กระนั้น ชาวคาทอลิกไอริชจำนวนมากก็ยังคงไม่ยอมร่วมมือกับฝ่ายนิยมกษัตริย์ โอเวน โร โอนีลล์ปฎิเสธที่จะเข้าร่วมกับฝ่ายนิยมกษัตริย์ และก่อสงครามกลางเมืองระยะสั้นขึ้นภายในสมาพันธรัฐ ในหน้าร้อนของปี ค.ศ. 1648 โอนีลล์ ผู้มองว่าพันธมิตรครั้งใหม่ระหว่างสมาพันธรัฐและฝ่ายนิยมกษัตริย์อังกฤษเป็นการทรยศเป้าหมายสงครามแบบคาทอลิก (Catholic war aims) จึงทําให้เขาพยายามเจรจาสงบศึกกับฝ่ายรัฐสภา และกลายมาเป็นพันธมิตรของกองกําลังฝ่ายรัฐสภาอยู่ชั่วระยะเวลาหนึ่ง สถานการณ์ดังกล่าวส่งผลร้ายกับเป้าหมายหลักของสมาพันธรัฐ นอกจากนี้มันยังคาบเกี่ยวกับสงครามกลางเมืองครั้งที่สองในอังกฤษ รีนุกชีนีพยายามช่วยสนับสนุนโอนีลล์ด้วยการประกาศปัพพาชนียกรรม ผู้เห็นด้วยกับการพักรบอินไชควิน (Inchiquin Truce) ที่จัดขึ้นในเดือนพฤษภาคม ค.ศ. 1648 กับฝ่ายนิยมกษัตริย์ แต่รีนุกชีนีไม่สามารถโน้มน้าวเหล่าบิชอปไอริชได้ ดังนั้นเขาจึงออกเดินทางจากกัลเวย์กลับไปยังโรมในวันที่ 23 กุมภาพันธ์ ค.ศ. 1649

เหตุการณ์ดังกล่าวมักจะถูกมองว่าเป็นตัวแทนความไม่ลงรอยกันระหว่างชาวเกลิกไอริชและชาวอังกฤษเก่า (Old English) มีการให้เหตุผลว่าชาวเกลิกไอริชได้สูญเสียที่ดินและอิทธิพลเป็นจํานวนมากหลังการเข้าพิชิตไอร์แลนด์ของอังกฤษ ส่งผลให้ข้อเรียกร้องของพวกเขารุนแรงขึ้นตามไปด้วย[ต้องการอ้างอิง] แม้กระนั้น ทั้งฝ่ายประนีประนอมและฝ่ายหัวรุนแรงก็ต่างมีผู้สนับสนุนจากทั้งสองชาติพันธุ์ ยกตัวอย่างเช่น เซอร์เพลิม โอนีลล์ ชาวเกลิกผู้นําการกบฎใน ค.ศ. 1641 สนับสนุนฝ่ายประนีประนอม ในขณะที่บริเวณเซาท์เวกซ์ฟอร์ด (South Wexford) ซึ่งประชากรส่วนมากมีเชื้อสายชาวอังกฤษเก่าไม่เห็นด้วยกับการสงบศึก เหล่านักบวชคาทอลิกเองก็ขัดแย้งกันในเรื่องดังกล่าวเช่นกัน

ข้อสําคัญที่สุดของเหตุการณ์ดังกล่าว คือ มันได้แสดงความแตกต่างระหว่างกลุ่มเจ้าที่ดิน ซึ่งพร้อมที่จะยอมรับข้อเสนอของฝ่ายนิยมกษัตริย์ ตราบใดที่ที่ดินและสิทธิของพวกตนยังได้รับความคุ้มครอง และกลุ่มคนเฉกเช่นโอนีลล์ ผู้ต้องการขจัดอิทธิพลของอังกฤษให้หมดไป พวกเขาต้องการสร้างรัฐคาทอลิกไอร์แลนด์ที่เป็นอิสระ พร้อมทั้งขับไล่ผู้ตั้งรกรากชาวอังกฤษและสกอตแลนด์ออกไปอย่างถาวร ฝ่ายหัวรุนแรงจํานวนมากมีเป้าหมายหลักคือการทวงคืนที่ดินอันสืบทอดมาแต่ครั้งบรรพบุรุษ ซึ่งเสียไปในคราวเริ่มนโยบายตั้งถิ่นฐาน หลังจากทําการลอบโจมตีฝ่ายสมาพันธรัฐอย่างยืดเยื้อ โอเวน โร โอนีลล์จึงล่าถอยไปยังอัลสเตอร์ ก่อนที่จะกลับมาเข้าร่วมกับสมาพันธรัฐอีกครั้งเมื่อครอมเวลล์ เข้ารุกรานในปี ค.ศ. 1649 การเกิดสงครามภายในยังทําให้การเตรียมตัวด้านการศึกกับกองทัพตัวแบบใหม่ ของกองกําลังผสมฝ่ายนิยมเจ้า-สมาพันธรัฐต้องล่าช้าลงไปด้วย