ในปีค.ศ. 1412 พระนางมาร์เกรเธอทรงพยายามเรียกร้องดินแดนดัชชีชเลสวิชคืน จึงทรงประกาศสงครามกับฮ็อลชไตน์ ก่อนหน้านั้นทรงพยายามเรียกคืนดินแดนฟืนแลนด์และกอตแลนด์ ในขณะที่ทรงกำลังจะชนะสงคราม พระนางมาร์เกรเธอสวรรคตอย่างกระทันหันบนเรือพระที่นั่งที่เมืองท่าเฟล็นส์บวร์ค[44]

ในเดือนตุลาคม ค.ศ. 1412 พระนางทรงล่องเรือไปยังซีแลนด์ ในบันทึก Trinity ระบุว่าพระนางทรงมีกรณีพิพาทหลายเรื่อง ซึ่งเป็นปัญหาเกี่ยวกับการเมือง เมื่อทรงเสด็จขึ้นเรือเพื่ออกจากท่าเรือไป พระนาง "ประชวรอย่างกะทันหันและรุนแรง" พระนางมาร์เกรเธอทรงทราบว่านี้เป็นจุดจบของพระชนม์ชีพของพระนาง พระนางจึงมีรับสั่งให้นำเงินจำนวน 37 มาร์กไปบรจิคตามอารามใกล้ๆแคมเปน เพื่อประกอบศีลมหาสนิทสุดท้ายของพระนาง นอกจากนี้ไม่มีการบันทึกทางประวัติศาสตร์เกี่ยวกับรายละเอียดการสวรรคตของพระนาง พระนางมาร์เกรเธอสวรรคตในวันที่ 28 ตุลาคม ค.ศ. 1412 โดยมีการสวดภาวนาถึงนักบุญซีโมนเศโลเทและยูดาอัครทูต[45] มีการบรรยายถึงเหตุการณ์ที่เป็นไปได้คือเกิดโรคระบาด หรือทรงตกพระทัยจากการตายของอับราฮัม บรอเดอร์สันที่ปรึกษาคนสนิทของพระนาง[46][47] หรือบ้างก็ว่าทรงถูกลอบวางยาพิษโดยกษัตริย์อีริค[48]

โลงหินของพระนางนั้นแกะสลักโดยโจฮันเนส จุนเก ประติมากรชาวลือแบร์ก ในปี 1423 และประดิษบานเบื้องหลังแท่นบูชาสูงของมหาวิหารรอสกิลด์ ใกล้เมืองโคเปนเฮเกน พระนางทรงพระราชทานทรัพย์สมบัติแก่มหาวิหารเพื่อประกอบศีลมหาสนิทซึ่งเป็นสิ่งที่พระนางพึงปฏิบัติบ่อยครั้งและดำเนินประกอบพิธีศีลต่อไปเรื่อยๆหลังสวรรคตไปแล้ว แต่ก็ต้องหยุดลงในปี 1536 ระหว่างการปฏิรูปศาสนาฝ่ายโปรเตสแตนต์ แต่ก็มีการสั่นระฆังดังสองครั้งต่อวันเพื่อเป็นการระลึกถึงพระนาง