ภายหลังจากที่ออกจากตำแหน่งประธานาธิบดีในเดือนมีนาคม ค.ศ. 1797 วอชิงตันกลับไปยังเมานต์เวอร์นอนกับความรู้สึกที่ผ่อนคลาย เขาให้เวลากับการทำการเกษตร ในปีนั้น เขาดูแลการสร้างโรงกลั่นเหล้าขนาด 2,250 ตารางฟุต (ยาว75 กว้าง 30 ฟุต) หรือประมาณ 200 ตารางเมตร ซึ่งจัดว่าเป็นโรงเหล้าที่ใหญ่ที่สุดในสาธารณรัฐใหม่นั้น โดยมีหม้อต้มกลั่นเหล้าทองแดง 5 หม้อ มีถังหมัก 50 ถัง (Mash tubs) ทดแทนในที่ฟาร์มที่ไม่ได้กำไรในการดำเนินการ ในขณะนั้นช่วงเวลาประมาณ 2 ปี โรงกลั่นของเขาผลิตเหล้าได้ 11,000 แกลลอนที่ทำจากข้าวโพด และข้าวไร มีมูลค่าธุรกิจ 7,500 ดอลลาร์ และยังมีการผลิตเหล้าที่ทำจากผลไม้อีกด้วย

วันที่ 13 ธันวาคม ค.ศ. 1798 วอชิงตันได้รับแต่งตั้งโดยประธานาธิบดีจอห์น แอดัมส์ ในยศ พลโท และเป็นผู้บัญชาการทหารสูงสุด (Commander-in-chief) เพื่อเตรียมทำสงครามกับฝรั่งเศสในอนาคต ระหว่างวันที่ 13 กรกฎาคม ค.ศ. 1799 - 14 ธันวาคม ค.ศ. 1800 เขาได้มีส่วนร่วมในการวางแผนกองทัพเฉพาะกิจในยามที่มีสถานการณ์ฉุกเฉิน แต่ไม่ได้ให้สู้ในสนามรบ[53][12]

วันที่ 12 ธันวาคม ค.ศ. 1799 วอชิงตันได้ใช้เวลาหลายชั่วโมงขี่ม้า ตรวจงานในฟาร์มของเขา ในขณะที่มีหิมะ และต่อมามีฝนตกลงมาเป็นลูกเห็บ เขานั่งรับประทานอาหารโดยไม่ได้เปลี่ยนชุดเสื้อผ้าที่เปียก ในวันต่อมา เขาตื่นขึ้นพร้อมกับเป็นหวัด มีไข้และหลอดลมอักเสบ ต่อมากลายเป็นปอดบวม และเสียชีวิตช่วงเวลาหัวค่ำของวันที่ 14 ธันวาคม ด้วยวัย 67 ปี ขณะที่นายแพทย์ James Craik เป็นผู้ดูแลอาการป่วย ท่ามกลางเพื่อนสนิทหลายคน และรวมถึง Tobias Lear V ซึ่งเป็นเลขาส่วนตัวของวอชิงตัน Lear ได้บันทึกคำสุดท้ายของวอชิงตันว่า"Tis well" แพทย์สมัยใหม่มีความเชื่อว่าวอชิงตันได้เสียชีวิตเพราะการรักษาในสมัยนั้น ที่รวมถึง การใช้ยาที่เป็นสารปรอท (calomel หรือ Mercury chloride) และการเจาะเลือดออกจากร่าง (bloodletting) อันเป็นวิธีการรักษาพยาบาลที่ได้รับความนิยมของแพทย์ในยุคนั้น ซึ่งมีการเจาะออกถึง 5 ไพน์ (Pints) ซึ่งอาจทำให้เขาช็อค หรือเป็นลม (asphyxia) และร่างกายขาดน้ำ (dehydration)

หลังจากเขาเสียชีวิต กองทัพเรืออังกฤษได้ลดธงครึ่งเสา เพื่อเป็นการไว้อาลัย กองทัพบกอเมริกันใส่ปลอกแขนสีดำเป็นเวลา 6 เดือน จักรพรรดินโปเลียนที่ 1 ได้สั่งแสดงการไว้ทุกข์ 10 วันในฝรั่งเศส ประชาชนหลายพันคนไว้ทุกข์เป็นเวลาหลายเดือนในสหรัฐอเมริกา[53] เพื่อความเป็นส่วนตัว มาร์ธาจึงเผาจดหมายที่เขียนถึงสามีเธอ และของตัวเธอเอง มีเพียงแค่ 3 ฉบับที่ไม่ได้ถูกเผา[54]