จากคำบอกเล่าของเขา แฮมิลตัน เกิดที่เมือง Charlestown เป็นเมืองหลวงของ Nevis ในทางหมู่เกาะอินเดียตะวันตก (West Indies) Nevis อ่านว่า นีวีส เป็นเกาะหนึ่งในหมู่เกาะแคริบเบียน (Caribbean) ตั้งอยู่ทางตอนเหนือสุดของหมู่เกาะ Lesser Antilles ซึ่งอยู่ห่างประมาณ 350 กิโลเมตรทางตอนตะวันออกเฉียงใต้ของ Puerto Rico และ 80 กิโลเมตรทางตะวันตกของ Antigua เป็นเกาะมีพื้นที่ประมาณ 93 ตารางกิโลเมตร เมืองหลวงของ Nevis ชื่อ Charlestown.

แฮมิลตัน เป็นลูกที่เกิดนอกสมรสของนาง Rachel Faucett lavien อันมีเชื้อสายในราชวงศ์ Huguenot ของฝรั่งเศส กับ James A. Hamilton อันเป็นบุตรคนที่ 4 ของชาวสก๊อต ชื่อว่า laird อเล็กซานเดอร์ แฮมิลตัน แห่ง Grange, Ayrshire. เขาเกิดเมื่อวันที่ 11 มกราคม ค.ศ. 1755 หรืออาจเป็นปี ค.ศ. 1757 แม้นักประวัติศาสตร์ในยุคต่อมามีความเห็นว่าน่าจะเป็นปี ค.ศ.1955 แฮมิลตัน อาจพยายามแจ้งว่าเขาเกิดปี ค.ศ. 1757 เพื่อทำให้อายุน้อย เพราะในชั้นเรียน หากแจ้งว่าอายุมากก็จะดูแตกต่างจากเพื่อนร่วมห้องในรุ่นเดียวกัน และบางครั้งเขาอ้างว่าเกิดปี ค.ศ.1955 เพราะในขณะที่เขาต้องการทำงานหลังจากที่มารดาของเขาเสียชีวิต ในช่วงชีวิตของเขาไม่เคยได้พูดถึงอายุจริง เป็นลักษณะอายุประมาณการตลอด

แม่ของ แฮมิลตัน ได้เลิกกับ Johann Michael Lavien แห่ง St. Croix เพื่อหนีจากชีวิตการแต่งงานที่ไม่มีความสุข แม่และเขาได้ย้ายไปอยู่ที่บ้านเกิด คือที่ Nevis ที่ซึ่งเธอได้รับมรดกจากบิดาของเธอ แม่ของ แฮมิลตัน มีลูกสองคน คือ James, Jr., และ อเล็กซานเดอร์ เพราะ James ผู้พ่อ และ Rachel ไม่เคยได้แต่งงานกันอย่างถูกกฎหมาย ทางศาสนา คือ Church of England จึงปฏิเสธ อเล็กซานเดอร์ ที่จะได้เป็นสมาชิกของโบสถ์ และทำให้เขาไม่ได้รับการศึกษา ด้วยเหตุดังกล่าว อเล็กซานเดอร์ น้อยนี้จึงต้องรับการศึกษาแบบครูสอนพิเศษ และเรียนร่วมกับชั้นเรียนที่เป็นของศาสนาในนิกายยิว อเล็กซานเดอร์ ได้เลือกเรียนเสริมจากห้องสมุดของครอบครัว ซึ่งมีหนังสืออยู่ 34 เล่ม รวมทั้งหนังสือที่เกี่ยวกับกรีกและโรมัน

