ปัจจุบันในเส้นทางชุมทางหาดใหญ่–ปาดังเบซาร์ จะมีรถไฟหยุดรับ-ส่งผู้โดยสารในสถานีรถไฟชุมทางหาดใหญ่, สถานีรถไฟคลองแงะ, สถานีรถไฟปาดังเบซาร์ (ไทย) และสถานีปาดังเบซาร์ (มาเลเซีย) ผู้ที่จะเดินทางต่อไปยังประเทศมาเลเซีย สามารถจัดการได้ที่ด่านศุลกากรในสถานีรถไฟปาดังเบซาร์ฝั่งมาเลเซียแล้วต่อรถไฟได้เลย[9]

ในปี พ.ศ. 2557 รถไฟในฝั่งมาเลเซียเป็นระบบรถไฟทางคู่ ใช้ระบบรถไฟฟ้า ทำความเร็ว 80-120 กิโลเมตรต่อชั่วโมง มีรถไฟขนส่งสินค้าห้าขบวน ขนตู้สินค้าขนาดเล็กได้ 300 ตู้ต่อวัน ขณะที่รถไฟไทยยังเป็นรถไฟทางเดี่ยว และทำความเร็วเพียง 30-50 กิโลเมตรต่อชั่วโมง[10] ในปี พ.ศ. 2560 รัฐบาลไทยมีแผนที่จะพัฒนาให้ทางรถไฟสายชุมทางหาดใหญ่–ปาดังเบซาร์เป็นรถไฟทางคู่[11][12]

10 มกราคม พ.ศ. 2561 หอการค้าสงขลาและการรถไฟแห่งประเทศไทย ได้ออกให้ข้อมูลว่าจะมีการเวนคืนที่ดินในปี พ.ศ. 2561 เพื่อเตรียมสร้างทางรถไฟทางคู่สายสงขลา–ชุมทางหาดใหญ่–ปาดังเบซาร์ จะเริ่มก่อสร้างในปี พ.ศ. 2562 และแล้วเสร็จในปี พ.ศ. 2564[13]