เนื่องด้วยวัดคุ้งตะเภา จัดตั้งขึ้นโดยเป็นวัดพุทธศาสนานิกายเถรวาท ฝ่ายมหานิกาย จึงอยู่ในการปกครองของมหาเถรสมาคม อันเป็นองค์กรปกครองหลักของคณะสงฆ์เถรวาทในประเทศไทย วัดคุ้งตะเภาในปัจจุบันจึงดำเนินการศาสนกิจอยู่ภายใต้พระราชบัญญัติคณะสงฆ์ ซึ่งเป็นกฎหมายสูงสุดของคณะสงฆ์ไทย[57] แก้ไขเพิ่มเติมโดยพระราชบัญญัติคณะสงฆ์ (ฉบับที่ 2) พ.ศ. 2535[58] โดยปัจจุบันมีบุคลากรที่ทำหน้าที่เกี่ยวกับการบริหารจัดการกิจการภายในวัดที่ได้รับการแต่งตั้งโดยถูกต้องตามกฎหมายและระเบียบของมหาเถรสมาคมจำนวน 4 คน แบ่งเป็นพระสังฆาธิการระดับเจ้าอาวาส (ซึ่งตามพระราชบัญญัติคณะสงฆ์ พ.ศ. 2505 เจ้าอาวาสถือเป็นผู้ปกครองวัดตามมาตรา 36 เป็นผู้แทนของวัดตามมาตรา 31 วรรค 3 เป็นเจ้าพนักงานวัดตามมาตรา 45) จำนวน 1 รูป และคฤหัสถ์ผู้ทำหน้าที่ไวยาวัจกรจำนวน 3 คน

อย่างไรก็ดี ในปัจจุบันวัดคุ้งตะเภามีพระสงฆ์ผู้ได้รับพระราชทานสมณศักดิ์จากพระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวจำนวน 3 รูป แบ่งเป็นพระฐานานุกรมจำนวน 1 รูป และพระเปรียญจำนวน 2 รูป ตำแหน่งสมณศักดิ์ดังกล่าวเป็นเพียงการยกย่องเชิดชูเช่นเดียวกับเครื่องราชอิสริยาภรณ์ ซึ่งไม่เกี่ยวกับการเป็นผู้ดำรงตำแหน่งทางการบริหารจัดการวัดตามพระราชบัญญัติคณะสงฆ์แต่อย่างใด

พระสังฆาธิการวัดคุ้งตะเภา

ไวยาวัจกรวัดคุ้งตะเภา

ปัจจุบันวัดคุ้งตะเภามีไวยาวัจกร ทำหน้าที่ช่วยเหลือพระสงฆ์ที่ได้รับการแต่งตั้งในเจ้าอาวาสวัดคุ้งตะเภารูปปัจจุบัน ตามความในข้อ 10 แห่งกฎมหาเถรสมาคม ฉบับที่ 18 (พ.ศ. 2536) โดยอาศัยอำนาจตามความในข้อ 7 วรรคแรก แห่งกฎมหาเถรสมาคม ฉบับที่ 18 (พ.ศ. 2536) ว่าด้วยการแต่งตั้งถอดถอนไวยาวัจกร ที่ออกตามความในพระราชบัญญัติคณะสงฆ์ พ.ศ. 2505[60] แก้ไขเพิ่มเติมโดยพระราชบัญญัติคณะสงฆ์ (ฉบับที่ 2) พ.ศ. 2535[61] จำนวน 6 ตำแหน่ง แบ่งเป็นไวยาวัจกรคนที่ 1 รับผิดชอบงานฝ่ายบัญชี (บัญชีและการบริหารงบดุลภายในวัด) ไวยาวัจกรคนที่ 2 รับผิดชอบงานฝ่ายศาสนพิธี ไวยาวัจกรคนที่ 3 รับผิดชอบงานฝ่ายพุทธสาธารณสถาน ไวยาวัจกรคนที่ 4 รับผิดชอบงานฝ่ายพุทธศาสนศึกษา ไวยาวัจกรคนที่ 5 รับผิดชอบงานฝ่ายพุทธศาสนสงเคราะห์ และไวยาวัจกรคนที่ 6 รับผิดชอบงานส่งเสริมการปฏิบัติธรรม รวมเป็น 6 คน