ในขณะที่ความเปลี่ยนแปลงของจักรวรรดิปรากฏให้เห็นชัดเจนนั้น เหล่าวุฒิสมาชิกจำนวนหนึ่ง เช่น เบล ออร์กานา การ์ม เบล ไอบลิส และมอน มอธมา ได้ก่อตั้งพันธมิตรฟื้นฟูสาธารณรัฐขึ้น และหลังจากเกิดเหตุการณ์การสังหารหมู่กอร์แมน พันธมิตรก็ได้ประกาศแถลงการณ์กบฏเพื่อแสดงตนต่อต้านจักรวรรดิและความไม่พอใจของพวกตน จนเกิดเป็นสงครามกลางเมืองกาแลกติก ซึ่งจะยืดเยื้อไปถึงกว่ายี่สิบปี

ตั้งแต่เริ่มก่อตั้งขึ้นมานั้น พันธมิตรกบฏถูกโจมตีจนสูญเสียกำลังคนและกำลังรบไปมากจากแสนยานุภาพอันเหนือกว่าของกองทัพเรือจักรวรรดิที่มีกำลังพันธมิตรที่แข็งเกร่งอย่างอู่ต่อเรือคูอัต

แต่ก็ได้รับความช่วยเหลือจากบริษัท Incom Corporation ทำได้มีกำลังยานรบเอกซ์วิง และได้รับมอบยานรบขนาดใหญ่มาจากชาวมอน คาลามอริ เพื่อต่อสู้กับยานพิฆาตดารา อย่างไรก็ดี กองทัพกบฏก็ยังต้องอาศัยยุทธวิธีการรบแบบฮิทแอนด์รันในการต่อสู้กับกองทัพขนาดใหญ่อย่างกองทัพของจักรวรรดิ ต่อมาเลอา ออร์กานาได้ขึ้นเป็นวุฒิสมาชิกจักรวรรดิและดำเนินนโยบายลับทางการเมืองซึ่งเป็นส่วนหนึ่งของภารกิจของพันธมิตรกบฏบนยานแทนทีฟ 4

ในขณะที่การกบฏดำเนินไปนั้น ปฏิบัติการตามล่ากบฏก็รุนแรงขึ้นเป็นเงาตามตัว เซกเตอร์ทั้งเซกเตอร์อาจถูกจู่โจมได้โดยจักรวรรดิหากพบว่าเป็นแหล่งให้ที่พึ่งพิงแก่กิจการกบฏ การสลายความรุนแรงในเนมบัสเซกเตอร์และการปราบปรามไควมาร์เป็นตัวอย่างที่ดีของเรื่องนี้

จุดเปลี่ยนเล็กน้อยของสงครามนั้นเกิดขึ้นในยุทธการทูร์คานา เมื่อกองทัพจักรวรรดิเข้าโจมตีกองยานกบฏ แต่กลับถูกโต้กลับด้วยยานรบใหม่ของพันธมิตรกบฏ คือยาน T-65 X-wing starfighter จากการตอบโต้ครั้งนี้เองทำให้จักรวรรดิดำเนินปฏิบัติการสไตรค์เฟียร์ ดาวเคราะห์และระบบดาวเคราะห์ที่เป็นสมาชิกของพันธมิตรกบฏอย่างรูดริก บริเกีย และโอไรออน 4 ถูกโจมตีทำลายล้างอย่างหนัก โชคยังดีที่ความผิดพลาดของนายทหารจักรวรรดิ คริกซ์ มาดีน และการเข้าเป็นพันธมิตรกับชาวซุลลุสทาน ทำให้พันธมิตรกบฏสามารถทำลายยานธงของปฏิบัติการสไตรค์เฟียร์คือยานพิฆาตดาราอินวินซิเบิลได้เป็นผลสำเร็จ