นักภาษาศาสตร์ได้คิดค้นระบบการเขียนภาษาเขมรถิ่นไทยด้วยตัวอักษรไทยหลายระบบ โดยมีทั้งระบบของมหาวิทยาลัยมหิดล มหาวิทยาลัยเชียงใหม่ ท้ายที่สุดมีระบบราชบัณฑิตยสภา [6] ซึ่งดัดแปลงจากระบบก่อน ๆ เป็นมาตรฐานโดยปริยาย

พยัญชนะ

เสียงที่ใช้พูดกันในภาษาเขมรถิ่นไทย ไม่มีเสียงที่ใช้อักษรสูง จึงเลือกใช้พยัญชนะไทยที่เป็น อักษรกลาง และอักษรต่ำเท่านั้นที่ใช้ในการเขียน เสียงพยัญชนะในภาษาเขมรเหนือใช้อักษรไทยเขียนดังตารางต่อไปนี้

• บางหน่วยเสียงมีรูปพยัญชนะต้นและพยัญชนะท้ายแตกต่างกันดังที่แสดงในตาราง โดยการใช้พยัญชนะเสียงก้องมาแทนพยัญชนะท้ายเสียงไม่ก้องนั้นนำแบบอย่างมาจากภาษาไทย
• หน่วยเสียง /ʔ/ เมื่อเป็นพยัญชนะท้ายจะไม่มีรูปเขียน แต่ให้แสดงด้วยสระเสียงสั้นที่ไม่มีตัวสะกด

สระ

• เสียงสระที่ไม่มีในภาษาไทย ใช้เครื่องหมายพินทุ " ฺ " และนิคหิต " ํ " กำกับเพื่อให้ออกเสียงต่างออกไป เช่น ซอฺ (ขาว), ละออฺ (สวย), เบฺิก (เปิด), ปเรอฺ (ใช้), กูํ (วัว), จูํ (ชั่ว)
• รูปสระที่ซ้อนกันหลายตัวตามแนวดิ่ง ในการพิมพ์ทางคอมพิวเตอร์ ให้พิมพ์จากล่างขึ้นบน เช่นสระ /ʌ/ ที่มีตัวสะกด กดพยัญชนะต้น กดพินทุ ตามด้วย อิ แล้วตามด้วยไม้ไต่คู้