เมื่อสหภาพยังไม่มั่นคง พระนางมาร์เกรเธอยังคงต้องปรากฏพระองค์ในสภาริคสรัด แต่ถึงกระนั้นอิทธิพลของพวกขุนนางยังน้อย ส่วนพระราชอำนาจของพระมหากษัตริย์ยังทรงอำนาจสูงสุด ตำแหน่งขุนนางผู้ตรวจการณ์สูงสุดและตำแหน่งจอมพลถูกปล่อยให้ว่างไว้ พวกสภาเดนฮอฟก็หมดบทบาทลง และ "พระราชินีผู้ยิ่งใหญ่ เป็นผู้ทรงอำนาจอันเด็ดขาด"[39] ทรงปกครองข้าราชสำนักผ่านข้าราชการผู้ชำนาญ ไม่ว่าเหตุการณืใด กูหมายและความสงบเรียบร้อยถูกบังคับใช้อย่างเคร่งครัด สิทธิต่างๆของเหล่าขุนนางถูกลิดรอนอย่างเข้มงวด ราชอาณาจักรสวีเดนและนอร์เวย์ถูกปฏิบัติเสมือนเป็นรัฐหนึ่งของเดนมาร์ก การตื่นตัวเรื่องชาตินิยมจะถูกตรวจสอบและกดดัน โดยนอร์เวย์ มีความจงรักภักดีมากกว่าก็จะได้รับการปฏิบัติที่ดีกว่าสวีเดนซึ่งคอยต่อต้านเนืองๆ

ตามงานเขียนของเกอร์เธอ จาค็อบเซนระบุว่า ในปีค.ศ. 1396 พระนางมาร์เกรเธอทรงออกพระราชโองการว่าสิ่งใดควรจะอยู่ในระดับชั้นที่สูงกว่าและได้รับการเคารพมากกว่า เป็นการสร้างสันติภาพมาสู่โบสถ์ (pax dei), บ้านเรือน, ท้องนา, สถานที่ราชการ, เหล่าคนงานตามท้องนาและผู้หญิง ซึ่งผู้หญิงมีการเขียนเป็นคำว่า "kvindefred" จาค็อบเซนเชื่อว่ามีการลงโทษในข้อหาข่มขืนกระทำชำเรา โดยกฎหมายนี้มีการลงโทษเป็นปกติซึงไม่เกี่ยวข้องกับการส่งเสริมสันติภาพตามนโนบาย "pax dei" สิ่งนี้อาจแสดงให้เห็นถึงมุมมองของพระนางมาร์เกรเธอที่มีต่อผู้หญิงว่า ผู้หญิงเป็นผู้ที่มีความเสี่ยงอันตรายเป็นพิเศษในช่วงที่เกิดความไม่สงบขึ้นในประเทศ และทรงมองว่าในฐานะประมุขจะต้องเป็นผู้ปกป้องขจัดความทุกข์ยากของประชาชน ซึ่งรวมถึงเหล่าสตรีและหญิงม่ายด้วย พระราโชบายอีกประการคือ ในพระราชโองการปี 1411 พระนางทรงแจกจ่ายเงินจำนวน 500 มาร์ก แก่เหล่าสตรีและหญิงสาว ผู้ถูก "ทำร้ายและถูกลดทอนคุณค่า" ในช่วงสงครามระหว่างสวีเดนกับเดนมาร์กในปีค.ศ. 1388 - 1399[40]

พระนางมาร์เกรเธอทรงฟื้นฟูทรัพย์สินของกษัตริย์ในที่ดินทั้งหมดที่เคยมีปัญหาในรัชกาลกษัตริย์วัลเดมาร์ที่ 4 พระราโชบายนี้เรียกว่า "reduktion" หรือการกู้คืนที่ดิน ซึ่งมีการดำเนินการอย่างเข้มงวดสูงสุดและที่ดินหลายร้อยแห่งตกเป็นในทรัพย์สินของกษัตริย์ พระนางยังทรงปฏิรูประบบเงินตราของเดนมาร์ก มีการแทนที่เหรียญทองแดงไร้ค่าด้วยเหรียญเงินชั้นดี เพื่อสร้างผลประโยชน์แก่ทั้งพระนางและรัฐ พระนางทรงมีพระราชทรัพย์จำนวนมากในการจัดการ และส่วนมากทรงใช้เพื่อการกุศล

ตามงานเขียนของโทมัส คิงส์ตัน เดอร์รี ระบุว่า พระนางมาร์เกรเธอทรงพยายามทำให้พื้นฐานเศรษฐกิจของสหภาพมีความมั่นคง แต่ละมาตรการของพระนาง (การกู้คืนที่ดินของกษัตริย์มาจากพวกขุนนางและศาสนจักร การมีระบบภาษีใหม่และระบบเหรียญเงินใหม่) ได้ทำลายผลประโยชน์ของของชนชั้นต่างๆผู้ทรงอำนาจ แต่พระนางก็ทรงกีดกันพวกเขาจากการก้าวมาเป็นผู้นำ โดยมีการแบ่งแยกสภาเป็นสามอาณาจักร ซึ่งสมาชิกสภาเป็นผู้ที่พระนางทรงเลือกเองจากเหล่าเจ้าพนักงานพลเรือนและนักบวชที่มีทักษะสูง พระนางทรงแต่งตั้งพระชาวเดนส์ในเขตสังฤมณฑลของสวีเดนและนอร์เวย์ ในขณะที่ที่ดินและปราสาทของพระราชวงศ์ทรงให้ผู้บังคับบัญชาประจำป้อมและผู้ดูแลที่ดินชาวต่างชาติทำการบริหารจัดการ โดยสิ่งนี้ถูกวิพากษ์วิจารณ์ว่าเป็นการส่งเสริมชาวเดนมาร์ก และทอดทิ้งชาวสวีเดนและนอร์เวย์ เดอร์รีมองว่า พระนางก็ทรงจ้างชาวเยอรมันให้มาบริหารจัดการในเดนมาร์กมากกว่าชาวเดนมาร์กด้วยกันเอง พระนางทรงมั่นพระทัยว่าจะสามารถรักษาความสงบเรียบร้อยปกป้องพระราชวงศ์และสร้างการบริหารงานที่มีประสิทธิภาพด้วย[41]

