เยอรมนี พันธมิตรใหม่

ในเดือรมกราคม พ.ศ. 2484 อดอล์ฟ ฮิตเลอร์ได้ช่วยเหลือเบนิโต มุสโสลินี หลังจากกรีทาทัพเข้ายึดกรีซ กองทัพเยอรมันได้เคลื่อนทัพผ่านโรมาเนียและได้เคลื่อนทัพต่อไปยังบัลแกเรีย พระเจ้าซาร์บอริสทรงถูกบังคับให้ร่วมสนธิสัญญาไตรภาคี โดยบ็อกดาน ฟิลอฟเป็นผู้ลงนามในวันที่ 1 มีนาคม พ.ศ. 2484 และในวันเดียวกันกองทัพเยอรมนีได้เข้าสู่บัลแกเรีย

พระเจ้าซาร์บอริสทรงปฏิเสธที่เจ้าเข้าร่วมดำเนินการทางทหาร แต่เยอรมันได้ขอกำลังบัลแกเรียในวันที่ 19 และ 20 เมษายน กองทัพบัลแกเรียสามารถยึดครองเทรซและมาซิโดเนีย ซึ่งเยอรมันยังมีปัญหากับลัทธิสนับสนุนการเรียกร้องดินแดนคืน ทำให้บัลแกเรียเป็นผู้ดูแลประเทศในแถบบอลข่าน ชาวบัลแกเรียได้ให้ขนานนามพระเจ้าซาร์ว่า "ผู้รวมแผ่นดิน"

ในวันที่ 13 ธันวาคม พ.ศ. 2484 ราชอาณาจักรบัลแกเรียได้ประกาศสงครามกับอังกฤษและสหรัฐอเมริกา

ชาวยิวในบัลแกเรีย

ในวันที่ 29 ธันวาคม พ.ศ. 2483 รัฐบาลได้วางแผนก่อตั้งองค์กรยุวชน เบรนนิกซึ่งเป็นแรงบันดาลใจจากฮิตเลอร์ แต่สี่วันก่อนหน้ารัฐสภาโหวตกฎหมาย"การป้องกันชาติ" ผ่ายต่อต้านเซมิติกได้เสนอมาตรการซึ่งมีผลต่อชาวยิวในประเทศ 50,000 คน แต่แผนการนี้ได้ถูกคัดค้าน ในปีพ.ศ. 2483 กลุ่มต่อต้านเซมิติไม่ได้อยู่ในบัลแกเรีย อย่างไรก็ตามมาตรการของกลุ่มได้รับการตอบรับในวันที่ 13 มกราคม พ.ศ. 2484

ในเดือนกรกฎาคม พ.ศ. 2485 ฮิตเลอร์ได้ถามรัฐบาลเกี่ยวกับ "ปัญหาพวกยิว" แผนการนี้ได้ใช้ในวันที่ 26 สิงหาคม พ.ศ. 2485 ข้าหลวงของชาวยิวได้ถูกโจมตี ในการจัดการขั้นต้น ได้มีการประกาศเคอร์ฟิว,บุกตรวจบ้านเรือน,ลดการแบ่งปันอาหารแก่ชาวยิว,ให้ชาวยิวปักดาวสีเหลือง ในขั้นต่อมาได้มีการส่งชาวยิวเข้าค่ายกักกัน โดยได้รับการปรึกษาจากนาซีเยอรมนีหน่วย SS ธีโอดอร์ เดนเน็คเกอร์

มีการเริ่มต้นการส่งชาวยิว 11,363 คนสู่ค่ายกักกัน โดยเป็นชาวยิวจากดินแดนที่บัลแกเรียครอบครองคือในเทรซและมาซิโดเนีย เมื่อแผนขั้นต้นสำเร็จจึงมีการกวาดล้างชาวยิวในบัลแกเรีย ได้มีการประท้วงรุนแรงจากรองประธานสภา ดิมิทาร์ เปเชฟและอาร์คบิชอปสเตฟานที่เป็นสัญลักษร์ในการเคลื่อนไหวช่วงแรก

