สนธิสัญญาออกสเบิร์ก (ค.ศ. 1555) ซึ่งถูกลงพระนามโดยจักรพรรดิคาร์ลที่ 5 แห่งจักรวรรดิโรมันอันศักดิ์สิทธิ์ ยืนยันในผลของสภาไดเอตแห่งโรมันอันศักดิ์สิทธิ์ในปี ค.ศ. 1526 ที่ยุติสงครามของชาวคริสต์เยอรมันระหว่างนิกายลูเทอรันและนิกายคาทอลิก ก่อให้เกิดผลดังนี้[14]

• ผู้ปกครองแห่งรัฐเยอรมันทั้ง 224 รัฐ สามารถเลือกศาสนาประจำรัฐนิกายใดก็ได้ (ระหว่างลูเทอรันกับคาทอลิก) ตามแต่มโนธรรมของตน และบังคับใช้กับบุคคลใต้ปกครองให้ปฏิบัติตามความเชื่อนั้น ตามหลักการที่เรียกว่า คูยูสเรจิโอ เอยูสเรลิจิโอ (CUIUS REGIO, EIUS RELIGIO; ประชาชนจากรัฐใด นับถือศาสนาประจำรัฐนั้น)
• ชาวลูเทอรันผู้อาศัยอยู่ในรัฐเจ้าชายมุขนายก (รัฐที่ปกครองโดยนักบวชคาทอลิก) ยังคงสามารถนับถือนิกายลูเทอรันได้ต่อไป
• ชาวลูเทอรันสามารถครอบครองดินแดนที่ยึดมาได้จากฝ่ายคาทอลิกตั้งแต่การทำสนธิสัญญาพาสเซาในปี ค.ศ. 1552
• บรรดาเจ้าชายมุขนายกผู้ที่เปลี่ยนไปนับถือนิกายลูเทอรัน จำเป็นจะต้องสละแดนดินในปกครองของตน ตามหลักการที่เรียกว่า เรเซร์วาตุม เอกเลซีอัสติกุม (RESERVATUM ECCLESIASTICUM)

แม้ว่าสนธิสัญญาออกสเบิร์กจะยุติความบาดหมางได้ชั่วคราว แต่ก็ไม่ได้เป็นตัวแก้ไขรากเหง้าความขัดแย้งทางศาสนาครั้งนี้ มิหนำซ้ำยังกลับทำให้ปัญหามีความซับซ้อนขึ้นจากการแพร่ขยายของลัทธิคาลวินไปทั่วเยอรมนีในปีถัดมา ซึ่งเป็นการเพิ่มนิกายหลักที่สามในคริสต์ศาสนาเข้าไปอีก อย่างไรก็ตามนิกายที่สามนี้กลับไม่ได้ถูกรับรองจากสนธิสัญญาออกสเบิร์กแต่ประการใด มีเพียงนิกายคาทอลิกและนิกายลูเทอรันเท่านั้นที่ได้รับการรับรองให้เป็นสองนิกายหลัก[15][16]

นอกจากนี้ผู้ปกครองรัฐใกล้เคียงกับจักรวรรดิโรมันอันศักดิ์สิทธิ์ยังมีส่วนร่วมในการปะทุขึ้นของสงครามสามสิบปีดังนี้