ในปีค.ศ. 1765 เพราะกิจการธุรกิจของครอบครัว จึงทำให้ James ต้องอพยพครอบครัวไปอยู่ที่ Christiansted, St. Croix และทำให้เขาต้องละทิ้งครอบครัว ทั้งแม่และลูกสองคนไว้ตามลำพัง Rachel ต้องช่วยตัวเองและลูกๆ ทำร้านค้าขนาดเล็กที่ Christiansted และในระยะต่อมาเธอได้ติดโรคไข้รุนแรง ทำให้เสียชีวิตในวันที่ 19 กุมภาพันธ์ ค.ศ. 1768 ทำให้ อเล็กซานเดอร์ เป็นเด็กกำพร้าโดยปริยาย อันเป็นผลกระทบต่อจิตใจของเขาที่นับว่ารุนแรง แม้ในมาตรฐานของเด็กในยุคศตวรรษที่ 18 นั้น ในการตัดสินเกี่ยวกับมรดก ทำให้พี่น้องต่างมารดาของเขาได้รับมรดกไป ของหลายอย่างในครอบครัวต้องมีการประมูลกันออกไป แต่มีส่วนที่เป็นหนังสือนั้นญาติๆได้ช่วยกันประมูล และมอบให้ อเล็กซานเดอร์ ด้วยเหตุว่าเขาเป็นคนสนใจศึกษาเล่าเรียน ในหลายปีต่อมา อเล็กซานเดอร์ ได้รับจดหมายแจ้งการตายของพี่น้องต่างมารดาของเชา และได้มีเงินส่วนหนึ่งมีเงินส่วนหนึ่งที่ไม่มากนักให้มาด้วย

อเล็กซานเดอร์ แฮมิลตัน ในขณะนั้นได้เข้าทำงานเป็นเสมียนห้างธุรกิจด้านนำเข้าและส่งออกสินค้า ชื่อ Beekman and Cruger ซึ่งมีสายสัมพันธ์กับทาง New England ในขณะนั้นเขาได้รับอนุเคราะห์จากญาติ ชื่อ Peter Lytton และเมื่อ Peter ได้ฆ่าตัวตาย อเล็กซานเดอร์ เองก็แยกทางจากพี่ของเขา คือ James โดย James ได้ฝึกงานเป็นช่างไม้ในท้องที่นั้น ส่วน อเล็กซานเดอร์ ได้รับเลี้ยงเป็นบุตรบุญธรรมโดยพ่อค้าจาก Nevis ชื่อ Thomas Stevens มีหลักฐานบางประการบ่งว่า Stevens อาจเป็นพ่อแท้ๆตามสายเลือดของ แฮมิลตัน เพราะลูกชายของเขาอีกคน คือ Edward Stevens ซึ่งได้กลายเป็นเพื่อนสนิทของ อเล็กซานเดอร์ มีหน้าตาคล้ายกันมาก และทั้งคู่ต่างเก่งภาษาฝรั่งเศส และมีความสนใจในหลายๆอย่างคล้ายกันอเล็กซานเดอร์ แฮมิลตัน คงทำงานเป็นเสมียน ยังคงเป็นนักอ่านที่จริงจัง พัฒนาตนเองทางด้านการเขียน และแสวงหาโอกาสของชีวิตนอกเกาะเล็กๆนั้น จดหมายฉบับแรกของ แฮมิลตัน ได้รับการตีพิมพ์ในหนังสือพิมพ์ชื่อ Royal Danish-American Gazette พรรณนาถึงพายุเฮอริเคนที่ทำลายเมือง Christiansted ในวันที่ 30 สิงหาคม ค.ศ. 1772 ชาวเมืองและชุมชนของเขาได้ประทับใจในความสามารถนี้และได้รวบรวมเงินเป็นทุน ส่งเสียให้ แฮมิลตัน น้อยนี้ได้มีโอกาสศึกษาต่อใน New England ที่มีความเจริญมากกว่า แฮมิลตัน ได้เข้าเรียนในโรงเรียนมัธยมในขณะนั้น (grammar school) ที่เมือง Elizabethtown, ในรัฐ นิวเจอร์ซี, อันเป็นช่วงฤดูใบไม้ร่วงของปี ค.ศ.1772.