อาหารญี่ปุ่นอยู่บนพื้นฐานของการจัดสำรับอันประกอบด้วยอาหารจานหลัก (主食 shushoku) โดยเป็นข้าวหรืออาหารเส้น ซุป และกับข้าวหรือโอกาซุ (おかずokazu) ซึ่งทำจากปลา เนื้อสัตว์ ผัก และเต้าหู้ ปรุงรสด้วยดาชิ (หัวเชื้อน้ำซุป) มิโซะ (เต้าเจี้ยวญี่ปุ่น) และโชยุ (ซีอิ๊วญี่ปุ่น) ทำให้อาหารญี่ปุ่นส่วนมาก มีไขมันต่ำ แต่มีปริมาณเกลือสูง

สำรับอาหารญี่ปุ่นมาตรฐานประกอบด้วยกับข้าวอย่างน้อยหนึ่งอย่าง ข้าวญี่ปุ่น (御飯 gohan) หนึ่งชาม ซุปหนึ่งถ้วย และผักดองหรือสึเกโมโนะ (漬物 tsukemono) เป็นเครื่องเคียง

สำรับญี่ปุ่นมาตรฐานส่วนมาก จะใช้เทคนิคการจัดที่เรียกว่า อิจิจูซันไซ (一汁三菜 ichijū-sansai) หรือซุปหนึ่งอย่างกับข้าวสามอย่าง กับข้าวนำมาจัดสำรับจะปรุงด้วยหลากหลายวิธี ทั้งแบบดิบ (ซาชิมิ) การย่าง การตุ๋นหรือการต้ม การนึ่ง การทอด การดอง หรือการยำ (สลัด) มุมมองของคนญี่ปุ่นต่ออาหารนั้นถูกสะท้อนในการจัดบทในตำราอาหารโดยจะจัดแยกตามวิธีการปรุงอาหาร ไม่ได้จัดตามประเภทวัตถุดิบ หรืออาจจัดเป็นแยกเป็นประเภท ซุป ซูชิ ข้าว อาหารเส้น และของหวาน

เนื่องจากญี่ปุ่นเป็นประเทศที่เป็นเกาะ ชาวญี่ปุ่นจึงบริโภคอาหารทะเลในปริมาณมาก ในอดีตชาวญี่ปุ่นไม่นิยมบริโภคเนื้อสัตว์ใหญ่ จนเมื่อมีการเปิดประเทศ ชาวญี่ปุ่นจึงรับวัฒนธรรมการรับประทานเนื้อสัตว์เข้ามา และเป็นที่นิยมมากขึ้นเรื่อย ๆ จนปัจจุบัน

อาหารเส้นก็เป็นอาหารที่สำคัญประเภทหนึ่งในอาหารญี่ปุ่น อาจรับประทานเป็นอาหารจานเดียว จัดสำรับแทนข้าว หรือจัดคู่กับข้าวเลยก็ได้ อาหารเส้นที่เป็นที่รู้จักกันดี ได้แก่ โซบะ (เส้นเล็กสีน้ำตาล ทำจากแป้งบักวีต) และอูดง (เส้นหนาสีขาว ทำจากแป้งสาลี) อาหารเส้นสามารถรับประทานแบบร้อนและเย็น คู่กับน้ำซุปที่ทำจากดาชิผสมโชยุ อาหารเส้นอีกประเภทหนึ่งที่ได้รับความนิยมอย่างมากในช่วงศตวรรษที่ผ่านมาคือ ราเม็ง ซึ่งเป็นบะหมี่ในน้ำซุปแบบจีนที่ทำจากเนื้อสัตว์ และปรับปรุงโดยชาวญี่ปุ่นจนมีเอกลักษณ์ของตนเอง