อีริโธรมัยซินถูกเปลี่ยนแปลงโดยเอนไซม์ในระบบไซโตโครม พี450 (cytochrome P450) โดยเฉพาะอย่างยิ่ง โดยไอโซเอนไซม์ตระกูล CYP3A [31] ซึ่งการทำงานของไอโซเอนไซม์ดังกล่าวนั้นสามารถถูกเหนี่ยวนำหรือยับยั้งได้ด้วยยาชนิดอื่นหลายชนิด (เช่น เด็กซาเมธาโซน เป็นต้น) ซึ่งจะทำให้ประสิทธิภาพในการเปลี่ยนแปลงยาหลายชนิด ซึ่งรวมถึงอีริโธรมัยซิน เปลี่ยนแปลงไป ซึ่งถ้าหากได้รับอีริโธรมัยซินร่วมกับสารหรือยาอื่นที่มีผลลดการทำงานของ CYP3A เช่น ยาลดไขมันในเลือด simvastatin, lovastatin, หรือ atorvastatin จะทำให้ระดับยาอีริโธรมัยซินในกระแสเลือดเพิ่มสูงขึ้นจนทำให้เกิดอาการไม่พึงประสงค์จากยาได้ โดยเฉพาะอย่างยิ่งผลจากการเกิดปฏิกิริยาระหว่างอีริโธรมัยซินกับซิมวาสเตติน (simvastatin) จะทำให้ระดับของซิมวาสเตตินในกระแสเลือดเพิ่มสูงขึ้น จนทำให้เกิดอาการข้างเคียงที่รุนแรงของระบบกล้ามเนื้ออย่าง rhabdomyolysis ได้ ยาอีกกลุ่มที่อาจทำให้เกิดอาการข้างเคียงที่รุนแรงเมื่อใช้ร่วมกับอีริโธรมัยซิน คือ ยารักษาไมเกรน ได้แก่ ergotamine และ dihydroergotamine โดยยาดังกล่าวทั้งสองชนิดล้วนถูกเปลี่ยนแปลงที่ CYP3A4 เป็นหลัก เมื่อให้ร่วมกับอีริโธรมัยซินจะทำให้การเปลี่ยนยาดังกล่าวลดลง ส่งผลให้ระดับยาในเลือดเพิ่มสูงขึ้น จนเกิดอาการข้างเคียงจากยาในที่สุด [30] ผลจากการศึกษาแบบ cohort study เมื่อไม่นานมานี้พบว่ามีการเกิดอาการข้างเคียงที่สัมพันธ์กับการใช้ยาอีริโธรมัยซินที่รุนแรงจนทำให้เสียชีวิตได้ในทันที ได้แก่ ภาวะหัวใจห้องล่างเต้นเร็วกว่าปกติ (Ventricular tachycardia) และ การเสียชีวิตฉับพลันจากโณคหัวใจ (Sudden cardiac death) ซึ่งการเกิดความผิดปกติดังกล่าวมีความสัมพันธ์กับการใช้ยาอื่นที่มีผลรบกวนการทำงานของ CYP3A4 จนทำให้การเปลี่ยนแปลงยาอีริโธรมัยซินของร่างกายลดน้อย (เช่น verapamil, diltiazem) [44] ดังนั้น จึงไม่ควรใช้อีริโธรมัยซินร่วมกับยากลุ่มดังกล่าว หรือยาอื่นที่มีผลทำให้ช่วง QT segment ยาวนานขึ้น (prolnged QT interval) เช่น terfenadine (Seldane, Seldane-D), astemizole (Hismanal), cisapride (Propulsid, ถูกถอนทะเบียนยาในหลายประเทศ เนื่องจากทำให้เกิด prolong QT interval ได้มาก) และ pimozide (Orap) รวมไปถึง Theophylline, ซึ่งใช้กันเป็นอย่างมากในผู้ป่วยโรคหอบหืด (asthma) หรือโรคปอดอุดกั้นเรื้อรัง (chronic obstructive pulmonary disease; COPD)

อีริโธรมัยซินอาจมีผลต่อกระบวนการสื่อประสาทของระบบกล้ามเนื้อ (neuromuscular transmission) โดยออกฤทธิ์ที่ presynaptic neurons ดังนั้นอีริโธรมัยซินอาจมีผลทำให้อาการของโรคกล้ามเนื้ออ่อนแรง (myasthenia gravis) กำเริบหรือรุนแรงขึ้นได้ นอกจากนี้ยาปฏิชีวนะในกลุ่มเดียวกันกับอีริโธรมัยซิน อย่างเทลิโธรมัยซิน (Telitromycin) และอะซิโธรมัยซิน (Azithromycin) ก็พบรายงานว่าทำให้เกิดความผิดปกติดังกล่าวได้เช่นกัน [45]

นอกจากนี้ ยังไม่แนะนำให้ใช้อีริโธรมัยซินร่วมกับผลิตภัณฑ์ที่มีส่วนผสมของคลินดามัยซิน (Clindamycin) ถึงแม้จะเป็นผลิตภัณฑ์ในรูปแบบทาบริเวณผิวหนัง เช่น Duac , Clinda M หรือ BenzaClin ก็ตาม รวมไปถึงหลีกเลี่ยงการใช้ร่วมกับอนุพันธ์ของอีริโธรมัยซิน (เช่น ใช้คลินดามัยซินร่วมกับ mitecinal) เนื่องจากยาทั้งสองชนิดจะมีผลต้านฤทธิ์ซึ่งกันและกัน (Antagonism) ก่อให้เกิดความล้มเหลวในการรักษาได้ในที่สุด [46][47]

นอกจากนี้แล้วอีริโธรมัยซินและด็อกซีซัยคลิน (Doxycycline) ยังสามารถออกฤทธิ์เสริมกัน (synergistic effects) ในการฆ่าเชื้อแบคทีเรีย (E. coli) ในอัตรามากเกินกว่าผลรวมของความแรงของยาทั้งสองชนิดรวมกัน อย่างไรก็ตาม การเสริมฤทธิ์กันของยาทั้งสองชนิดนี้เกิดขึ้นเพียงชั่วคราวเท่านั้น หลังจากนั้นประมาณ 72 ชั่วโมง ยาทั้งสองจะออกฤทธิ์ต้านซึ่งกันและกันแทน (antagonistic effect) โดยประสิทธิภาพในการฆ่าเชื้อแบคทีเรียของยาทั้งสองชนิดจะลดลงประมาณร้อยละ 50 เมื่อเปรียบเทียบกับการบริหารยาทั้งสองแยกจากกัน[48]