พระนางทรงเดินทางบ่อยครั้ง ในช่วงปลายรัชกาล ทรงประทับในสวีเดนมากกว่าเดนมาร์ก พระนางสนับสนุนการสมรสของตระกูลขุนนางทั้งสามอาณาจักร ความเคร่งครัดในศาสนาของพระนางมาร์เกรเธอเป็นที่เลื่องลือไปทั่ว ทรงเป็นผู้สนับสนุนหลักในการประกาศเป็นนักบุญของบริจิตแห่งสวีเดน ทรงผลักดันเมืองวัดสเตนาให้เป็นเมืองศูนย์กลางทางวัฒนธรรมและทรงสนับสนุนการเผยแพร่ "ภาษาบริจิตทีน" ซึ่งเป็นการแสดงออกทางวัฒนธรรมของสวีเดนจำนวนมากในหมู่ชาวเดนมาร์กและนอร์เวย์[42]

ในด้านการต่างประเทศทรงมีพระราโชบายที่ตรงกันข้ามกับนโยบายสงครามที่มีความเสี่ยงของพระราชบิดา พระนางมาร์เกรเธอทรงดำเนินนโยบายอย่างรอบคอบและเป็นกลางอย่างเหนียวแน่นในช่วงสงครามนองเลือดระหว่างอังกฤษและฝรั่งเศส รวมถึงความขัดแย้งอื่นๆในยุโรป[5] อย่างไรก็ตาม พระนางก็ไม่ทรงต้องเจ็บปวดจากการพยายามกู้คืนดินแดนเดนมาร์กที่เสียไป พระนางทรงซื้อเกาะกอตแลนด์จากผู้ครอบครองที่แท้จริงได้แก่ อัลเบิร์ตแห่งเมคเลินบวร์คกับภาคีลิโวเนียน และพระนางสามารถซื้อดินแดนชเลสวิชส่วนใหญ่ได้

ในปีค.ศ. 1402 พระนางมาร์เกรเธอทรงดำเนินการเจรจากับพระเจ้าเฮนรีที่ 4 แห่งอังกฤษ เกี่ยวกับการอภิเษกสมรสสองคู่ระหว่างอังกฤษกับสหภาพนอร์ดิก ข้อเสนอคือให้กษัตริย์อีริคอภิเษกสมรสกับเจ้าหญิงฟิลิปปาแห่งอังกฤษ พระราชธิดาของพระเจ้าเฮนรีที่ 4 และเฮนรี เจ้าชายแห่งเวลส์ พระราชโอรสของพระเจ้าเฮนรีที่ 4 อนาคตของพระเจ้าเฮนรีที่ 5 ให้อภิเษกสมรสกับเจ้าหญิงคาทารีนาแห่งพอเมอเรเนีย พระขนิษฐาของกษัตริย์อีริค ตามงานเขียนของมาร์ค เชลล์ ระบุว่า พระนางมาร์เกรเธอทรงปรารถนาที่จะสร้างจักรวรรดิแห่งภาคเหนือของพระเจ้าคนุตมหาราชขึ้นมาอีกครั้ง[43] ฝ่ายอังกฤษต้องการให้การอภิเษกสมรสครั้งนี้เป็นการอภิเษกสมรสเพื่อการสงคราม โดยต้องการให้เหล่าอาณาจักรนอร์ดิกเข้ามามีส่วนร่วมในสงครามร้อยปีต่อต้านฝรั่งเศส พระนางมาร์เกรเธอทรงตั้งใจที่จะทำตามข้อเสมอร่วมกันโดยไม่ยุ่งเกี่ยวกับความเป็นพันธมิตรในสงคราม และดังนั้นจึงทรงปฏิเสธข้อเสนอของอังกฤษ การอภิเษกสมรสของทั้งสองคู่พร้อมกันจึงไม่เกิดขึ้น แต่ก็ได้เพียงคู่เดียวคือ กษัตริย์อีริคอภิเษกสมรสกับเจ้าหญิงฟิลิปปา พระชนมายุ 13 พรรษา พระราชธิดาของพระเจ้าเฮนรีที่ 4 ที่ประสูติแต่แมรีแห่งโบฮุน พระราชพิธีจัดขึ้นที่เมืองลุนด์ในวันที่ 26 ตุลาคม ค.ศ. 1406 ในฐานะพันธมิตรเชิงป้องกันไม่ใช่รุกราน ส่วนเจ้าหญิงคาทารีนา พระขนิษฐาของกษัตริย์อีริค ได้อภิเษกสมรสกับจอห์น เคานท์พาลาทีนแห่งเนามาร์ก พระนางทรงหวังว่าจะได้พันธมิตรจากกลุ่มเยอรมันทางใต้ ซึ่งจะช่วยคานอำนาจกับพวกเจ้านครเยอรมันทางตอนเหนือและเหล่าเมืองต่างๆ