• สเปนสนใจในการยึดครองบรรดารัฐเยอรมันเพราะสเปนปกครองดินแดนเนเธอร์แลนด์ ซึ่งอยู่ทางตะวันตกของจักรวรรดิโรมันอันศักดิ์สิทธิ์และบรรดารัฐเยอรมัน ในการที่จะติดต่อกับดินแดนใต้อาณัติ สเปนต้องใช้เส้นทางบนบกที่เรียกว่า "ถนนสเปน" ซึ่งตัดผ่านบรรดารัฐอิตาลีและบรรดารัฐเยอรมันในจักรวรรดิโรมันอันศักดิ์สิทธิ์ การลุกฮือของชาวดัตช์ต่อต้านการปกครองของสเปนในช่วงคริสต์ทศวรรษที่ 1560 นำไปสู่สงครามอิสรภาพของดัตช์ซึ่งมีการพักรบช่วงสั้นๆ ในปี ค.ศ. 1609
• ฝรั่งเศสเกือบตกเป็นรัฐที่ถูกรายล้อมไปด้วยอำนาจของราชวงศ์ฮับส์บูร์ก (เนื่องจากพรมแดนส่วนมากติดกับสเปนและจักรวรรดิโรมันอันศักดิ์สิทธิ์ซึ่งปกครองโดยฮับส์บูร์ก) และฝรั่งเศสพยายามที่จะแสดงอำนาจของตนกับรัฐเยอรมันที่อ่อนแอกว่าบางรัฐ ราชวงศ์ฝรั่งเศสผู้เป็นคาทอลิกมีความกังวลเกี่ยวกับอิทธิพลทางศาสนาจากฮับส์บูร์กผู้เป็นคาทอลิกเช่นเดียวกันกับตน จึงเป็นสาเหตุที่นำพาฝรั่งเศสเข้าสู่สงครามในฝ่ายโปรเตสแตนต์แทนฝ่ายคาทอลิก
• สวีเดนและเดนมาร์กมีความสนใจในการเข้ายึดครองรัฐเยอรมันทางตอนเหนือ ซึ่งเป็นด้านที่ติดกับทะเลบอลติก

ตามความเป็นจริงแล้ว อาจกล่าวได้ว่าจักรวรรดิโรมันอันศักดิ์สิทธิ์เป็นเพียงกลุ่มของประเทศที่มีอิสรภาพของตนค่อนข้างมากซึ่งรวมตัวกันอยู่อย่างกระจัดกระจาย จักรพรรดิแห่งจักรวรรดิโรมันอันศักดิ์สิทธิ์ก็เป็นตำแหน่งแต่เพียงในนามไม่มีอำนาจที่แท้จริง เว้นแต่จักรพรรดิที่มาจากราชวงศ์ฮับส์บูร์กที่ปกครองดินแดนส่วนมากของจักรวรรดิ (อาร์ชดัชชีออสเตรียและราชอาณาจักรโบฮีเมีย) เช่นเดียวกับที่ปกครองราชอาณาจักรฮังการี ทำให้ราชวงศ์ฮับส์บูร์กหลายเป็นมหาอำนาจหลักของยุโรป มีประชาชนใต้ปกครองมากกว่าแปดล้านคน นอกจากนี้ราชวงศ์ฮับส์บูร์กยังปกครองราชอาณาจักรสเปน ซึ่งรวมเอาเนเธอร์แลนด์, อิตาลีตอนใต้, หมู่เกาะฟิลิปปินส์ และดินแดนส่วนมากของทวีปอเมริกาไว้ด้วย จักรวรรดิโรมันอันศักดิ์สิทธิ์ยังมีอิทธิพลระดับภูมิภาคในรัฐต่างๆ เช่น ดัชชีบาวาเรีย, รัฐผู้คัดเลือกแซกโซนี, รัฐมาร์เกรฟบรันเดินบวร์ค, รัฐผู้คัดเลือกพาลาทิเนต, รัฐแลนด์เกรเวียตแห่งเฮสส์, รัฐผู้คัดเลือกเทรียร์ และเสรีนครของจักรพรรดิแห่งนูเรมเบิร์ก (มีประชากรอยู่อาศัยรวมกันราวห้าแสนถึงหนึ่งล้านคน) และยังปกครองรัฐอิสระขนาดเล็กเช่น ดัชชี, เสรีนคร, แอบบีย์, ราชรัฐมุขนายก และอนุมณฑลของขุนนาง (บางครั้งอำนาจของขุนนางแบบนี้ก็มีเพียงอำนาจปกครองหมู่บ้านเพียงหนึ่งแห่ง) อีกนับไม่ถ้วนทั่วจักรวรรดิ ซึ่งเขตปกครองขนาดเล็กรูปแบบต่างๆ เหล่านี้ไม่มีอำนาจมากพอที่จะมีบทบาททางการเมืองของจักรวรรดิ ผิดกับออสเตรียและบาวาเรียซึ่งมีบทบาทสำคัญ ด้านการเจริญสัมพันธไมตรีระหว่างรัฐต่างๆ ผ่านทางเครือญาติก็เป็นเรื่องปกติธรรมดา และบ่อยครั้งที่มีการแบ่งมรดกของขุนนางให้แก่โอรสหลากหลายพระองค์ไปตามรัฐต่างๆ

