุษบกบรมคันธกุฎีภายในรัตนกุฎีพุทธวิหาร กลางอาคารอสีติวัสสายุมงคลมหาศาลาการเปรียญวัดคุ้งตะเภา เปิดให้ประชาชนสักการบูชาได้ทุกวัน

ส่วนที่ได้รับมาจากสมเด็จพระสังฆนายกแห่งประเทศพม่านั้น วัดได้รับมอบถวายต่อมาจากพระธรรมธีรราชมหามุนี (เที่ยง อคฺคธมฺโม) เจ้าอาวาสวัดระฆังโฆสิตารามวรมหาวิหาร, เจ้าคณะภาค 11 (นครราชสีมา บุรีรัมย์ ชัยภูมิ สุรินทร์) ซึ่งมีจำนวน 3 พระองค์[32] (ปัจจุบันเสด็จเพิ่มมาอีก 1 พระองค์ รวมเป็น 4 พระองค์) เป็นพระบรมสารีริกธาตุส่วนวิปปกิณณธาตุ ซึ่งเป็นของเดิมที่รัฐบาลพม่านำโดย อูนุ นายกรัฐมนตรีคนแรก ค้นพบ[33][34][35]

ส่วนที่ได้รับมอบประทานมาจากพระสังฆราชไทย มีจำนวน 9 พระองค์ เป็นพระบรมสารีริกธาตุส่วนพระองค์ของสมเด็จพระญาณสังวร สมเด็จพระสังฆราช สกลมหาสังฆปรินายก[36] ซึ่งเป็นพระบรมสารีริกธาตุที่รักษาสืบมาตั้งแต่เริ่มมีการเผยแผ่ศาสนาพุทธในแผ่นดินไทย[37]

พระบรมสารีริกธาตุจากประเทศสาธารณรัฐอินเดียเป็นพระบรมสารีริกธาตุที่ได้จากการถวายพระเพลิงพระบรมศพพระโคตมพุทธเจ้า ณ มกุฏพันธนเจดีย์ กรุงกุสินารา แคว้นมัลละ โดยวัดคุ้งตะเภาได้รับมอบถวายจาก พระครูปลัดสุวัฒนพุทธิคุณ Phrakru Paladsuvatanaputthikun (Dr.Visine Vajiravungso) ประธานสงฆ์วัดไทยสิริราชคฤห์ อำเภอนาลันทา รัฐพิหาร สาธารณรัฐอินเดีย[38]