หลังจากฝ่ายสมาพันธ์รัฐปฎิเสธข้อเสนอสงบศึก ออร์มอนด์ได้ทําการส่งมอบเมืองดับลินให้แก่กองทัพของฝ่ายรัฐสภาภายใต้การนําของไมเคิล โจนส์ (Michael Jones) ทางด้านสมาพันธรัฐจึงพยายามทําลายค่ายทหารของฝ่ายรัฐสภาที่ตั้งอยู่โดยรอบดับลินและคอร์ก แต่กลับประสบความล้มเหลว โดยในปี ค.ศ. 1647 กองทัพของสมาพันธรัฐได้ประสบกับความพ่ายแพ้ทางทหารอย่างต่อเนื่อง เริ่มด้วยกองทัพไลนสเตอร์โดยมีทอมัส เพรสตันเป็นแม่ทัพ ถูกกองกําลังฝ่ายรัฐสภาของโจนส์ตีแตกที่ดุนแกนฮิลล์ในเขตเทศมณฑลมีท (County Meath) จากนั้นไม่เกินสามเดือนต่อมา กองทัพมุนสเตอร์ก็ประสบความพ่ายแพ้แบบเดียวกันจากฝีมือของเอิร์ลแห่งอินไชควินที่คน็อกนาส

สภาวะดังกล่าวทําให้สมาชิกสมาพันธโดยส่วนใหญ่เริ่มกระตือรือร้นในการหาทางเจรจากับฝ่ายนิยมกษัตริย์ อภิสภาของสมาพันธรัฐได้รับเงื่อนใหม่จากพระเจ้าชาลส์และออร์มอนด์ ซึ่งมีเนื้อหาที่ผ่อนปรนกว่าเดิม อันประกอบด้วยการยอมมอบขันติธรรมทางศาสนา คําสัญญาที่จะทําการเพิกถอนกฎหมายพอยย์นิงในอนาคต (ซึ่งจะนําไปสู่สิทธิ์ในการปกครองตนเอง) การรับรองเอกสิทธิ์ในที่ดินที่ชาวคาทอลิกไอริชยึดมาได้ระหว่างสงคราม และการยุตินโยบายตั้งถิ่นฐานในอัลสเตอร์ลงในบางพื้นที่ นอกจากนี้ยังจะมีการออกฎหมายนิรโทษกรรม หรือการพระราชทานอภัยโทษสําหรับอาชญากรรมสงครามในคราวการกบฏ ค.ศ. 1641 และสงครามสมาพันธรัฐ – โดยเฉพาะการสังหารผู้ตั้งรกรากชาวโปรแตสแตนท์ในปี ค.ศ. 1641 – สนธิสัญญาดังกล่าวยังอนุญาตให้สมาพันธรัฐคงกองทัพของตัวเองไว้เช่นเดิมด้วย

อย่างไรก็ตาม พระเจ้าชาลส์ทรงต้องจํายอมพระราชทานเงื่อนไขเหล่านี้เพราะสถานการณ์บีบให้พระองค์ทําเช่นนั้น และในภายหลังพระองค์ก็ทรงปฎิเสธข้อตกลงดังกล่าว และทรงออกเงื่อนไขใหม่ให้สมาพันธรัฐยุบตัวเองลง ถ่ายโอนกองกําลังไปอยู่ภายใต้การบังคับบัญชาของแม่ทัพฝ่ายนิยมกษัตริย์และต่อสู้ร่วมกับทหารอังกฤษ เอิร์ลแห่งอินไชควินยังได้แปรพักตร์จากฝ่ายรัฐสภาและทําการเข้าสวามิภักดิ์กับฝ่ายนิยมกษัตริย์อีกครั้งด้วย