หลังญี่ปุ่นยอมจำนนในสงครามโลกครั้งที่ 2 แล้ว ดักลาส แมกอาเธอร์ นายพลชาวอเมริกัน เป็นผู้ปกครองญี่ปุ่นในทางพฤตินัยระหว่างที่ญี่ปุ่นถูกฝ่ายชนะสงครามยึดครอง แมกอาเธอร์มีอิทธิพลมากในญี่ปุ่นจนเขาได้สมญาว่า "ไกจินโชกุน" (外人将軍; "โชกุนต่างชาติ")[13]

ปัจจุบัน หัวหน้ารัฐบาลญี่ปุ่น คือ นายกรัฐมนตรีญี่ปุ่น ส่วนคำว่า "โชกุน" ยังใช้ในภาษาปากอยู่ เช่น นายกรัฐมนตรีที่พ้นจากตำแหน่งแล้วแต่ยังมีอิทธิหลังฉากอยู่เรียกว่า "ยามิโชกุน" (闇将軍; "โชกุนเงา") คล้ายกับจักรพรรดิสมัยก่อนที่สละราชบัลลังก์แล้วแต่ยังคงพระราชอำนาจต่อไป เรียกว่า "การว่าราชการในวัด" นักการเมืองที่ได้ฉายายามิโชกุน เช่น ทากูเอ ทานากะ และอิจิโร โอซาวะ[14]