การควบคุมโรคของเชื้อไวรอยด์ ปัจจุบันยังไม่มีสารเคมีที่สามารถนำมาใช้ควบคุมโรคอย่างได้ผล รวมถึงไม่มีพันธุ์ต้านทานโรค หรือแม้กระทั่งการผลิตพืชตัดต่อสารพันธุกรรม (transgenic plant) ให้มีความสามารถในการต้านทานโรคได้ ดังนั้นวิธีการที่ได้ผลดีที่สุดคือการจัดการแปลงที่ดี การใช้สารละลาย sodium hypochlorite (NaClO) ความเข้มข้น 1-3 เปอร์เซ็นต์ ล้างทำความสะอาดเครื่องมือและเครื่องจักรกลการเกษตรเพื่อป้องกันการปนเปื้อนของเชื้อ เป็นต้น