เจ้าชายโทะมิฮิโตะในฐานะรัชทายาทขึ้นเป็นจักรพรรดิสืบต่อจาก จักรพรรดิโกะ-นิโจ พระญาติที่ประชวรและสวรรคตอย่างกระทันหัน

• เดือน 8 ปี โทะกุจิ ที่ 3 ตรงกับวันที่ 10 กันยายน พ.ศ. 1851 ปีที่ 7 ในรัชสมัย จักรพรรดิโกะ-นิโจ องค์จักรพรรดิสวรรคตอย่างกระทันหันขณะมีพระชนมายุเพียง 23 พรรษาเจ้าชายโทะมิฮิโตะที่รัชทายาทพระชนมายุเพียง 11 พรรษาจากสายราชสกุลจิเมียวอิงขึ้นสืบราชบัลลังก์ต่อมาหลังจากนั้นไม่นานได้มีการประกอบพระราชพิธีบรมราชาภิเษกที่ พระราชวังหลวงเฮอัง

• เดือน 10 ปี โทะกุจิ ที่ 3 ตรงกับเดือน พฤศจิกายน พ.ศ. 1851 ได้มีการเปลี่ยนปี รัชศก เป็นปี เอ็นเกียว เพื่อแสดงถึงการเริ่มต้นของจักรพรรดิองค์ใหม่

โดยตลอด 10 ปีในรัชกาลทั้งอดีต จักรพรรดิฟุชิมิ พระราชบิดาและอดีต จักรพรรดิโกะ-ฟุชิมิ พระเชษฐาต่างพระราชมารดาได้ผลัดกันเป็น ไดโจโฮโอ (太上法皇, มหาธรรมราชา) กุมพระราชอำนาจเหนือจักรพรรดิฮะนะโซะโนะ

ในปี พ.ศ. 1861 จักรพรรดิฮะนะโซะโนะประกาศสละราชบัลลังก์ให้กับเจ้าชายทะกะฮะรุที่รัชทายาทจากสายราชสกุลไดกะกุจิทำให้เป็น ไดโจเท็นโน (太上天皇, มหาจักรพรรดิ)

ปี พ.ศ. 1878 อดีตจักรพรรดิฮะนะโซะโนะออกผนวชเป็นพระภิกษุใน นิกายเซน และได้ยกพระตำหนักที่ประทับให้เป็นวัด

วันที่ 2 ธันวาคม พ.ศ. 1891 อดีตจักรพรรดิฮะนะโซะโนะประชวรและสวรรคตขณะพระชนมายุเพียง 51 พรรษา