ผลไม่พึงประสงค์สำหรับวัคซีนนี้คล้ายกับวัคซีนที่ให้กับผู้ใหญ่อื่น ๆ[19]ในช่วงการทดลองทางคลินิก ผลข้างเคียงที่จัดว่าสามัญมาก[upper-alpha 1]รวมทั้ง (ตามลำดับความถี่) เจ็บและบวมที่จุดฉีด เหนื่อย ปวดศีรษะ ปวดกล้ามเนื้อ หนาวสะท้าน ปวดข้อ และเป็นไข้[3]หลังจากฉีดวัคซีนครั้งที่สอง การเป็นไข้เกิดบ่อยขึ้น[3]ผลเยี่ยงนี้ปกติ จึงเป็นเรื่องควรรู้ล่วงหน้าเพื่อไม่ให้ประชาชนกังวลเกี่ยวกับการฉีดวัคซีน[91]

เพราะมีคนได้วัคซีน 2 คนที่เกิดปฏิกิริยาแพ้อย่างรุนแรง (แอนาฟิแล็กซิส) สำนักงานควบคุมผลิตภัณฑ์การแพทย์และดูแลสุขภาพ (MHRA) แห่งสหราชอาณาจักรจึงแนะนำในวันที่ 9 ธันวาคม 2020 ว่า ผู้ที่มีประวัติเกิดปฏิกิริยาแพ้อย่างสำคัญ (significant) ไม่ควรรับวัคซีนโควิด-19 ของไฟเซอร์-ไบโอเอ็นเทค[92][93][94]วันที่ 12 ธันวาคม องค์กรควบคุมของแคนาดาก็ทำเช่นเดียวันกันโดยให้ข้อสังเกตว่า "บุคคลทั้งสองในสหราชอาณาจักรมีประวัติเกิดปฏิกิริยาแพ้อย่างรุนแรงและต้องมีเข็มฉีดเอพิเนฟรีนอยู่กับตัวทั้งสองได้รักษาและฟื้นตัวแล้ว"[58]

ในวันที่ 18 ธันวาคม ศูนย์ควบคุมและป้องกันโรคสหรัฐ (CDC) ระบุว่า มีคนได้วัคซีน 6 รายที่เกิดปฏิกิริยาแพ้อย่างรุนแรงจากคนได้วัคซีน 250,000 ราย แต่มีเพียงคนเดียวจากหกคนนี้ที่มีประวัติเกิดปฏิกิริยาเพราะการฉีดวัคซีน[95][96][97]

สำนักงานการแพทย์นอร์เวย์กำลังตรวจว่า ผลไม่พึงประสงค์ที่สามัญ เช่น เป็นไข้และคลื่นไส้ อาจมีผลให้เสียชีวิตสำหรับคนไข้ที่อ่อนแอและป่วยแบบถึงตายผู้ได้รับวัคซีนหรือไม่[98]แต่จนถึงกลางเดือนมกราคม 2021 ก็ยังไม่พบความสัมพันธ์อย่างชัดเจน[99][100]ดังนั้น สถาบันสาธารณสุขนอร์เวย์จึงได้ติดสินว่า สำหรับคนไข้ที่อ่อนแอหรือป่วยแบบถึงตาย ควรจะประเมินรายต่อรายว่าประโยชน์ของวัคซีนมากกว่าความเสี่ยงผลข้างเคียงหรือไม่[98]