บทบาทแรกของสมเด็จพระราชินีมาร์เกรเธอแห่งนอร์เวย์หลังการสวรรคตของพระราชบิดาในปี ค.ศ. 1375 คือ การเตรียมการจัดการเลือกตั้งกษัตริย์ให้เจ้าชายโอลาฟแห่งนอร์เวย์ พระโอรสวัยทารกของพระนางขึ้นเป็นกษัตริย์เดนมาร์ก ทั้งๆที่สิทธิในบัลลังก์ควรเป็นของดยุกเฮนรีที่ 3 แห่งเมคเลินบวร์ค พระสวามี และอัลเบิร์ต พระโอรสของเจ้าหญิงอิงเกบอร์กแห่งเดนมาร์ก ดัชเชสแห่งเมคเลินบวร์ค พระเชษฐภคินีของพระนางมาร์เกรเธอที่สิ้นพระชนม์ไปก่อนแล้ว พระนางมาร์เกรเธอทรงยืนยันต่อขุนนางว่า เจ้าชายโอลาฟจะได้รับการประกาศให้เป็นรัชทายาทโดยชอบธรรมแห่งราชบัลลังก์สวีเดนและตำแหน่งต่างๆ ซึ่งกษัตริย์โอลาฟที่ 2 ทรงพระเยาว์เกินกว่าจะปกครองแผ่นดิน และสมเด็จพระราชินีมาร์เกรเธอทรงสามารถพิสูจน์พระองค์เองว่าเป็นผู้นำที่ทรงอำนาจและชาญฉลาดในช่วงหลายปีนี้ กษัตริย์โฮกุน พระสวามีของพระนางสวรรคตในปีค.ศ. 1380 กษัตริย์โอลาฟจึงทรงสืบราชบัลลังก์นอร์เวย์ด้วย แต่กษัตริย์โอลาฟกลับสวรรคตอย่างกระทันหันในปีค.ศ. 1387 ขณะมีพระชนมายุ 17 พรรษา และพระนางมาร์เกรเธอซึ่งปกครองในนามของกษัตริย์ได้รับการสถาปนาเป็นผู้สำเร็จราชการแห่งนอร์เวย์และเดนมาร์กในปีถัดมา พระนางทรงมีความสามารถทางการปกครองโดยทรงสามารถทวงคืนชเลสวิชมาจากเหล่าเคานท์แห่งฮ็อลชไตน์-เรนด์บวร์กได้ เคานท์แห่งฮ็อลชไตน์ถือครองชเลสวิชมาหลายชั่วอายุคนและต่อมาได้ดินแดนกลับคืนมาตามข้อตกลงนีบอร์ก ค.ศ. 1386[34] แต่ด้วยข้อตกลงที่เข้มงวดในสัญญาดังกล่าว กลายเป็นว่าราชสำนักเดนมาร์กได้ประโยชน์ทั้งหมดจากการทำข้อตกลงนี้ ด้วยข้อตกลงที่เข้มงวดนี้ ทำให้เหล่าขุนนางชาวจูตที่มักจะแข็งข้อต่อราชวงศ์เดนมาร์กสูญเสียกำลังสนับสนุนจากดินแดนชเลสวิชและฮ็อลชไตน์ เมื่อพระนางมาร์เกรเธอทรงแก้ปัญหาภายในอาณาจักรได้แล้ว พระนางจึงหันไปสนใจสวีเดน ซึ่งเกิดขุนนางที่ทำการแข็งข้อต่อกษัตริย์สวีเดน นำโดย บีร์เกอร์ (บุตรชายของบริจิตและพี่ชายของมาร์ธา)[5] เตรียมพร้อมก่อกองกำลังต่อต้านกษัตริย์อัลเบรกท์ ผู้ไม่เป็นที่นิยม ขุนนางผู้มีอำนาจหลายคนเพียนสาส์นถึงพระนางมาร์เกรเธอว่า ถ้าพระนางช่วยสวีเดนกำจัดกษัตริย์อัลเบรกท์ พระนางจะได้รับการสถาปนาเป็นผู้สำเร็จราชการแผ่นดิน พระนางจึงทรงรีบรวบรวมกองทัพเข้ารุกรานสวีเดน

จากการประชุมกันที่ปราสาทดาลาบอร์กในสวีเดน ในเดือนมีนาคม ค.ศ. 1388 ชาวสวีเดนถูกบังคับให้ยอมรับเงื่อนไขของพระนางมาร์เกรเธอทุกข้อ และทรงได้รับเลือกตั้งเป็น "จอมราชันสตรีและองค์ประมุข" (Sovereign Lady and Ruler) และชาวสวีเดนต้องยอมรับกษัตริย์องค์ใดก็ตามที่พระนางทรงเลือก กษัตริย์อัลเบรกท์ทรงเรียกขานพระนางว่า "กษัตริย์ไร้กางเกง" (King Pantsless) พระองค์รีบเสด็จกลับเมคเลินบวร์ค และกลับมายังสวีเดนด้วยกองทัพทหารรับจ้าง ในวันที่ 24 กุมภาพันธ์ ค.ศ. 1389 เกิดการสู้รบอย่างตัดสินใกล้ฟาลเคอปิง นายพลเฮนริก ปาโรว์ แม่ทัพชาวเมคเลินบวร์คของกองทัพมาร์เกรเธอ เสียชีวิตในสนามรบ แต่กลศึกของเขาทำให้พระนางได้รับชัยชนะ[35] พระนางมาร์เกรเธอตอนนี้กลายเป็นสตรีผู้ทรงอำนาจเหนือสามราชอาณาจักร[11]

สต็อกโฮล์ม ซึ่งเป็นเมืองที่เกือบจะเป็นเมืองชาวเยอรมันยังคงแข็งข้อ ด้วยความกลัวกองทัพของมาร์เกรเธอได้กระตุ้นให้เหล่าเจ้าเมคเลินบวร์คและเมืองของชาวเวนด์พยายามรีบเร่งหาความช่วยเหลือ เราคนที่อาศัยแถบทะเลบอลติกและทะเลเหนือต่างหลั่งไหลขึ้นเรือของวิกชัวบราเทอร์ส (Victual Brothers) เพื่อหลบหนี สันนิบาตฮันเซอได้ยื่นมือเข้ามาแทรกแซง ภายใต้ข้อตกลงลินด์โฮล์ม ค.ศ. 1395 พระนางมาร์เกรเธอต้องปล่อยตัวกษัตริย์อัลเบรกท์ โดยที่กษัตริย์อัลเบรกท์จะต้องทรงจ่ายเงินค่าไถ่ให้พระนาง 60,000 มาร์กภายในสามปี ในขณะที่ฮันเซอจะให้เมืองสต็อกโฮล์มเป็นสิ่งค้ำประกัน ต่อมากษัตริย์อัลเบรกท์ไม่สามารถจ่ายค่าไถ่ภายในเวลาที่กำหนดได้ ฮันเซอจึงต้องยอมยกสต็อกโฮล์มให้แก่พระนางมาร์เกรเธอในเดือนกันยายน ค.ศ. 1398 เพื่อแลกกับสิทธิพิเศษทางการค้าของสันนิบาตฮันเซอในน่านน้ำนี้