ความตึงเครียดทางศาสนายังคงมีอยู่มากในช่วงครึ่งหลังของคริสต์ศตวรรษที่ 16 ผลผูกพันจากสนธิสัญญาออกสเบิร์กเริ่มใช้ไม่ได้ผล เมื่อเจ้าชายมุขนายกที่เปลี่ยนไปเข้ารีตลูเทอรันบางองค์ปฏิเสธที่จะสละมุขมณฑลของตนตามที่ระบุไว้ในสนธิสัญญา ในขณะเดียวกันกับที่เชื้อพระวงศ์ฮับส์บูร์กบางพระองค์และผู้ปกครองชาวคาทอลิกอื่นๆ ของจักรวรรดิโรมันอันศักดิ์สิทธิ์และสเปน ทรงพยายามที่จะฟื้นฟูอำนาจของโบสถ์คาทอลิกในภูมิภาค ซึ่งเป็นที่เด่นชัดในสงครามโคโลญ (ค.ศ. 1583 - 1588) ที่เริ่มต้นขึ้นเมื่อเจ้าชายมุขนายกแห่งโคโลญนามว่า เกบฮาร์ด ตรุชเซสส์ ฟอน วาล์ดบูร์ก (Gebhard Truchsess von Waldburg) ทรงเปลี่ยนไปเข้ารีตลัทธิคาลวิน ซึ่งการที่พระองค์ทรงเป็นหนึ่งในคณะผู้คัดเลือกแห่งโรมันอันศักดิ์สิทธิ์ด้วยนั้น อาจทำให้นิกายโปรเตสแตนต์มีอิทธิพลมากขึ้นต่อการเลือกจักรพรรดิแห่งโรมันอันศักดิ์สิทธิ์ที่แต่เดิมผู้คัดเลือกจะทรงเป็นคาทอลิกทั้งหมด

ในสงครามโคโลญ กองทหารของสเปนขับไล่เจ้าชายมุขนายกออกจากตำแหน่งและแทนที่ด้วยเอิร์นส์แห่งบาวาเรีย (Ernst of Bavaria) ซึ่งเป็นโรมันคาทอลิก จากความสำเร็จนี้ทำให้ฝ่ายคาทอลิกมีเสถียรภาพมากขึ้นและหลักการ คูยูสเรจิโอ, เอยูสเรลิจิโอ ก็ถูกบังคับใช้ให้เข้มงวดขึ้นในบาวาเรีย, เวือร์ซบูร์ก และรัฐอื่นๆ จึงเป็นการบีบบังคับให้ชาวลูเทอรันเลือกระหว่างเปลี่ยนนิกายหรือถูกเนรเทศ ชาวลูเทอรันยังเผชิญกับการละทิ้งนิกายโดยเจ้าผู้ปกครองของพวกตน เช่นใน พาลาทิเนต (ค.ศ. 1560), นัสเซา (ค.ศ. 1578), เฮสส์-คาสเซิล (ค.ศ. 1603) และบรันเดินบวร์ค (ค.ศ. 1613) ที่หันไปนับถือลัทธิคาลวินแทน ด้วยเหตุนี้ในช่วงต้นคริสต์ศตวรรษที่ 17 ดินแดนลุ่มแม่น้ำไรน์และดินแดนตอนล่างของแม่น้ำดานูบจึงตกเป็นของฝ่ายคาทอลิก ขณะที่ดินแดนทางตอนเหนือตกเป็นของฝ่ายลูเทอรัน และในบางพื้นที่เช่น เยอรมนีตอนกลาง-ตะวันตก, สวิตเซอร์แลนด์ และเนเธอร์แลนด์ เป็นของฝ่ายคาลวิน อย่างไรก็ตามยังคงมีชนกลุ่มน้อยของแต่ละนิกายอาศัยอยู่อย่างกระจัดกระจายทั่วทุกดินแดน ในบางนครรัฐก็มีจำนวนผู้นับถือนิกายโรมันคาทอลิก, ลูเทอรัน และคาลวิน ในจำนวนที่เกือบจะเท่ากันพอดี

