โอลิเวอร์ ครอมเวลล์ เข้ารุกรานไอร์แลนด์ในปี ค.ศ. 1649 เพื่อทําลายการรวมกําลังครั้งใหม่ระหว่างฝ่ายสมาพันธรัฐและฝ่ายนิยมกษัตริย์ การพิชิตไอร์แลนด์ของครอมเวลล์ นับเป็นความขัดแย้งที่นองเลือดที่สุดในประวัติศาสตร์ไอร์แลนด์ และนํามาซึ่งการแพร่ระบาดของกาฬโรคและทุพภิกขภัย คิลล์เคนนี เมืองหลวงของสมาพันธรัฐแตกหลังจากการล้อมระยะสั้น ในปี ค.ศ. 1650 สงครามจบลงด้วยความพ่ายแพ้อย่างหมดรูปของพวกคาทอลิกไอริชและฝ่ายนิยมกษัตริย์ ชนชั้นเจ้าครองที่ดินชาวคาทอลิกไอริชที่มีมาแต่ครั้งก่อนสงครามถูกทําลายลงในช่วงนี้ เช่นเดียวกับสถาบันโรมันคาทอลิก สมาชิกอาวุโสส่วนมากของสมาพันธรัฐลี้ภัยไปฝรั่งเศสพร้อมกับราชสํานักอังกฤษ หลังจากการฟื้นฟูราชวงศ์อังกฤษ สมาชิกสมาพันธรัฐที่สนับสนุนการเป็นพันธมิตรกับฝ่ายนิยมกษัตริย์ในช่วงสงครามต่างได้รับความชอบ และได้รับพระราชทานที่ดินของตนคืนอย่างน้อยสามส่วนจากเดิม ตรงกันข้ามกับผู้ที่ยังคงอยู่ในไอร์แลนด์ระหว่างยุคช่วงว่างระหว่างรัชกาล ซึ่งโดยส่วนมากแล้วจะถูกริบที่ดิน สําหรับผู้เป็นเชลยสงครามมักจะถูกประหารหรือส่งไปยังทัณฑนิคม