โรงเรียนมหิดลวิทยานุสรณ์ ตั้งอยู่ที่ตำบลศาลายา อำเภอพุทธมณฑล จังหวัดนครปฐม บนพื้นที่ 25 ไร่ของมหาวิทยาลัยมหิดล นอกจากนี้ภายในโรงเรียนมหิดลวิทยานุสรณ์ยังมีศูนย์วิทยบริการที่ทันสมัยมาก ศูนย์กีฬามาตรฐาน 4 ชั้น และห้องฉายภาพยนตร์ดาราศาสตร์เสมือนจริง 3 มิติ ซึ่งเป็นโรงเรียนเดียวในประเทศไทยที่มีห้องฉายภาพยนตร์ดาราศาสตร์เสมือนจริง 3 มิติ[12]

ศูนย์วิทยบริการและระบบเครือข่ายคอมพิวเตอร์

เป็นแหล่งวิทยาการที่มีสื่อความรู้หลากหลายรูปแบบครบถ้วนทุกสาขาวิชา จัดบริการสนับสนุนและส่งเสริมการศึกษาเรียนรู้ การค้นคว้าวิจัย จนถึงเวลา 22.00 น. ทุกวันในช่วงเปิดภาคเรียน ภายในมีให้บริหารหนังสือและคอมพิวเตอร์ นอกจากนี้โรงเรียนได้เดินสายสัญญาณเครือข่ายคอมพิวเตอร์เชื่อมโยงทุกอาคารภายในโรงเรียน มีจุดเชื่อมต่อคอมพิวเตอร์มากกว่า 400 จุด นอกจากนั้นยังได้ติดตั้งระบบสัญญาณเครือข่ายไร้สาย (wireless) ทั่วบริเวณโรงเรียนเพื่ออำนวยความสะดวกแก่นักเรียนให้สามารถเข้าถึงข้อมูลเพื่อการศึกษาเรียนรู้ได้ทุกที่ ทุกเวลา ผ่านเครือข่ายอินเทอร์เน็ตความเร็วสูง นักเรียนและครูอาจารย์สามารถใช้บริการห้องสมุดอิเล็กทรอนิกส์ ตลอดจนติดต่อสื่อสาร และสืบค้นข้อมูลทางอินเทอร์เน็ตได้จากเครื่องคอมพิวเตอร์ที่มีให้บริการในศูนย์วิทยบริการ ห้องเรียน และห้องทำงาน หรือสามารถเข้าถึงได้จากหอพัก ห้องอาหาร สนามกีฬา หรือที่อื่น ๆ ที่สัญญาณเครือข่ายกระจายไปถึง

ห้องฉายภาพเสมือนจริงดาราศาสตร์ 3 มิติ

จัดตั้งขึ้นจากความร่วมมือระหว่างโรงเรียนมหิดลวิทยานุสรณ์ และ The Centre for Astrophysics & Supercomputing, Swinburne University of Technology, Australia เพื่อใช้เป็นสื่อในการเรียนการสอนดาราศาสตร์ที่จะช่วยจุดประกายเด็กและเยาวชน ให้เกิดความรักและสนใจในดาราศาสตร์ ซึ่งเป็นศาสตร์แขนงหนึ่งที่มีความสำคัญมาก ช่วยในการเสริมสร้างจินตนาการให้สนใจศึกษาและค้นคว้าทางด้านวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยีมากขึ้น ซึ่งภาพยนตร์ดาราศาสตร์ 3 มิตินี้โรงเรียนอนุญาตให้ชุมชนภายนอกสามารถเข้ามาใช้ได้ โดยต้องนัดหมายล่วงหน้า หรือใช้บริการในวัน MWIT Science Fair ซึ่งจัดเป็นประจำทุกปี ภาพยนตร์แต่ละเรื่องมีความยาวตั้งแต่ 9-19 นาที

หอพักสำหรับนักเรียนและบุคลากร

เนื่องจากโรงเรียนมหิดลวิทยานุสรณ์เป็นโรงเรียนประจำ จึงจำเป็นต้องมีหอพักไว้สำหรับนักเรียน โดยจะแยกเป็นหอพักชาย 9 ชั้น 1 แห่ง (หอ 9) และหอพักหญิง 2 แห่ง (หอ 7 และ หอ 8) นอกจากนั้นยังมีหอพักสำหรับครูและบุคลากรเพื่อให้โรงเรียนสามารถดำเนินกิจกรรมหลังจากเลิกเรียนได้ ในทุกวันหอพักนักเรียนจะเปิดตั้งแต่เวลา 05.00 ถึง 22.00 และจะทำการตัดไฟเครื่องใช้ไฟฟ้าตั้งแต่เวลา 24.00 ยกเว้นเครื่องปรับอากาศ

ห้องปฏิบัติการ

โรงเรียนมีห้องปฏิบัติการเฉพาะสาขาวิชาที่ได้มาตรฐาน มีอุปกรณ์ที่ทันสมัย เพื่อใช้ในการเรียนการสอน การค้นคว้า ทดลอง และฝึกปฏิบัติต่าง ๆ อันได้แก่ ห้องปฏิบัติการวิทยาศาสตร์ ห้องปฏิบัติการภาษา ห้องปฏิบัติการไฟฟ้าอิเล็กทรอนิกส์และคอมพิวเตอร์ ห้องปฏิบัติการเขียนแบบ ห้องปฏิบัติการช่างกลโรงงาน ห้องปฏิบัติการเครื่องปั้นดินเผา และห้องปฏิบัติการทัศนศิลป์ เป็นต้น ในส่วนของห้องปฏิบัติการวิทยาศาสตร์นั้นได้แบ่งออกเป็น 3 สาขาคือ ฟิสิกส์ เคมี และชีววิทยา นักเรียนที่ต้องการใช้บริการสามารถขอใช้บริการทั้งในและนอกเวลาได้ที่อาจารย์ของแต่ละสาขาวิชา

ศูนย์กีฬาและสนามกีฬากลางแจ้ง

โรงเรียนมีสถานที่สำหรับเล่นกีฬาและออกกำลังกายหลากหลายประเภท ได้แก่ ฟุตบอล แบดมินตัน เทเบิลเทนนิส สควอช บาสเกตบอล วอลเลย์บอล เซปัคตะกร้อ ว่ายน้ำ ลีลาศ แอโรบิค ศิลปะการป้องกันตัว หรือฟิตเนส ศูนย์กีฬาและสนามกีฬากลางแจ้งเปิดให้บริการ ถึงเวลา 20.00 น. ทุกวัน เพื่อเป็นการส่งเสริมให้นักเรียน ครูและเจ้าหน้าที่ของโรงเรียนได้ออกกำลังกายและเล่นกีฬา