โรงเรียนอัสสัมชัญได้จัดทำหลักสูตรสถานศึกษาโดยยึดตามหลักสูตรการศึกษาขั้นพื้นฐาน พุทธศักราช 2544 และพุทธศักราช 2551 เป็นหลักสูตรแกนกลาง และสอดคล้องกับการจัดการเรียนรู้ตามพระราชบัญญัติการศึกษาแห่งชาติ พุทธศักราช 2542 นอกจากนี้โรงเรียนอัสสัมชัญกำหนดให้มีระบบการประกันคุณภาพภายใน ประกอบด้วยการประเมินคุณภาพภายใน การติดตามตรวจสอบคุณภาพการศึกษา และการพัฒนาคุณภาพการศึกษา มีระบบการประกันคุณภาพภายนอก โดยประกอบด้วย การประเมินคุณภาพภายนอก และการติดตามตรวจสอบคุณภาพการศึกษาการจัดการศึกษา[77]