พระจักรพรรดิทรงตกตะลึงพระทัยต่อการกระทำของพระญาติชาวสเปน เนื่องจากพระองค์ทรงดำเนินพระราโชบายตามแบบของพระจักรพรรดิฮับส์บูร์กพระองค์ก่อนหน้าอย่าง จักรพรรดิคาร์ลที่ 5 (รวมถึงจักรพรรดิแฟร์ดีนันด์ที่ 1, จักรพรรดิมักซีมีเลียนที่ 2, จักรพรรดิรูดอล์ฟที่ 2 และจักรพรรดิมัททีอัส) ที่อำนวยให้เจ้าชายมุขนายกทุกองค์สามารถเลือกใช้นโยบายทางศาสนาของตนได้อย่างอิสระ ซึ่งพระจักรพรรดิทุกพระองค์ที่ได้กล่าวมาข้างต้นนี้ล้วนทรงพยายามหลีกเลี่ยงการเกิดสงครามศาสนาถายในจักรวรรดิ ด้วยการอนุญาตให้นิกายในคริสต์ศาสนาทุกนิกายสามารถเผยแพร่หลักธรรมของตนได้โดยปราศจากการบังคับขู่เข็ญ ซึ่งพระราโชบายนี้สร้างความโกรธเคืองแก่ผู้ที่ต้องการเห็นความเป็นหนึ่งเดียวทางศาสนาในจักรวรรดิ[17] ในขณะเดียวกันกับที่สวีเดนและเดนมาร์กซึ่งต่างก็เป็นอาณาจักรนิกายลูเทอรันด้วยกันทั้งคู่ พยายามช่วยเหลือฝ่ายโปรแตสแตนต์ภายในจักรวรรดิโรมันอันศักดิ์สิทธิ์ และต้องการที่จะมีอิทธิพลทางเศรษฐกิจและการเมืองภายในจักรวรรดิเพิ่มมากขึ้น

ความตึงเครียดทางศาสนาบานปลายไปเป็นความรุนแรงในเสรีนครแห่งโดเนาเวิร์ท (Donauwörth) ในเยอรมนี ค.ศ. 1606 เมื่อชาวลูเทอรันซึ่งเป็นชนกลุ่มมากในนครสกัดกั้นขบวนแห่มาร์กุสประจำปีของชาวคาทอลิกจากเมืองแถบสวาเบีย จุกชนวนให้เกิดการจลาจลขึ้น การแทรกแซงจากต่างชาติจึงเกิดขึ้นเมื่อดยุกแม็กซิมิเลียนแห่งบาวาเรียเข้าระงับเหตุเพื่อช่วยเหลือชาวคาทอลิก ซึ่งภายหลังความรุนแรงสิ้นสุดลง ชาวคริสต์นิกายคาลวินในเยอรมนี (ซึ่งยังคงเป็นชนกลุ่มน้อย) รู้สึกถูกคุกคามมากที่สุด จึงได้ทำการรวมกลุ่มและก่อตั้งสันนิบาตแห่งสหภาพศาสนา (League of Evangelical Union; สหภาพโปรเตสแตนต์) ในปี ค.ศ. 1608 ภายใต้การนำของเฟรเดอริกที่ 4 เจ้านครรัฐผู้คัดเลือกแห่งพาลาทิเนต (ค.ศ. 1583-1610), (ผู้ซึ่งมีพระโอรสนามว่า ฟรีดริชที่ 5 เสกสมรสกับเอลิซาเบธ สจวต พระราชธิดาในพระเจ้าเจมส์ที่ 1 แห่งอังกฤษ)[18] การก่อตั้งสันนิบาตของชาวโปรเตสแตนต์นี้กระตุ้นให้ชาวคาทอลิกรวมตัวกันและก่อตั้งสหภาพคาทอลิกในปี ค.ศ. 1609 ภายใต้การนำของดยุกแม็กซิมิเลียน

