ขบวนการแนวร่วมปฏิวัติแห่งชาติมลายูปัตตานี (BRN) ควบคุมกำลังก่อความไม่สงบในจังหวัดชายแดนภาคใต้มากที่สุด ขบวนการดังกล่าวมีโครงสร้างแบบแบ่งเป็นส่วนซึ่งให้สมาชิกมีอัตตาณัติและความยืดหยุ่นในการลงมือ มีสภาปกครองเรียก สภาองค์กรนำ (Dewan Pimpinan Parti หรือ DPP) มีสมาชิกเกือบ 10,000 คน ซึ่งร่วมสายข่าว ผู้สนับสนุนและผู้เห็นใจด้วย ในเดือนมกราคม 2560 ดุนเลาะ แวะมะนอเป็นผู้นำกลุ่มแทนสะแปอิง บาซอ[47] ดุนเลาะเป็นที่ทราบกันว่าเป็นสายแข็ง และหลังเขาดำรงตำแหน่งผู้นำ การก่อเหตุในปี 2561 แสดงให้เห็นว่ามีการวางแผนอย่างดีโดยมีการวางระเบิดหลายจุดประสานงานกัน[48] ผู้ก่อความไม่สงบในประเทศไทยมีอุดมการณ์ต่างจากรัฐอิสลามอิรักและลิแวนต์ เพราะต้องการตั้งมาตภูมิของตนเอง ไม่ใช่รัฐเคาะลีฟะฮ์ข้ามชาติ นอกจากนี้ผู้ก่อความไม่สงบในประเทศไทยยังไม่ใช้วิธีโจมตีฆ่าตัวตาย ไม่เลือกเป้าหมายหรือโจมตีเน้นยอดผู้เสียชีวิตมากเพราะเกรงว่าจะเสียผู้สนับสนุน[49]

ขบวนการผู้ก่อความไม่สงบเองก็ไม่มีเอกภาพและมีหลายกลุ่มแยกเช่นเดียวกับรัฐ ผู้อาวุโสและมีประสบการณ์มากกว่ามักมีแรงจูงใจชาตินิยมและศาสนามากกว่า ส่วนนักรบท้องถิ่นด้อยอาวุโสมีความสัมพันธ์กับเครือข่ายอาชญากรท้องถิ่นมากกว่า[50]

กลุ่มก่อความไม่สงบปัจจุบันประกาศญิฮัดและไม่ใช่กลุ่มแบ่งแยกดินแดนอีกต่อไป ส่วนใหญ่มีสายแข็งซาลาฟีเป็นหัวหน้า ซึ่งมีเป้าหมายสุดขั้วและข้ามชาติ อย่างรัฐเคาะลีฟะฮ์อิสลาม โดยไม่มีอัตลักษณ์วัฒนธรรมปาตานีหรือชาตินิยม กลุ่มญิฮัดซาลาฟีเป็นปรปักษ์ต่อมรดกทางวัฒนธรรมและวัตรของมุสลิมมลายูตามประเพณีโดยกล่าวหาว่าทั้งสองสิ่งนี้ไม่เป็นอิสลาม[40] กลุ่มนี้ไม่เดือดร้อนเกี่ยวกับการเป็นชาติเอกราช แต่เป้าหมายคือทำให้ภูมิภาคปาตานีปกครองไม่ได้[21]