เจ้าหญิงมาร์เกรเธอประสูติในเดือนมีนาคม ค.ศ. 1353 ทรงเป็นพระราชบุตรพระองค์ที่หก และเป็นองค์สุดท้องในพระเจ้าวัลเดมาร์ที่ 4 แห่งเดนมาร์กกับเฮลวิกแห่งชเลสวิช[2][24] เจ้าหญิงประสูติที่ปราสาทซอบอร์ก ซึ่งเป็นสถานที่ที่พระราชบิดาของเจ้าหญิง ทรงกักขังพระราชินีเฮลวิก พระราชมารดา[25] เจ้าหญิงทรงเข้ารับบัพติศมาที่รอสกิลด์ และในปีค.ศ. 1359 ขณะมีพระชนมายุ 6 พรรษา ทรงหมั้นหมายกับพระเจ้าโฮกุนที่ 6 แห่งนอร์เวย์ วัย 18 พรรษา พระโอรสองค์สุดท้องในพระเจ้ามักนุสที่ 4 และที่ 6 แห่งสวีเดนและนอร์เวย์ตามลำดับ[24] ในสนธิสัญญาการอภิเษกสมรสได้มีข้อตกลงให้กษัตริย์วัลเดมาร์แห่งเดนมาร์กทำการช่วยเหลือกษัตริย์มักนุสแห่งสวีเดนในการต่อต้านพระเจ้าอีริคที่ 12 แห่งสวีเดน พระโอรสในกษัตริย์มักนุสซึ่งในปีค.ศ. 1356 ทำการยึดครองดินแดนภาคใต้ของสวีเดน ซึ่งต่อต้านอำนาจพระราชบิดา[24] การอภิเษกสมรสของเจ้าหญิงมาร์เกรเธอแห่งเดนมาร์กจึงเป็นส่วนหนึ่งของการแย่งชิงอำนาจในกลุ่มอาณาจักรนอร์ดิก มีความไม่พอใจถึงเหตุการณ์นี้ในกลุ่มแวดวงการเมืองต่างๆ นักกิจกรรมทางการเมืองอย่าง บริจิตแห่งสวีเดน ได้เขียนบรรยายถึงเหตุการณ์นี้ไปยังสมเด็จพระสันตะปาปาว่าเหมือน "พวกเด็กๆเล่นตุ๊กตา"[24] เป้าหมายของกษัตริย์วัลเดมาร์ในการอภิเษกสมรสของพระธิดานี้คือการครอบครองแคว้นสคาเนีย ซึ่งถูกจำนองไปให้กับสวีเดนตั้งแต่ปีค.ศ. 1332 [26] ในรัชสมัยกษัตริย์คริสตอฟเฟอร์ที่ 2 ตามแหล่งหลักฐานร่วมสมัยระบุว่า สนธิสัญญาการอภิเษกสมรสมีการระบุถึงข้อตกลงในการคืนปราสาทเฮลซิงบอรย์แก่เดนมาร์ก แต่สิ่งนี้ไม่เพียงพอสำหรับกษัตริย์วัลเดมาร์ ในเดือนมิถุนายน ค.ศ. 1359 ทรงระดมกองทัพขนาดใหญ่กรีฑาทัพข้ามเออเรซุนด์และยึดครองแคว้นสคาเนีย[26] การโจมตีทางตอนใต้ของสวีเดนนี้ถิอเป็นการแสดงให้เห็นว่าเดนมาร์กโจมตีกษัตริย์อีริคที่ 12 และสนับสนุนกษัตริย์มักนุส แต่ในเดือนเดียวกันนั้นกษัตริย์อีริคเสด็จสวรรคต เป็นผลให้สมดุลแห่งอำนาจเปลี่ยน ข้อตกลงระหว่างกษัตริย์วัลเดมาร์และกษัตริย์มักนุสถูกยกเลิกเสียสิ้น รวมถึงการเตรียมอภิเษกสมรสระหว่างเจ้าหญิงมาร์เกรเธอและกษัตริย์โฮกุนแห่งนอร์เวย์ต้องยกเลิกไปด้วย[26]