ความตึงเครียดเพิ่มมากขึ้นอีกในปี ค.ศ. 1609 ด้วยสงครามสืบราชสมบัติยือลิช (War of the Jülich succession) ซึ่งเริ่มต้นขึ้นเมื่อดยุกจอห์น วิลเลียมแห่งยือลิช-เคลเวอส์-แบร์ก ผู้ปกครองแห่งสหดัชชียือลิช-เคลเวอ-แบร์กที่มีความสำคัญทางยุทธศาสตร์อย่างมาก สิ้นพระชนม์โดยไม่มีทายาท[19] มีการอ้างสิทธิ์เหนือราชบัลลังก์ยือลิชสองฝ่าย ฝ่ายแรกจากดัชเชสอันนาแห่งปรัสเซีย พระธิดาในพระเชษฐภคินีองค์โตของดยุกจอห์น วิลเลียมนามว่า มารี อเลโอนอร์แห่งเคลเวอส์ อันนาเสกสมรสกับจอห์น ซีกิสมุนด์ เจ้านครรัฐผู้คัดเลือกแห่งบรันเดินบวร์ค ฝ่ายที่สองจากโวล์ฟกัง วิลเลียม เคาท์พาลาไทน์แห่งนอยบวร์ก พระโอรสในพระเชษฐภคินีองค์ที่สองของดยุกจอห์น วิลเลียมนามว่า อันนาแห่งเคลเวอส์ ดัชเชสอันนาแห่งปรัสเซียทรงอ้างราชสิทธิ์เหนือยือลิช-เคลเวอส์-แบร์กในฐานะสายสืบสิทธิ์ตามอาวุโส ในขณะที่เคาท์โวล์ฟกัง วิลเลียมทรงอ้างราชสิทธิ์ในฐานะสายสืบสิทธิ์ตามบุรุษนิยม ซึ่งทั้งสองพระองค์ต่างก็เป็นโปรเตสแตนต์ด้วยกันทั้งคู่ เพื่อเป็นการหลีกเลี่ยงสงครามที่จะเกิดขึ้นระหว่างผู้อ้างสิทธิ์ทั้งสอง กองกำลังของจักรพรรดิรูดอล์ฟที่ 2 จึงเข้ายึดยือลิช-เคลเวอส์-แบร์กจนกว่าความขัดแย้งจะยุติโดยการตัดสินจากคณะเอาลิค (Aulic Council) อย่างไรก็ตาม เจ้าชายมุขนายกโปรเตสแตนต์หลายองค์กลัวว่าพระจักรพรรดิผู้เป็นคาทอลิกจะทรงยึดครองยือลิช-เคลเวอส์-แบร์กไว้กับพระองค์เอง ซึ่งจะทำให้สหดัชชียือลิช-เคลเวอส์-แบร์กตกเป็นของฝ่ายคาทอลิก[19] คณะผู้แทนจากพระเจ้าอองรีที่ 4 แห่งฝรั่งเศสและจากสาธารณรัฐดัตช์รวมกลุ่มกันเพื่อเข้ารุกรานยือลิช-เคลเวอส์-แบร์ก แต่แผนการนี้ก็เป็นอันต้องล้มเลิกเมื่อเกิดการลอบปลงพระชนม์พระเจ้าอองรีที่ 4 ขึ้น ต่อมาเคาท์โวล์ฟกัง วิลเลียมพยายามช่วงชิงความได้เปรียบจากความขัดแย้ง จึงได้ทำการเปลี่ยนไปเข้ารีตคาทอลิก ขณะที่จอห์น ซีกิสมุนด์เองก็ทรงเปลี่ยนไปเข้ารีตคาลวิน (แม้ดัชเชสอันนาแห่งปรัสเซียจะยังทรงเป็นลูเทอรันอยู่ก็ตาม)[19] ความขัดแย้งดำเนินมาถึงจุดสิ้นสุดในปี ค.ศ. 1614 ด้วยสนธิสัญญาซันเตินซึ่งมีใจความให้แยกสหดัชชีออกเป็นส่วนๆ คือ ดัชชียือลิชและรัฐแบร์ก ตกเป็นของเคาท์โวล์ฟกัง วิลเลียม ส่วนดัชชีเคลเวอ, เคาน์ตีมาร์ค และเคาน์ตีราเวินสแบร์ก ตกเป็นของจอห์น ซีกิสมุนด์[19]