ในปีพ.ศ. 2486 รัฐบาลมีแผนการที่จะกำจัดประชาชนที่ต่อต้าน ประชาชนได้ถูกส่งเข้าค่ายกักกันที่ซึ่งก่อตั้งใกล้พระราชวังของซาร์ ได้มีการกักขังประชาชนกว่าแสนคน พระเจ้าซาร์ทรงมีดำริเหมือนประชาชนคือการไม่กักกันชาวยิว ฮิตเลอร์ได้โกรธและกล่าวว่า"ยิวไว้สำหรับดูแลข้างถนน"ชาวยิวจำนาวนมากได้หลบหนีออกจากค่ายกักกันในบัลแกเรีย

การสวรรคตอย่างลึกลับและกะทันหัน

ในปีพ.ศ. 2486 สงคามใกล้ถึงจุดเปลี่ยนที่สตาลินกราด เยอรมันเริ่มเพลี่ยงพล้ำ พระเจ้าซาร์บอริสทรงตระหนักถึงเรื่องนี้ดีและต้องการหลีกเลี่ยงความผิดพลาดเช่นเดียวกันกับพระบิดา เมื่อ 25 ปีก่อน พระองค์ทรงติดต่อกับอเมริกาอย่างเป็นการลับ

ฮิตเลอร์ได้รู้ถึงการติดต่อนี้ ในวันที่ 14 สิงหาคม พ.ศ. 2486 เขาได้เรียกพระองค์มาที่ศูนย์บัญชาการแนวรบด้านตะวันออกใกล้กับราสเตนเบิร์ก ในปรัสเซียตะวันออก การพบปะกันเป็นการขัดแย้งที่สุด ฮิตเลอร์ได้เตือนถึงบุญคุณของเขาที่มีต่อพระองค์ที่เยอรมนี มันเป็นความจริงว่าตั้งแต่เริ่มต้นของสงครามที่บัลแกเรียไม่ได้เกี่ยวข้องมากในความขัดแย้ง

ฮิตเลอรืพยายามชักจูงพระองค์และจะให้ได้ดินแดนเพิ่มขึ้นทางภาคใต้และตะวันตกเพื่อต่อต้านการขยายตัวของสหภาพโซเวียต พระองค์ทรงปฏิเสธและเสด็จกลับ พระองค์ทรงกลับในวันถัดไปไปที่กรุงโซเฟียกับเครื่องบินของเยอรมัน 9 วันหลังจากเสด็จกลับ พระเจ้าซาร์บอริสทรงอาเจียนอย่างรุนแรงและเสด็จสวรรคตในวันที่ 28 สิงหาคม พ.ศ. 2486 สิริพระชนมายุ 49 พรรษา

การเสด็จสวรรคตของพระองค์ยังเป็นที่โต้แย้งกันมาก บางคนกล่าวโทษฮิตเลอร์ แม้พระอนุชาของพระองค์ เจ้าชายคิริลแห่งบัลแกเรียทรงประกาศถึงการสวรรคตของพระองค์ในปีพ.ศ. 2488 ว่าทรงถูกลอบวางยาพิษระหว่างเสด็จกลับทางเครื่องบิน แต่การชันสูตรพระศพแสดงให้เห็นว่าพระเจ้าซาร์บอริสทรงหัวใจวายจากอาการที่ทรงเครียด

ชาวบ้านในพื้นที่โอซอยได้แกะสลักไม้แล้วนำไปตั้งที่หน้าสุสานของพระองค์ที่สำนักปฏิบัติธรรมริลา ในวันที่ 10 ตุลาคม พ.ศ. 2486 ข้อความเขียนว่า

"สำหรับกษัตริย์บอริสผู้กู้อิสรภาพ,มาซิโดเนียขอขอบคุณ"