การบริโภคอาหารที่มีกรดไขมันทรานส์มาก ๆ จะเป็นส่งเสริมการทำงานของเอนไซม์ Cholesterol Acyltranferase ซึ่งเป็นเอนไซม์สำคัญในการเมตาบอลิซึมของคอเลสเตอรอล ทำให้ระดับ LDL (Low Density Lipoprotein) ซึ่งเป็นคอเลสเตอรอลชนิดเลวในเลือดเพิ่มขึ้น และลดระดับ HDL (High Density Lipoprotein) ซึ่งเป็นคอเลสเตอรอลชนิดดีในเลือด และเนื่องจากไขมันทรานส์เป็นไขมันที่เกิดจากการแปรรูป ซึ่งย่อยสลายได้ยากกว่าไขมันชนิดอื่น ทำให้ตับต้องสลายไขมันทรานส์ด้วยวิธีการที่แตกต่างไปจากการย่อยสลายไขมันตัวอื่น จึงอาจก่อให้เกิดสภาวะที่ผิดปกติกับร่างกาย คือ

1. น้ำหนักและไขมันส่วนเกินเพิ่มมากขึ้น
2. มีภาวะการทำงานของตับที่ผิดปกติ
3. มีความเสี่ยงสูงที่จะเป็นโรคเบาหวาน โรคความดันโลหิตสูง โรคหัวใจขาดเลือด โรคหลอดเลือดหัวใจตีบ (อังกฤษ: Coronary Heart Disease) โรคไขมันอุดตันในเส้นเลือด