การลุกฮือของชาวดัตช์ต่อสเปนเป็นหนึ่งในหลายเหตุการณ์ที่นำไปสู่สงครามสามสิบปี เป็นที่ทราบกันโดยทั่วไปว่าการพักรบสิบสองปีระหว่างกบฏชาวดัตช์กับสเปนผู้ปกครองสิ้นสุดลงในปี ค.ศ. 1621 และทั่วทั้งยุโรปในเวลานั้นต่างก็ตระหนักดีว่าสเปนกำลังพยายามพิชิตสาธารณรัฐดัตช์กลับมาเป็นของตนให้ได้ กองกำลังของสเปนในการพิชิตดินแดนคืนในครั้งนั้นอยู่ภายใต้การนำของ อัมโบรโญ สปีโนลา มาร์กีสที่ 1 แห่งบัลบาเซส ซึ่งเป็นชาวเจนัว มาร์กีสแห่งบัลบาเซสมีส่วนสำคัญอย่างมากในการช่วยอำนวยความสะดวกการเดินทัพไปยังสาธารณรัฐดัตช์ผ่านรัฐพันธมิตรต่างๆ มีเพียงรัฐผู้คัดเลือกพาลาทิเนตเท่านั้นที่ขัดขวางการเดินทัพของสเปนผ่านดินแดนของตน [20] (เส้นทางที่สปีโนลาโปรดปราน ถนนสเปน มีเส้นทางดังนี้: ผ่านสาธารณรัฐเจนัวและดัชชีมิลานไปยังหุบเขาวาลเทลลินา จากนั้นเดินอ้อมสวิตเซอร์แลนด์ผู้เป็นศัตรูผ่านทางชายฝั่งด้านเหนือของทะเลสาบคอนสแตนซ์ เดินผ่านเข้าไปยังแคว้นอาลซัสและมุขมณฑลแห่งสตราส์บูร์ก ผ่านไปยังรัฐผู้คัดเลือกพาลาทิเนต ก่อนที่ท้ายสุดจะผ่านอัครมุขมณฑลแห่งเทรียร์, ดัชชียือลิช และรัฐแบร์กจนถึงสาธารณัฐดัตช์ในที่สุด[20] และเนื่องจากรัฐพาลาทิเนตตั้งอยู่บนสมรภูมิที่มีความสำคัญทางการเมืองยุโรปอย่างมาก พระเจ้าเจมส์ที่ 1 แห่งอังกฤษ ซึ่งเป็นพระมหากษัตริย์โปรเตสแตนต์ จึงมีพระราชประสงค์ให้มีการเสกสมรสระหว่างพระราชธิดา เอลิซาเบธ สจวต กับ ฟรีดริชที่ 5 ผู้คัดเลือกแห่งพาลาทิเนต ในปี ค.ศ. 1612 ทั้งที่มีขนบธรรมเนียมอังกฤษที่ว่าพระราชธิดาในพระมหากษัตริย์จะต้องเสกสมรสกับเชื้อพระวงศ์ที่เป็นกษัตริย์จากราชวงศ์อื่นเท่านั้น

