ในเดือนตุลาคม ค.ศ. 1803 กองเรือของทริโปลีสามารถยึดเรือรบ ยูเอสเอส ฟิลาเดลเฟีย ไว้ได้เมื่อเรือเกยตื้นขณะที่กำลังลาดตะเวนอยู่บริเวณท่าเรือในเมืองของทริโปลี ความพยายามที่จะช่วยเรือออกมาของกองกำลังอเมริกันล้มเหลว หลังจากที่ถูกระดมยิงจากกองปืนใหญ่บนฝั่ง และกองเรือของทริโปลี นอกจากเรือที่ถูกยึดแล้ว กัปตันเรือ วิลเลียม เบนบริดจ์ รวมทั้งนายทหารและลูกเรือทั้งหมดยังถูกจับเป็นตัวประกัน ส่วนเรือฟิลาเดลเฟียถูกทอดสมอเทียบท่า และปืนใหญ่ของเรือถูกใช้เพื่อโจมตีใส่พวกเดียวกันเอง

ในคืนวันที่ 16 กุมภาพันธ์ ค.ศ. 1804 ร้อยโทสตีเฟ่น ดีคาเทอร์ จูเนียร์ได้นำหมู่นาวิกโยธินบุกยึดเรือใบเล็กของทริโปลี แล้วตั้งชื่อให้ใหม่เป็นเรือรบ ยูเอสเอส อินเทรพิด เพื่อลวงยามรักษาการณ์บนเรือฟิลาเดลเฟีย แล้วนำเรือเข้าไปเทียบเรือที่ถูกยึดไว้ จากนั้นคนของดีคาเทอร์ก็บุกขึ้นไปบนเรือ และเอาชนะกะลาสีทริโปลีตันที่กำลังรักษาการณ์อยู่ แล้วจึงจุดไฟเผาเรือฟิลาเดลเฟียโดยมีเรือรบอเมริกันคอยสนับสนุน ทำให้ศัตรูไม่สามารถนำเรือไปใช้ได้ และยังยกพลขึ้นบกเพื่อยึดเมืองของทริโปลีเอาไว้

ต่อมาพรีเบิลทำการโจมตีเมืองของทริโปลีอย่างเต็มตัว ในวันที่ 14 กรกฎาคม ค.ศ. 1804 และทำการรบที่ไม่มีผลสรุปที่ชัดเจนหลายต่อหลายครั้ง รวมถึงครั้งหนึ่งที่กัปตันริชาร์ด ซอมเมอร์ส นำเรือเพลิง ยูเอสเอส อินเทรพิด ที่บรรทุกวัตถุระเบิดไว้เต็มลำ จะนำเรือเข้าไปในท่าเรือทริโปลีเพื่อทำลายตัวเองและกองเรือของศัตรู แต่ถูกปืนใหญ่ของศัตรูทำลายเสียก่อน ทำให้ทั้งซอมเมอร์และลูกเรือเสียชีวิต

จุดเปลี่ยนของสงครามคือยุทธการเดอร์นา ซึ่งเกิดขึ้นระหว่างเดือนเมษายนถึงเดือนพฤษภาคมในปี ค.ศ. 1805 พลเอกวิลเลียม อีตัน (ผู้เคยเป็นอดีตกงสุล) และร้อยโทเพรสลี โอแบนนอนแห่งนาวิกโยธินสหรัฐฯ นำกองกำลังผสมซึ่งประกอบไปด้วยนาวิกโยธินสหรัฐฯ 8 นาย และทหารรับจ้างชาวกรีก, อาหรับและเบอร์เบอร์จำนวน 500 นาย เดินทัพข้ามทะเลทรายไปยังเมืองอเล็กซานเดรีย ประเทศอียิปต์เพื่อยึดเมืองเดอร์นาของทริโปลี