คำว่า "บากูฟุ" ที่แปลกันว่า "รัฐบาลโชกุน" นั้นมีความหมายตรงตัวว่า "สำนักพลับพลา" เป็นคำเรียกที่บัญชาการของแม่ทัพนายกอง เดิมใช้เรียกจวนของโชกุนซึ่งป็นทั้งที่อยู่อาศัยและสำนักงานของโชกุน แต่ภายหลังคำนี้กลายมาหมายถึงระบอบการปกครองของโชกุนที่มีเผด็จการทหารแบบเจ้าขุนมูลนาย

ระบอบโชกุนนั้นเริ่มขึ้นด้วยรัฐบาลโชกุนคามากูระที่มีมินาโมโตะ โนะ โยริโตโมะ เป็นโชกุน โดยมีจักรพรรดิเป็นเจ้าแผ่นดิน ระบอบนี้เป็นแบบเจ้าขุนมูลนายในบางลักษณะ เช่น ขุนนางผู้น้อยขึ้นต่อขุนนางผู้ใหญ่ ซามูไรได้รับการตอบแทนที่ซื่อสัตย์ภักดีต่อขุนนาง การตอบแทนมีทั้งผลิตผลพืชไร่และแรงงานจากชนชั้นกสิกร แต่ต่างจากอัศวินในระบบเจ้าขุนมูลนายในยุโรปตรงที่ซามูไรไม่ได้ถือครองที่ดินด้วยตนเอง[15] ระบบเช่นนี้ดำรงอยู่ได้ด้วยสายสัมพันธ์แห่งความภักดีระหว่างไดเมียว ซามูไร และผู้ใต้บัญชา

รัฐบาลโชกุนแต่ละชุดนั้นมีความเคลื่อนไหวไม่หยุดนิ่ง อำนาจในสมัยหนึ่งอาจแตกต่างจากในอีกสมัยได้ และมักคลุมเครือ ความเป็นไปของระบอบโชกุนนั้นเชิญชวนให้นักวิชาการเข้าศึกษาอยู่เสมอ นอกจากนี้ รัฐบาลโชกุนแต่ละชุดยังเผชิญการขัดขืนและโต้แย้งอำนาจ ทั้งจากจักรพรรดิเองและจากชนชั้นนำกลุ่มอื่น ๆ ในระบอบราชาธิปไตย รัฐบาลโชกุนจึงเป็นเครื่องสะท้อนของความจำเป็นที่ต้องคิดหาวิธีใหม่ ๆ มาคานอำนาจส่วนกลางและท้องถิ่นอยู่เสมอ[16]