ประชาชนมากกว่า 17,000 คน (ทั้งทหารและพลเรือน) เสียชีวิตระหว่างความขัดแย้งนี้ รวมทั้งชาวเนปาลมากกว่า 4,000 คนที่ถูกฆ่าโดยกลุ่มกบฏลัทธิเหมาระหว่าง พ.ศ. 2539 – 2548 และชาวเนปาลมากกว่า 8,200 คนถูกฆ่าโดยกองกำลังของรัฐฐาลระหว่าง พ.ศ. 2539 – 2548 [3] นอกจากนั้น มีชาวเนปาล 100,000 - 150,000 คนเป็นผู้พลัดถิ่นภายในประเทศซึ่งเป็นผลมาจากความขัดแย้ง และยังเป็นการขัดขวางการพัฒนาชนบท

ในวันที่ 10 มกราคม พ.ศ. 2533 ได้ก่อตั้ง สหแนวร่วมฝ่ายซ้าย (เนปาล 2533)ขึ้น [7]:331 และมี พรรคคองเกรสเนปาล เป็นแกนของการเคลื่อนไหวเพื่อเปลี่ยนแปลงการปกครอง อย่างไรก็ตาม กลุ่มคอมมิวนิสต์ไม่สบายใจในการเป็นพันธมิตรกับสหแนวร่วมฝ่ายซ้ายและพรรคคองเกรสเนปาล และได้จัดตั้งแนวร่วมคู่ขนานคือขบวนการประชาชนสหชาติ (UNPM) ขบวนการนี้เรียกร้องให้มีการเลือกตั้งสภาตามรัฐธรรมนูญ และปฏิเสธกระบวนการของสหแนวร่วมฝ่ายซ้ายและพรรคคองเกรสเนปาลที่เป็นฝ่ายนิยมกษัตริย์ ในเดือนพฤศจิกายน พ.ศ. 2533 ได้จัดตั้งพรรคคอมมิวนิสต์เนปาล (สหภาพกลาง) หรือ CPN(UC) ซึ่งมีสมาชิกที่สำคัญของขบวนการประชาชนสหชาติด้วย ต่อมา เมื่อ 21 มกราคม พ.ศ. 2534 พรรคคอมมิวนิสต์เนปาล (สหภาพกลาง) จัดตั้ง แนวร่วมสหประชาชนแห่งเนปาล โดยมี พาพูรัม ภัตตาไร เป็นหัวหน้า และจัดตั้งองค์กรแนวร่วมเพื่อเข้าร่วมการเลือกตั้ง [8]:332 พรรคคอมมิวนิสต์เนปาล (สหภาพกลาง) จัดการประชุมครั้งแรกเมื่อ 25 พฤศจิกายน พ.ศ. 2534 [8]:332 จัดตั้งแนวทางของ "การต่อสู้ด้วยอาวุธเพื่อการปฏิวัติประชาธิปไตยใหม่",[9] และตัดสินใจที่จะเป็นพรรคการเมืองใต้ดินต่อไป ใน การเลือกตั้งสภานิติบัญญัติเนปาล พ.ศ. 2534 แนวร่วมสหประชาชนแห่งเนปาลกลายเป็นพรรคใหญ่อันดับสามในรัฐสภาเนปาล อย่างไรก็ตาม ปัญหาภายในแนวร่วมสหประชาชนแห่งเนปาลเกิดขึ้นเกี่ยวกับกลยุทธของพรรค กลุ่มหนึ่ง นำโดย ปุศปา กามาล ทาหัล (ฉายาประจันทา) ต้องการให้มีการปฏิวัติโดยทันทีด้วยอาวุธ อีกกลุ่มหนึ่งนำโดยนีร์มัล ลามา เห็นว่าสถานการณ์ในเนปาลยังไม่สุกงอมสำหรับการต่อสู้ด้วยอาวุธ [8]:332