เมื่อย่างเข้าสู่ปี ค.ศ. 1617 เป็นที่แน่ชัดแล้วว่าจักรพรรดิมัททีอัสแห่งโรมันอันศักดิ์สิทธิ์จะเสด็จสวรรคตโดยปราศจากรัชทายาท ราชบัลลังก์จึงตกไปเป็นของพระญาติบุรุษที่สืบสายพระโลหิตใกล้พระองค์มากที่สุดก็คือ อาร์ชดยุกแฟร์ดีนันด์ที่ 2 แห่งออสเตรีย, มกุฎราชกุมารแห่งโบฮีเมีย และด้วยสนธิสัญญาลับโอญาเต พระเจ้าเฟลีเปที่ 3 แห่งสเปนจึงทรงเห็นชอบกับการสืบราชบัลลังก์ในครั้งนี้

จักรพรรดิแฟร์ดีนันด์ที่ 2 ทรงได้รับการศึกษาจากคณะแห่งพระเยซูเจ้า ซึ่งเป็นคาทอลิกผู้เรียกร้องความเป็นหนึ่งเดียวทางศาสนาในจักรวรรดิ ทำให้พระองค์ไม่เป็นที่นิยมของชาวโปรเตสแตนต์ในโบฮีเมีย เหตุการณ์เริ่มบานปลายเมื่อขุนนางชาวโบฮีเมียปฏิเสธความชอบธรรมของจักรพรรดิแฟร์ดีนันด์ ซึ่งครั้งหนึ่งคณะขุนนางกลุ่มนี้เคยเลือกพระองค์ขึ้นเป็นมกุฎราชกุมารในปี ค.ศ. 1617 การกระทำนี้เป็นกระตุ้นให้เกิดสงครามสามสิบปีอย่างมาก และตามมาด้วยเหตุการณ์ที่ผู้แทนพระองค์ของจักรพรรดิแฟร์ดีนันด์ถูกจับโยนออกมาจากนอกหน้าต่างซึ่งเป็นที่รู้จักกันในชื่อ บัญชรฆาตแห่งปราก (Defenestration of Prague) อันเป็นการจุดชนวนให้เกิดการลุกฮือในโบฮีเมีย ซึ่งมีพันธมิตรมากมายที่เป็นชาวต่างชาติผู้มีอำนาจ จักรพรรดิแฟร์ดีนันด์ทรงเสียพระทัยจากการจงใจหมิ่นพระเกียรติในครั้งนี้ แต่อย่างไรก็ตามพระราโชบายขันติธรรมในจักรวรรดิของพระองค์จะยิ่งส่งผลให้ทรงอยู่ในพระราชสถานะที่อ่อนแอ ไม่กี่ปีถัดมาเหตุการณ์ดูราวกับว่าราชวงศ์ฮับส์บูร์กจะอยู่ในสถานะอันเลวร้ายที่ไม่อาจกู้คืนกลับมาได้ ขณะที่ฝ่ายโปรเตสแตนต์ดูราวกับว่ากำลังจะประสบความสำเร็จโดยสมบูรณ์ภายในระยะเวลาอันสั้น

สงครามสามารถแบ่งออกเป็นสี่ช่วงสำคัญ ได้แก่ การลุกฮือในโบฮีเมีย การแทรกแซงจากเดนมาร์ก การแทรกแซงจากสวีเดน และการแทรกแซงจากฝรั่งเศส