แต่การยกเลิกสัญญานี้ไม่ำด้ทำให้กษัตริย์วัลเดมาร์ถอนทัพออกจากสคาเนีย พระองค์ทรงเดินทัพต่อบุกยึดเกาะกอทลันด์ในทะเลบอลติก[26] เมืองวิสบี เป็นเมืองที่ชาวเยอรมันอาศัยจำนวนมาก เป็นเมืองหลักบนเกาะนี้และเป็นเมืองสำคัญที่ควบคุมยุทธศาสตร์ของทะเลบอลติก[26] ในวันที่ 27 กรกฎาคม ค.ศ. 1361 เกิดการสู้รบระหว่างทหารติดอาวุธเดนมาร์กและชาวนากอทลันด์ ทหารเดนส์ชนะและยึดครองวิสบี โดยที่พวกเยอรมันไม่ได้มีส่วนร่วมด้วย[26] กษัตริย์มักนุสและสันนิบาตฮันเซอไม่สามารถละเลยต่อการยั่วยุของเดนมาร์กได้ และได้ออกกฎหมายห้ามทำการค้ากับเดนมาร์กในทันทีและได้มีข้อตกลงทางทหารร่วมกันหากจำเป็น[27] ในขณะเดียวกันกษัตริย์มักนุสทรงเปิดการเจรจากับเฮนรีที่ 2 เคานท์แห่งฮ็อลชไตน์-เรนส์บวร์ก เกี่ยวกับข้อตกลงอภิเษกสมรสระหว่างกษัตริย์โฮกุนแห่งนอร์เวย์ พระโอรสกับเอลิซาเบธแห่งฮ็อลชไตน์ น้องสาวของเคานท์เฮนรี[27] ในวันที่ 17 ธันวาคม ค.ศ. 1362 ได้มีการออกเรือเพื่อนำเอลิซาเบธมาเสกสมรสที่สวีเดน[27] แต่ด้วยลมพายุได้พัดเรือจากฮ็อลชไตน์หันไปทางเดนมาร์กแทนที่จะเป็นสวีเดน ถูกซัดไปเทียบท่าที่เกาะบอร์นโฮล์มของเดนมาร์ก ซึ่งอาร์กบิชอปแห่งลุนด์ได้ประกาศทันทีว่าการเสกสมรสครั้งนี้เป็นการทำลายกฎของศาสนจักร ซึ่งฝ่ายกษัตริย์มักนุสนั้นทรงหมั้นกับเจ้าหญิงมาร์เกรเธออยู่แล้ว[27] ในท้ายที่สุดกองทัพสวีเดนและฮันเซอได้ถอนทัพออกจากการโจมตีเมืองเฮลซิงบอรย์[27] หลังจากนี้ ได้เกิดสนธิสัญญาสันติภาพ สันนิบาตฮันเซอและกษัตริย์มักนุสละทิ้งสงคราม[28] ซึ่งหมายความว่า การอภิเษกสมรสระหว่างเจ้าหญิงมาร์เกรเธอวัย 10 พรรษา กับกษัตริย์โฮกุนแห่งนอร์เวย์เริ่มเข้ามาสู่ประเด็นเจรจาอีกครั้ง พระราชพิธีอภิเษกสมรสถูกจัดขึ้นในโคเปนเฮเกนในวันที่ 9 เมษายน ค.ศ. 1363[28]

การอภิเษกสมรสของกษัตริย์โฮกุนและเจ้าหญิงมาร์เกรเธอเป็นการทำสนธิสัญญาพันธมิตร และเจ้าหญิงน่าจะทรงประทับอยู่ที่เดนมาร์กเป็นเวลานานหลังเสกสมรส[28] แต่ในที่สุดทรงถูกพามาที่อาร์เคอเซาส์ในออสโลฟยอร์ด ซึ่งเจ้าหญิงทรงถูกอบรมอภิบาลโดยมาร์ธา อูล์ฟสด็อทเทอร์[29] มาร์ธา อูล์ฟสด็อทเทอร์เป็นสตรีชนชั้นขุนนางที่มีชื่อเสียง และเป็นบุตรสาวของบริจิตแห่งสวีเดน ผู้โด่งดัง และมาร์ธายังเป็นภรรยาในคนุต อัลก็อตสัน ซึ่งเป็นหนึ่งในผู้ติดตามคนสนิทของกษัตริย์มักนุส[29] เจ้าหญิงมาร์เกรเธอทรงถูกเลี้ยงดูมาพร้อมกับบุตรสาวของมาร์ธา คือ อิงเกเกิร์ด คนุตสด็อทเทอร์[29] ซึ่งทำการอบรมให้การศึกษาแก่เจ้าหญิงในเรื่องศาสนาและสถาบันกษัตริย์[29] บุตรสาวของมาร์ธาคือ อิงเกเกิร์ด และแคทเทอรีน จะเป็นพระสหายสนิทของเจ้าหญิงมาร์เกรเธอที่สุด ด้วยต่อมาจะทรงชื่นชอบการดำเนินงานของอิงเกเกิร์ดในฐานะที่เป็นหัวหน้านางชีและศาสนสถานของนาง นอกจากนี้พระนางจะทรงมีแนวโน้มในการสนับสนุนคณะนางชีบริจิตทีนด้วยความเคารพนับถือและความสนใจทางการเมืองด้วย[30][31] การศึกษาของเจ้าหญิงด้านอื่นค่อนข้างจำกัด แต่ก็ทรงเรียนรู้การเขียน การอ่าน และยังทรงได้รับการศึกษาได้ศิลปการปกครองประเทศ[29] เจ้าหญิงทรงสามารถแสดงอำนาจทางการปกครองและดูเหมือนจะทรงอำนาจอย่างแท้จริง[32]

หลังจากอภิเษกสมรส เจ้าหญิงมาร์เกรเธอ ซึ่งเป็นสมเด็จพระราชินีมาร์เกรเธอแห่งนอร์เวย์ ในฐานะพระมเหสี ก็ต้องทรงพบกับความวุ่นวายทางการเมืองในสแกนดิเนเวีย ไม่กี่เดือนหลังอภิเษกสมรส พระเชษฐาของพระนางคือ เจ้าชายคริสโตเฟอร์แห่งเดนมาร์ก ดยุกแห่งโลลันด์ สิ้นพระชนม์ ซึ่งหมายความว่าราชอาณาจักรเดนมาร์กไร้รัชทายาท พระราชบิดาของพระนางไม่มีทายาทที่เป็นชายอีกแล้ว[33] ในปีค.ศ. 1364 ขุนนางสวีเดนยึดอำนาจปลดกษัตริย์มักนุสที่ 4 ออกจากราชบัลลังก์ และกีดกันกษัตริย์โฮกุนที่ 6 พระสวามีของพระนางออกจากราชบัลลังก์สวีเดน เหล่าขุนนางเลือกอัลเบิร์ตแห่งเมคเลินบวร์ค ครองราชย์เป็นกษัตริย์อัลเบรกท์แห่งสวีเดน[29]