ในวันที่ 22 พฤษภาคม พ.ศ. 2537 แนวร่วมสหประชาชนแห่งเนปาลแตกออกเป็น 2 องค์กร ส่วนที่เป็นองค์กรฝ่ายทหารเปลี่ยนชื่อเป็น พรรคคอมมิวนิสต์แห่งเนปาล (ลัทธิเหมา) หรือ CPN(M) องค์กรนี้เรียกกองกำลังของรัฐบาล พรรคการเมืองกระแสหลักและราชวงศ์ ว่าเป็นกองกำลังระบบฟิวดัล การสู้รบด้วยอาวุธเริ่มขึ้นเมื่อ 13 กุมภาพันธ์ พ.ศ. 2539 เมื่อพรรคคอมมิวนิสต์แห่งเนปาล (ลัทธิเหมา) เปิดการโจมตี 7 แห่งในพื้นที่ 6 ตำบล [8]:333 ในช่วงแรก รัฐบาลเนปาลให้ ตำรวจเนปาล เข้าระงับเหตุฉุกเฉิน กองทัพเนปาลไม่ได้เกี่ยวข้องกับการต่อสู้โดยตรง เพราะความขัดแย้งนี้ถือว่าเป็นเหตุการณ์ที่ตำรวจสามารถระงับเหตุได้ กองทัพเนปาลจึงไม่ได้ช่วยตำรวจระหว่างการโจมตีในพื้นที่ห่างไกล ในวันที่ 19 กรกฎาคม พ.ศ. 2544 นายกรัฐมนตรี คิริชา ประสาท กอยราละ ลาออกเพราะไม่สามารถควบคุมการก่อการร้ายของกบฏลัทธิเหมาได้ และทหารปฏิเสธเข้าร่วมในการปราบปรามความขัดแย้ง [8]:335 เมื่อ 25 กรกฎาคม พ.ศ. 2544 รัฐบาลของ เชอร์ พาหาทูร์ เทวพา และกลุ่มก่อการร้ายลัทธิเหมาประกาศหยุดยิง และเกิดการเจรจาสันติภาพระหว่างสิงหาคม-พฤศจิกายนของปีนั้น [8]:335 ความล้มเหลวของการเจรจาสันติภาพทำให้ความขัดแย้งทางทหารเกิดขึ้นอีกครั้ง โดยกบฏลัทธิเหมาโจมตีค่ายทหารที่ตำบลทัง เทวคูรี ทางเนปาลตะวันตกเมื่อ 22 พฤศจิกายน [8]:335 ซึ่งเกิดการสู้รบที่รุนแรงตลอดคืน สถานการณ์การก่อการร้ายค่อยๆเปลี่ยนแปลงใน พ.ศ. 2545 จำนวนการโจมตีของทั้งสองฝ่ายเพิ่มขึ้น และมีผู้เสียชีวิตเพิ่มขึ้น [8]:309

รัฐบาลตอบสนองต่อการก่อการร้ายโดยการคว่ำบาตรกลุ่มต่อต้านราชวงศ์ [10] จำคุกสื่อมวลชนและปิดหนังสือพิมพ์ที่ถูกกล่าวหาว่าเข้าข้างกลุ่มก่อการร้าย มีการเจรจาและการหยุดยิงชั่วคราวหลายครั้งระหว่างกลุ่มก่อการร้ายกับรัฐบาล รัฐบาลปฏิเสธความต้องการของกลุ่มก่อการร้ายที่ต้องการให้เลือกตั้งสภารัฐธรรมนูญเพราะกลัวจะเป็นการล้มเลิกราชวงศ์โดยการออกเสียงของประชาชน ในเวลาเดียวกัน กลุมกบฏลัทธิเหมาปฏิเสธการจัดตั้งราชวงศ์ไว้ในรัฐธรรมนูญ ในเดือนพฤศจิกายน พ.ศ. 2547 รัฐบาลปฏิเสธข้อเรียกร้องของกบฏลัทธิเหมาที่ต้องการเจรจาโดยตรงกับกษัตริย์ชญาเนนทระ มากกว่าการเจรจากับนายกรัฐมนตรีเชอร์ พาหาทูร์ เทวพา และการเรียกร้องให้มีผู้ไกล่เกลี่ยที่เป็นบุคคลที่สามเช่น สหประชาชาติ

ตลอดสงคราม รัฐบาลควบคุมได้เฉพาะเมืองหลัก กลุ่มลัทธิเหมาควบคุมพื้นที่ในชนบท ซึ่งเป็นผลมาจากข้อเท็จริงที่ว่าหน่วยงานและสถาบันของรัฐบาลตั้งอยู่ที่เมืองหลวง กาฏมาณฑุ หรือบริเวณตัวเมืองของแต่ละตำบล ในเดือนสิงหาคม พ.ศ. 2547 กาฏมาณฑุ อยู่ภายใต้การควบคุมของกบฏ โดยกลุ่มลัทธิเหมาสามารถปิดล้อมเมืองได้เป็นสัปดาห์[11]

