กิจกรรมทางวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี

• กิจกรรมฝึกงานในศูนย์วิจัยในช่วงปิดภาคเรียน: ส่งเสริมให้นักเรียนได้ฝึกงานและเรียนรู้กับนักวิจัยในสถานที่จริง
• กิจกรรม MWIT Science Fair: นิทรรศการทางวิทยาศาสตร์และเปิดโอกาสให้นักเรียนชั้นมัธยมศึกษาปีที่ 5-6 ได้มีโอกาสนำเสนอโครงงานที่ตนเองทำต่อสาธารณชน
• กิจกรรมคลินิกวิชาการ: จัดทุกวันจันทร์ถึงพฤหัสบดีที่ศูนย์วิทยบริการ เพื่อให้นักเรียนได้มีโอกาสซักถามอาจารย์นอกเวลาเรียน

กิจกรรมวิชาการอื่น ๆ

• กิจกรรมค่ายวิชาการ: ส่งเสริมให้นักเรียนได้เรียนรู้นอกห้องเรียนโดยจัดบูรณาการระหว่างสาขาวิชาทางวิทยาศาสตร์และศาสตร์อื่น ๆ มีการทำโครงงานขนาดเล็กที่เรียกกันว่า Miniproject และพักอาศัยในค่ายพักแรมตามธรรมชาติ
• กิจกรรมบรรยายพิเศษ: โรงเรียนได้เชิญบุคลากรผู้มีความเชี่ยวชาญทางด้านต่างๆมาบรรยายเป็นประจำทุกสัปดาห์ เพื่อเติมองค์ความรู้ใหม่ๆให้นักเรียนและให้ได้แนวคิดใหม่ๆในการทำโครงงานหรืองานวิจัยในอนาคต
• กิจกรรมศึกษาดูงานนอกสถานที่: ให้นักเรียนได้ศึกษาดูงานตามสถานที่และศูนย์วิจัยทางวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี รวมทั้งสถานที่สำคัญทางประวัติศาสตร์ ศาสนาและวัฒนธรรม

กิจกรรมทางนันทนาการและสังคม

• กิจกรรม MWIT Sports Day: ทุกวันอังคาร โรงเรียนจะสนับสนุนให้นักเรียนได้ออกกำลังกาย รวมทั้งยังมีการตรวจสุขภาพประจำปี การทดสอบสมรรถภาพ และโครงการ MWIT วัยใส ใส่ใจสุขภาพ เพื่อให้นักเรียนได้รับทราบถึงสุขภาพของตนเองและพัฒนาให้เป็นผู้ที่มีสุขภาพแข็งแรงทั้งร่างกายและจิตใจ
• กิจกรรมค่ายบำเพ็ญประโยชน์: ส่งเสริมให้นักเรียนได้ช่วยเหลือนักเรียนในโรงเรียนที่ขาดโอกาสเพื่อปลูกฝังจิตวิญญาณในการพัฒนาประเทศ
• กิจกรรมค่ายปฏิบัติธรรม: ปลูกฝังคุณธรรม จริยธรรมในจิตใจของนักเรียน ให้นักเรียนได้ดำเนินชีวิตตามหลักพระพุทธศาสนาและเป็นบุคลากรที่มีคุณธรรม นั่นคือนอกจากเก่งแล้วต้องดีด้วย
• กิจกรรมค่าย Pre-MWIT: ค่ายสำหรับนักเรียนที่ผ่านการคัดเลือกเข้าโรงเรียนมหิดลวิทยานุสรณ์รอบแรก มีจุดประสงค์เพื่อให้ข้อมูลประกอบการตัดสินใจเข้าเรียนโรงเรียนมหิดลวิทยานุสรณ์และให้นักเรียนได้มาพบประสบการณ์จริงในโรงเรียน
• กิจกรรมแลกเปลี่ยนกับนักเรียนโรงเรียนวิทยาศาสตร์และโรงเรียนเครือข่ายในต่างประเทศ: สร้างประสบการณ์ในการใช้ภาษาต่างประเทศและเสริมสร้างความสัมพันธ์ระหว่างประเทศและเรียนรู้การใช้ชีวิตในต่างแดน