ภายใต้โล่ของสงครามต่อต้านการก่อการร้ายระดับโลกและเป้าหมายของการทำให้เป็นรัฐล้มเหลว ซึ่งทำให้เกิดความวุ่นวายภายในประเทศ สหรัฐอเมริกา สหราชอาณาจักร และ อินเดีย ให้ความช่วยเหลือทางทหารและเศรษฐกิจแก่รัฐบาลเนปาล เมื่อวันที่ 1 กุมภาพันธ์ พ.ศ. 2548 เพื่อตอบต่อการที่รัฐบาลที่เป็นประชาธิปไตยไม่สามารถแก้ปัญหาได้ กษัตริย์ชญาเนนทระเข้าควบคุมประเทศเนปาลเพื่อยุติการก่อการร้าย [12] ผลจากการเข้าควบคุม สหราชอาณาจักรและอินเดียระงับการสนับสนุนเนปาล [8]:337 ในวันที่ 5 พฤษภาคม พ.ศ. 2548 เพื่อตอบโต้การยึดอำนาจของกษัตริย์ชญาเนนทระ พรรคการเมือง 7 พรรคได้จัดตั้งกลุ่ม พันธมิตร 7 พรรค (SPA) ขึ้น[8]:338 ต่อมา 22 พฤศจิกายน พ.ศ. 2548 กลุ่มกบฏลัทธิเหมาและพันธมิตร 7 พรรคที่ได้รับการสนับสนุนจากอินเดีย ร่วมมือกันเสนอข้อเรียกร้อง 12 ข้อ ซึ่งอธิบายว่าระบอบราชาธิปไตยเป็นอุปสรรคที่สำคัญของประชาธิปไตย สันติภาพ ความเจริญรุ่งเรือง การยกระดับของสังคม เอกราช และอธิปไตยของเนปาล [13] รวมทั้งเรียกร้องให้เลือกตั้งสภารัฐธรรมนูญและละทิ้งการใช้ความรุนแรงของกลุ่มกบฏลัทธิเหมา [8]:339

ใน พ.ศ. 2549 ความขัดแย้งที่รุนแรงลดลงอย่างมีนัยสำคัญ และเกิดกระแสประชาธิปไตยขึ้น [8]:339 ตลอดเดือนเมษายน พ.ศ. 2549 มีการชุมนุมเรียกร้องประชาธิปไตยทั่วเนปาล ผู้ชุมนุมในกาฏมาณฑุราว 400 คนถูกจับกุม มีผู้ได้รับบาดเจ็บ 10 คน ในวันที่ 21 เมษายน กษัตริย์ชญาเนนทระประกาศคืนอำนาจให้แก่นายกรัฐมนตรีที่มาจากพันธมิตร 7 พรรค แต่ทั้งกบฏลัทธิเหมาและพันธมิตร 7 พรรคปฏิเสธ [8]:339 ในวันที่ 24 เมษายน กษัตริย์ชญาเนนทระประกาศคืนสิทธิกาสภาผู้แทนราษฎร ซึ่งเป็นที่พอใจของพันธมิตร 7 พรรค ที่ได้จัดตั้งสภาผู้แทนราษฎรขึ้นอีก [8]:339 กลุ่มกบฏลัทธิเหมายังคงต่อต้าน และในวันที่ 2 มิถุนายน ในกาฏมาณฑุ กลุ่มกบฏลัทธิเหมาจัดชุมนุมเรียกร้องประชาธิปไตย มีประชาชนเข้าร่วมมากกว่า 200,000 คน[8]:339–340 ในวันที่ 9 สิงหาคม รัฐบาลและกลุ่มกบฏลัทธิเหมาตกลงที่จะยอมให้สหประชาชาติเข้ามาตรวจสอบกระบวนการสันติภาพและปลดอาวุธทั้งสองฝ่าย [8]:340 ในวันที่ 21 พฤศจิกายน รัฐบาลกลุ่มพันธมิตร 7 พรรค และกลุ่มกบฏลัทธิเหมาลงนามในความตกลงสันติภาพสมบูรณ์แบบ ซึ่งถือเป็นการสิ้นสุดสงครามกลางเมือง [8]:340

สงครามกลางเมืองบีบให้คนหนุ่มสาวต้องไปทำงานต่างประเทศ โดยเฉพาะในอ่างเปอร์เซียและเอเชียตะวันออกเฉียงใต้ การเคลื่อนย้ายแรงงานทำให้เนปาลพบกับปัญหาเศรษฐกิจที่ยุ่งยาก เศรษฐกิจของเนปาลต้องพึ่งพารายได้จากแรงงานที่ไปทำงานต่างชาติ (คล้ายกับเศรษฐกิจเลบานอนในช่วงที่เกิดสงครามกลางเมืองเลบานอน) ผลจากสงครามกลางเมือง อุตสาหกรรมการท่องเที่ยวของเนปาลได้รับความเดือดร้อน เนปาลลดอับดับจากดินแดนที่น่าไปเที่นวอันดับ 10 เหลือเพียงอันดับที่ 27

ตามข้อมูลของ INSEC, ผู้เสียชีวิต 1,665 คนจากทั้งหมด 15,026 คนที่เกิดขึ้นระหว่างสงครามกลางเมือง (ประมาณร้อยละ 11) เป็นผู้หญิง โดยกองกำลังฝ่ายรัฐบาลมีส่วนเกี่ยวข้องประมาณร้อยละ 85 ของการฆ่าผู้หญิง[14]